More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0929 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0929  Glycine hydroxymethyltransferase  100 
 
 		 440 aa  868    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.802509  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2079  serine hydroxymethyltransferase  59.95 
 
 		 445 aa  513  1e-144  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.172467  normal  0.275704 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3925  Glycine hydroxymethyltransferase  45.45 
 
 		 417 aa  286  4e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.991608  decreased coverage  0.00651172 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3351  Glycine hydroxymethyltransferase  42.93 
 
 		 445 aa  283  6.000000000000001e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0411175  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0346  serine hydroxymethyltransferase  33.41 
 
 		 431 aa  264  2e-69  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1650  serine hydroxymethyltransferase  33.66 
 
 		 431 aa  255  1.0000000000000001e-66  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.278355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0045  serine hydroxymethyltransferase  37.02 
 
 		 430 aa  251  2e-65  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0231458 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1611  Glycine hydroxymethyltransferase  33.85 
 
 		 433 aa  248  2e-64  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1090  serine hydroxymethyltransferase  37.02 
 
 		 430 aa  240  4e-62  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0048  serine hydroxymethyltransferase  35.68 
 
 		 429 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0014  serine hydroxymethyltransferase  35.92 
 
 		 430 aa  232  1e-59  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0061  Glycine hydroxymethyltransferase  31.84 
 
 		 433 aa  219  7.999999999999999e-56  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1793  serine hydroxymethyltransferase  34.66 
 
 		 440 aa  210  3e-53  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1046  serine hydroxymethyltransferase  33.51 
 
 		 429 aa  208  1e-52  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2530  serine hydroxymethyltransferase  33.77 
 
 		 439 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0765  serine hydroxymethyltransferase  33.5 
 
 		 438 aa  182  8.000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1727  serine hydroxymethyltransferase  34.61 
 
 		 433 aa  179  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.130178 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2671  serine hydroxymethyltransferase  35.48 
 
 		 433 aa  179  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0758  serine hydroxymethyltransferase  33.25 
 
 		 438 aa  179  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0959  Glycine hydroxymethyltransferase  32.99 
 
 		 410 aa  175  9.999999999999999e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.587194  normal  0.162631 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4649  serine hydroxymethyltransferase  33.09 
 
 		 434 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.229311 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2634  serine hydroxymethyltransferase  34.01 
 
 		 433 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2240  serine hydroxymethyltransferase  34.07 
 
 		 436 aa  174  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435156  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1814  serine hydroxymethyltransferase  33.93 
 
 		 434 aa  173  6.999999999999999e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3047  serine hydroxymethyltransferase  33.41 
 
 		 434 aa  173  6.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.302237  normal  0.92083 
 
 
-
 
NC_002978  WD1035  serine hydroxymethyltransferase  30.53 
 
 		 425 aa  171  2e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0821  serine hydroxymethyltransferase  33.25 
 
 		 431 aa  171  3e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0271  Glycine hydroxymethyltransferase  30.09 
 
 		 358 aa  170  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0629  serine hydroxymethyltransferase  30.75 
 
 		 432 aa  169  8e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.1109  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3354  serine hydroxymethyltransferase  33.68 
 
 		 432 aa  169  8e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0554425  normal  0.88347 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3004  serine hydroxymethyltransferase  34.19 
 
 		 432 aa  169  9e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.21133  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0816  serine hydroxymethyltransferase  31.41 
 
 		 431 aa  169  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.38724 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2659  serine hydroxymethyltransferase  32.59 
 
 		 440 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.719136  normal  0.877467 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1134  serine hydroxymethyltransferase  32.26 
 
 		 437 aa  168  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3366  serine hydroxymethyltransferase  32.55 
 
 		 434 aa  167  5e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.113105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3171  serine hydroxymethyltransferase  32.81 
 
 		 434 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.188905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3495  serine hydroxymethyltransferase  32.81 
 
 		 434 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0573  serine hydroxymethyltransferase  32.44 
 
 		 417 aa  166  6.9999999999999995e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1537  serine hydroxymethyltransferase  31.78 
 
 		 435 aa  166  1.0000000000000001e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4276  glycine hydroxymethyltransferase  34.22 
 
 		 451 aa  165  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.514948  normal  0.0110039 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0499  serine hydroxymethyltransferase  31.77 
 
 		 417 aa  164  3e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.757005  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1468  serine hydroxymethyltransferase  31.27 
 
 		 423 aa  164  3e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0209  serine hydroxymethyltransferase  32.29 
 
 		 427 aa  164  3e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0207  serine hydroxymethyltransferase  32.29 
 
 		 427 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3956  serine hydroxymethyltransferase  32.55 
 
 		 434 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.237015 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0085  serine hydroxymethyltransferase  31.02 
 
 		 422 aa  163  5.0000000000000005e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0920  serine hydroxymethyltransferase  31.28 
 
 		 427 aa  163  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.455334  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0221  serine hydroxymethyltransferase  32.58 
 
 		 412 aa  163  7e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0451  serine hydroxymethyltransferase  31.12 
 
