More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0014 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009376  Pars_0048  serine hydroxymethyltransferase  77.34 
 
 
429 aa  682    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1090  serine hydroxymethyltransferase  78.27 
 
 
430 aa  705    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0045  serine hydroxymethyltransferase  80.61 
 
 
430 aa  736    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0231458 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0014  serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 
430 aa  871    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0346  serine hydroxymethyltransferase  61.8 
 
 
431 aa  518  1e-146  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1611  Glycine hydroxymethyltransferase  51.74 
 
 
433 aa  462  1e-129  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1650  serine hydroxymethyltransferase  52.42 
 
 
431 aa  435  1e-121  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.278355  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0061  Glycine hydroxymethyltransferase  44.74 
 
 
433 aa  352  5.9999999999999994e-96  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1046  serine hydroxymethyltransferase  43.03 
 
 
429 aa  340  4e-92  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1793  serine hydroxymethyltransferase  45.17 
 
 
440 aa  321  9.999999999999999e-87  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3351  Glycine hydroxymethyltransferase  42.39 
 
 
445 aa  290  3e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0411175  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3925  Glycine hydroxymethyltransferase  39.85 
 
 
417 aa  244  1.9999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.991608  decreased coverage  0.00651172 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0929  Glycine hydroxymethyltransferase  35.92 
 
 
440 aa  242  9e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.802509  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2079  serine hydroxymethyltransferase  34.77 
 
 
445 aa  231  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.172467  normal  0.275704 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0271  Glycine hydroxymethyltransferase  36.75 
 
 
358 aa  224  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2581  serine hydroxymethyltransferase  36.2 
 
 
415 aa  216  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.848716  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0692  serine hydroxymethyltransferase  36.06 
 
 
421 aa  215  9.999999999999999e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.414357  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2938  serine hydroxymethyltransferase  35.8 
 
 
421 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.684623 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1379  serine hydroxymethyltransferase  34.66 
 
 
415 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0085  serine hydroxymethyltransferase  36.2 
 
 
422 aa  214  2.9999999999999995e-54  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3425  serine hydroxymethyltransferase  36.5 
 
 
412 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0323  serine hydroxymethyltransferase  35.44 
 
 
415 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0775  serine hydroxymethyltransferase  35.44 
 
 
415 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0739852  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0806  serine hydroxymethyltransferase  35.44 
 
 
415 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3313  serine hydroxymethyltransferase  35.9 
 
 
411 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000728494  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2927  serine hydroxymethyltransferase  35.11 
 
 
415 aa  211  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4508  serine hydroxymethyltransferase  33.5 
 
 
412 aa  212  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.732205 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2096  glycine hydroxymethyltransferase  37.37 
 
 
425 aa  212  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.835184  normal  0.0355089 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0311  serine hydroxymethyltransferase  35.38 
 
 
420 aa  212  1e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2449  serine hydroxymethyltransferase  35.44 
 
 
415 aa  212  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2680  serine hydroxymethyltransferase  34.47 
 
 
508 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1035  serine hydroxymethyltransferase  35.73 
 
 
425 aa  211  3e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2075  serine hydroxymethyltransferase  34.7 
 
 
415 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1942  serine hydroxymethyltransferase  34.7 
 
 
415 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3196  serine hydroxymethyltransferase  34.7 
 
 
415 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3250  serine hydroxymethyltransferase  34.7 
 
 
415 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1626  Glycine hydroxymethyltransferase  36.84 
 
 
425 aa  211  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.696145  normal  0.61537 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0834  serine hydroxymethyltransferase  34.7 
 
 
415 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2668  serine hydroxymethyltransferase  34.7 
 
 
415 aa  210  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3234  serine hydroxymethyltransferase  34.7 
 
 
415 aa  210  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2530  serine hydroxymethyltransferase  36.05 
 
 
439 aa  210  4e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3769  Glycine hydroxymethyltransferase  35.68 
 
 
417 aa  209  5e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.452166  normal  0.168004 
 
 
-
 
NC_004310  BR0765  serine hydroxymethyltransferase  36.05 
 
 
438 aa  209  8e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0758  serine hydroxymethyltransferase  36.32 
 
 
438 aa  209  8e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3895  serine hydroxymethyltransferase  34.68 
 
 
415 aa  209  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1827  serine hydroxymethyltransferase  36.59 
 
 
430 aa  208  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.752619  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2733  serine hydroxymethyltransferase  34.92 
 
 
417 aa  208  1e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3914  serine hydroxymethyltransferase  34.43 
 
 
415 aa  208  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355744  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1649  serine hydroxymethyltransferase  35.64 
 
 
434 aa  208  1e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1058  serine hydroxymethyltransferase  35.52 
 
 
412 aa  207  2e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00108739  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3835  serine hydroxymethyltransferase  35.29 
 
