More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_01919 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  73.88 
 
 
513 aa  801    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  92.8 
 
 
514 aa  986    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  100 
 
 
514 aa  1055    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  58.56 
 
 
515 aa  614  9.999999999999999e-175  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.82 
 
 
523 aa  551  1e-155  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.44 
 
 
536 aa  548  1e-154  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.52 
 
 
525 aa  545  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.34 
 
 
522 aa  545  1e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.33 
 
 
525 aa  542  1e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.52 
 
 
525 aa  545  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.51 
 
 
522 aa  540  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.23 
 
 
522 aa  540  9.999999999999999e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  51.26 
 
 
513 aa  519  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  51.26 
 
 
513 aa  518  1e-146  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  51.07 
 
 
513 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  51.07 
 
 
513 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  51.07 
 
 
513 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  51.07 
 
 
513 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  51.07 
 
 
513 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  51.07 
 
 
513 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50 
 
 
513 aa  513  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50 
 
 
513 aa  513  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50 
 
 
513 aa  513  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50 
 
 
513 aa  513  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  49.81 
 
 
514 aa  513  1e-144  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50 
 
 
513 aa  513  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  50.87 
 
 
513 aa  511  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  46.02 
 
 
518 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  45.37 
 
 
518 aa  469  1.0000000000000001e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  43.8 
 
 
512 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  43.8 
 
 
512 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  43.8 
 
 
514 aa  442  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  43.02 
 
 
512 aa  443  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  43.55 
 
 
512 aa  442  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  42.33 
 
 
516 aa  437  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  43.33 
 
 
513 aa  436  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  42.97 
 
 
512 aa  435  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  42.97 
 
 
512 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  42.77 
 
 
512 aa  433  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  42.97 
 
 
512 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  42.97 
 
 
512 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  42.97 
 
 
512 aa  433  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  0.0000313655 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  42.97 
 
 
512 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  43.16 
 
 
512 aa  430  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000497691  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  42.97 
 
 
512 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  0.000000106827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  42.97 
 
 
512 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  39.81 
 
 
520 aa  390  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  39.39 
 
 
517 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  39.85 
 
 
519 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  39.85 
 
 
519 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  38.98 
 
 
519 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  39.5 
 
 
519 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  39.08 
 
 
519 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  39.77 
 
 
515 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  40.23 
 
 
505 aa  375  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  38.52 
 
 
521 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  38.43 
 
 
525 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  39 
 
 
506 aa  354  2e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  38.61 
 
 
502 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  38.61 
 
 
502 aa  351  2e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  38.42 
 
 
502 aa  348  1e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  38.2 
 
 
531 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  37.67 
 
 
502 aa  345  1e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  37.67 
 
 
502 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  38.15 
 
 
511 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  37.86 
 
 
502 aa  343  5.999999999999999e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  37.96 
 
 
511 aa  342  1e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.93 
 
 
532 aa  325  9e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  37.76 
 
 
510 aa  319  9e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.74 
 
 
541 aa  276  9e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  32.77 
 
 
540 aa  270  5e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1103  transcriptional regulatory protein  43.71 
 
 
313 aa  268  1e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  31.8 
 
 
527 aa  265  1e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.89 
 
 
539 aa  256  5e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  32.2 
 
 
525 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.73 
 
 
471 aa  247  4.9999999999999997e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.25 
 
 
668 aa  245  9.999999999999999e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  34.26 
 
 
668 aa  245  1.9999999999999999e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1911  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.08 
 
 
577 aa  241  2e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.4 
 
 
532 aa  241  2e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  37.54 
 
 
698 aa  240  4e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.78 
 
 
452 aa  239  9e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.87 
 
 
710 aa  239  1e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  29.69 
 
 
525 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  0.0000000147012 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2250  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.58 
 
 
571 aa  234  2.0000000000000002e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.28606  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.52 
 
 
591 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2158  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.31 
 
 
453 aa  234  3e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.73 
 
 
495 aa  233  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.51 
 
 
581 aa  233  9e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1161  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.55 
 
 
496 aa  232  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.175427  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  32.66 
 
 
639 aa  232  1e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.72 
 
 
582 aa  231  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.22 
 
 
452 aa  231  2e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.82 
 
 
544 aa  232  2e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0399  putative PAS/PAC sensor protein  37.03 
 
 
695 aa  231  3e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4873  putative sigma54 specific transcriptional regulator  31.97 
 
 
483 aa  231  3e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1776  putative PAS/PAC sensor protein  38.63 
 
 
698 aa  230  5e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2305  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.48 
 
 
601 aa  229  6e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.41 
 
 
473 aa  229  6e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.41 
 
 
473 aa  229  6e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>