More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3011 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_3011  threonine dehydratase  100 
 
 		 317 aa  639    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.302173 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2234  threonine dehydratase  51.32 
 
 		 308 aa  256  5e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2922  threonine dehydratase  50.17 
 
 		 313 aa  238  9e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2783  threonine dehydratase  50 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3768  threonine dehydratase  47.87 
 
 		 313 aa  219  7e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2589  threonine dehydratase  48.53 
 
 		 303 aa  215  9e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0492304 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2738  threonine dehydratase  45.9 
 
 		 317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4030  threonine dehydratase  47.57 
 
 		 320 aa  202  5e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3496  threonine dehydratase  46.31 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4798  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  45.21 
 
 		 336 aa  194  2e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0952  threonine dehydratase  44.37 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.322135 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0061  threonine dehydratase  46.38 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.983835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3336  threonine dehydratase  47.06 
 
 		 314 aa  190  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.175409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3420  threonine dehydratase  45.31 
 
 		 309 aa  176  5e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1622  Threonine ammonia-lyase  42.86 
 
 		 307 aa  153  5e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00676892  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1610  threonine dehydratase  44.16 
 
 		 318 aa  152  8e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.346941 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  36.9 
 
 		 405 aa  151  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  34.59 
 
 		 403 aa  147  2.0000000000000003e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.42 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  31.94 
 
 		 320 aa  144  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4146  hypothetical protein  37.73 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  33.65 
 
 		 501 aa  143  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1852  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.53 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.504316 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3798  hypothetical protein  37.36 
 
 		 320 aa  142  6e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0008  hypothetical protein  37.36 
 
 		 320 aa  142  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.38 
 
 		 332 aa  142  6e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.63 
 
 		 320 aa  142  7e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  34.74 
 
 		 509 aa  140  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2666  threonine dehydratase  34.6 
 
 		 509 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.24 
 
 		 323 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4707  threonine dehydratase  37.5 
 
 		 414 aa  139  6e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.832283  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  34.4 
 
 		 403 aa  139  7e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  34.77 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1915  threonine dehydratase  36.6 
 
 		 411 aa  137  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  34.19 
 
 		 403 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1741  threonine dehydratase  42.52 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0307895  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09711  threonine dehydratase  30.75 
 
 		 511 aa  136  6.0000000000000005e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.139009  normal  0.177122 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  35.08 
 
 		 402 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  34.1 
 
 		 403 aa  135  9e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  30.87 
 
 		 402 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  31.77 
 
 		 401 aa  135  9.999999999999999e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4405  hypothetical protein  34.75 
 
 		 321 aa  133  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  34.65 
 
 		 402 aa  134  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  31.89 
 
 		 514 aa  133  5e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0951  threonine dehydratase  31.23 
 
 		 517 aa  132  5e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0834  threonine dehydratase  34.95 
 
 		 403 aa  132  5e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1756  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37 
 
 		 310 aa  132  5e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.72893  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0733  threonine dehydratase  32.41 
 
 		 515 aa  132  6e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.880513  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0748  hypothetical protein  34.67 
 
 		 321 aa  132  7.999999999999999e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0137711  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0299  threonine dehydratase  30.43 
 
 		 511 aa  132  7.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.380007  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5685  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 517 aa  132  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000112731  normal  0.257645 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  33.44 
 
 		 403 aa  132  9e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3278  threonine dehydratase  32.88 
 
 		 531 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0929  threonine dehydratase  31.27 
 
 		 527 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767774 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1083  threonine dehydratase  32.99 
 
 		 529 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.715043  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  30.55 
 
 		 402 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  32.06 
 
 		 511 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  34.09 
 
 		 403 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1467  threonine dehydratase  30.64 
 
 		 517 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5602  putative threonine dehydratase  35.71 
 
 		 363 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0961  threonine dehydratase  36.45 
 
 		 404 aa  129  7.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0497  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.55 
 
 		 339 aa  129  9.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.492672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5343  threonine dehydratase  34.64 
 
 		 420 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3416  threonine dehydratase, biosynthetic  32.4 
 
 		 501 aa  128  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175327 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3492  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.58 
 
 		 338 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.948459  normal  0.510498 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0994  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.59 
 
 		 340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.430606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  34.44 
 
 		 402 aa  127  3e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1970  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.51 
 
 		 322 aa  126  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal  0.218028 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  32.56 
 
 		 514 aa  126  4.0000000000000003e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  32.59 
 
 		 408 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  34.26 
 
 		 506 aa  126  5e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  34.26 
 
 		 506 aa  126  5e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  32.17 
 
 		 507 aa  126  5e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  33.11 
 
 		 402 aa  126  5e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0644  threonine dehydratase  30.87 
 
 		 549 aa  126  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0883544 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4035  threonine dehydratase  34.11 
 
 		 402 aa  125  7e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  31.07 
 
 		 403 aa  125  9e-28  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0865  threonine dehydratase  36.43 
 
 		 406 aa  124  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.708894  normal  0.0742081 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4161  threonine dehydratase  33.55 
 
 		 516 aa  124  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0449  threonine dehydratase  34.14 
 
 		 507 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.545287 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4847  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  31.93 
 
 		 522 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0309858  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  35.08 
 
 		 403 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3678  threonine dehydratase  30.8 
 
 		 437 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.376781  normal  0.173616 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  33.58 
 
 		 504 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.44 
 
 		 340 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  33.58 
 
 		 504 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  34.69 
 
 		 418 aa  124  2e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_49047  l-threonine ammonia-lyase  30.74 
 
 		 606 aa  124  2e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.866709  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1894  threonine dehydratase  40.15 
 
 		 408 aa  124  2e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.878805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  30.74 
 
 		 403 aa  124  2e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6145  threonine dehydratase  33.88 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0585  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  31.03 
 
 		 538 aa  124  3e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2636  threonine dehydratase  36.3 
 
 		 402 aa  124  3e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  30.23 
 
 		 403 aa  124  3e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3034  threonine dehydratase  31.53 
 
 		 403 aa  123  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  31.5 
 
 		 408 aa  123  5e-27  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1558  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.09 
 
 		 322 aa  122  7e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.813791  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4344  threonine dehydratase  32.23 
 
 		 545 aa  122  8e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0480  threonine dehydratase  33 
 
 		 406 aa  122  9e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2363  L-threonine ammonia-lyase  35.08 
 
 		 505 aa  122  9e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.088118 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>