 
413 aa  208  2e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00110618  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0499  serine hydroxymethyltransferase  35.78 
 
 
417 aa  207  2e-52  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.757005  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0683  serine hydroxymethyltransferase  35.19 
 
 
431 aa  208  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0765  serine hydroxymethyltransferase  35.19 
 
 
415 aa  208  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186767  normal  0.156833 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5441  serine hydroxymethyltransferase  35.29 
 
 
413 aa  207  3e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000358223  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0700  serine hydroxymethyltransferase  35.19 
 
 
431 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0504784  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5015  serine hydroxymethyltransferase  35.29 
 
 
414 aa  207  3e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000468931  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1008  serine hydroxymethyltransferase  35.9 
 
 
413 aa  207  3e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5494  serine hydroxymethyltransferase  35.29 
 
 
413 aa  207  3e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000315106  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5200  serine hydroxymethyltransferase  35.19 
 
 
415 aa  207  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5114  serine hydroxymethyltransferase  35.29 
 
 
413 aa  206  6e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000619413  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3363  serine hydroxymethyltransferase  35.19 
 
 
415 aa  206  6e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5407  serine hydroxymethyltransferase  35.03 
 
 
413 aa  206  6e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.91777e-61 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5513  serine hydroxymethyltransferase  35.03 
 
 
413 aa  206  7e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000594889  unclonable  1.27286e-25 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4998  serine hydroxymethyltransferase  35.03 
 
 
414 aa  206  7e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  9.16492e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5558  serine hydroxymethyltransferase  35.03 
 
 
413 aa  206  7e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129833  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1468  serine hydroxymethyltransferase  33.49 
 
 
423 aa  206  8e-52  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5165  serine hydroxymethyltransferase  35.03 
 
 
414 aa  206  8e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00104225  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0729  serine hydroxymethyltransferase  33.5 
 
 
415 aa  206  9e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0790  serine hydroxymethyltransferase  33.74 
 
 
415 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2768  Glycine hydroxymethyltransferase  36.22 
 
 
418 aa  204  2e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0959  Glycine hydroxymethyltransferase  33.92 
 
 
410 aa  205  2e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.587194  normal  0.162631 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0920  serine hydroxymethyltransferase  34.47 
 
 
427 aa  204  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.455334  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3638  serine hydroxymethyltransferase  36.91 
 
 
417 aa  204  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5438  serine hydroxymethyltransferase  34.76 
 
 
413 aa  204  3e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000338182  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1093  serine hydroxymethyltransferase  37.17 
 
 
417 aa  204  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2754  serine hydroxymethyltransferase  34.68 
 
 
415 aa  203  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1025  serine hydroxymethyltransferase  34.2 
 
 
422 aa  204  4e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3717  serine hydroxymethyltransferase  35.6 
 
 
418 aa  203  5e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.982412  normal  0.848378 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2305  serine hydroxymethyltransferase  35.26 
 
 
434 aa  203  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1134  serine hydroxymethyltransferase  34.74 
 
 
437 aa  202  8e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1917  serine hydroxymethyltransferase  35.43 
 
 
430 aa  202  9e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.584505  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2327  Glycine hydroxymethyltransferase  34.58 
 
 
413 aa  201  9.999999999999999e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000566706  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0686  serine hydroxymethyltransferase  35.94 
 
 
424 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.138461  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3135  serine hydroxymethyltransferase  35.71 
 
 
434 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0678  serine hydroxymethyltransferase  33.25 
 
 
415 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.478588 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1231  serine hydroxymethyltransferase  36.65 
 
 
417 aa  202  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1013  glycine hydroxymethyltransferase  36.83 
 
 
418 aa  201  3e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.239526  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1094  serine hydroxymethyltransferase  35.73 
 
 
417 aa  201  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.383314 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0207  serine hydroxymethyltransferase  37.77 
 
 
427 aa  200  3e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0071  Glycine hydroxymethyltransferase  38.04 
 
 
417 aa  201  3e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.30135  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3305  serine hydroxymethyltransferase  35.82 
 
 
417 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.297219  hitchhiker  0.000907019 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1557  serine hydroxymethyltransferase  35.08 
 
 
417 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0209  serine hydroxymethyltransferase  37.77 
 
 
427 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3044  serine hydroxymethyltransferase  36.39 
 
 
417 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.196975  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1887  Glycine hydroxymethyltransferase  35.37 
 
 
419 aa  200  5e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.409267  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1209  serine hydroxymethyltransferase  35.82 
 
 
417 aa  200  5e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.985536 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1241  glycine hydroxymethyltransferase  34.35 
 
 
414 aa  200  5e-50  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2392  glycine hydroxymethyltransferase  34.73 
 
 
415 aa  200  5e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2762  serine hydroxymethyltransferase  36.29 
 
 
417 aa  199  6e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>