 		 414 aa  161  2e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.178848  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1610  serine hydroxymethyltransferase  31.2 
 
 		 429 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3638  serine hydroxymethyltransferase  29.95 
 
 		 417 aa  160  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1266  serine hydroxymethyltransferase  32.12 
 
 		 432 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0458809  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3104  serine hydroxymethyltransferase  33.88 
 
 		 433 aa  160  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.425727  decreased coverage  0.00549191 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1033  serine hydroxymethyltransferase  30.5 
 
 		 417 aa  159  7e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414818  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1185  serine hydroxymethyltransferase  31.47 
 
 		 417 aa  159  8e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.961366 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2123  serine hydroxymethyltransferase  34.66 
 
 		 432 aa  159  9e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.607283  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2110  serine hydroxymethyltransferase  31.16 
 
 		 434 aa  159  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0354  serine hydroxymethyltransferase  31.37 
 
 		 431 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0389221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2762  serine hydroxymethyltransferase  29.85 
 
 		 417 aa  158  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1555  serine hydroxymethyltransferase  31 
 
 		 414 aa  158  2e-37  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2908  serine hydroxymethyltransferase  31.28 
 
 		 438 aa  158  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000280655  hitchhiker  0.00545149 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1177  serine hydroxymethyltransferase  31.62 
 
 		 432 aa  158  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0289619  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1093  serine hydroxymethyltransferase  29.71 
 
 		 417 aa  158  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2327  Glycine hydroxymethyltransferase  29.44 
 
 		 413 aa  158  2e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000566706  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1225  serine hydroxymethyltransferase  31.38 
 
 		 433 aa  158  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4508  serine hydroxymethyltransferase  30.03 
 
 		 412 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.732205 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2305  serine hydroxymethyltransferase  31.17 
 
 		 434 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1014  serine hydroxymethyltransferase  30.42 
 
 		 417 aa  157  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1231  serine hydroxymethyltransferase  29.89 
 
 		 417 aa  157  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3044  serine hydroxymethyltransferase  29.89 
 
 		 417 aa  157  4e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.196975  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0425  serine hydroxymethyltransferase  30.05 
 
 		 414 aa  157  4e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0460217  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5208  serine hydroxymethyltransferase  31.61 
 
 		 417 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0287253 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1442  serine hydroxymethyltransferase  30.91 
 
 		 416 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0617  serine hydroxymethyltransferase  31.13 
 
 		 415 aa  157  5.0000000000000005e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0870  glycine hydroxymethyltransferase  33.83 
 
 		 424 aa  156  7e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0796  serine hydroxymethyltransferase  31.64 
 
 		 416 aa  156  7e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0535  Glycine hydroxymethyltransferase  32.68 
 
 		 434 aa  156  8e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1912  serine hydroxymethyltransferase  31.37 
 
 		 430 aa  156  8e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.637321  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3769  Glycine hydroxymethyltransferase  32.47 
 
 		 417 aa  155  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.452166  normal  0.168004 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1209  serine hydroxymethyltransferase  29.79 
 
 		 417 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.985536 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3305  serine hydroxymethyltransferase  29.79 
 
 		 417 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.297219  hitchhiker  0.000907019 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3471  serine hydroxymethyltransferase  29.38 
 
 		 417 aa  155  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2113  serine hydroxymethyltransferase  31.69 
 
 		 424 aa  155  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1579  serine hydroxymethyltransferase  31.23 
 
 		 431 aa  155  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1160  serine hydroxymethyltransferase  29.35 
 
 		 417 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.145933 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3162  serine hydroxymethyltransferase  29.79 
 
 		 417 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.911286  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1094  serine hydroxymethyltransferase  29.35 
 
 		 417 aa  155  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.412028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0686  serine hydroxymethyltransferase  30.08 
 
 		 424 aa  155  2e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.138461  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1058  serine hydroxymethyltransferase  30.93 
 
 		 412 aa  155  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00108739  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1851  serine hydroxymethyltransferase  31.37 
 
 		 417 aa  154  2e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0759  serine hydroxymethyltransferase  31.59 
 
 		 417 aa  155  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1142  serine hydroxymethyltransferase  29.92 
 
 		 417 aa  154  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.510367  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1094  serine hydroxymethyltransferase  29.35 
 
 		 417 aa  155  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.383314 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0373  serine hydroxymethyltransferase  31.63 
 
 		 419 aa  155  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.238829  normal  0.155765 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2780  serine hydroxymethyltransferase  29.56 
 
 		 417 aa  155  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1680  serine hydroxymethyltransferase  31.25 
 
 		 412 aa  154  2.9999999999999998e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0256  serine hydroxymethyltransferase  29.21 
 
 		 411 aa  154  2.9999999999999998e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.666958 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2938  serine hydroxymethyltransferase  31.47 
 
 		 421 aa  153  5e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.684623 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1537  serine hydroxymethyltransferase  32.23 
 
 		 427 aa  153  5e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.54072 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0417  serine hydroxymethyltransferase  28.64 
 
 		 420 aa  153  5.9999999999999996e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>