More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2615 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2615  major facilitator transporter  100 
 
 		 404 aa  766    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.164819 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1994  major facilitator transporter  37.07 
 
 		 397 aa  228  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3394  GGDEF  35.48 
 
 		 421 aa  195  1e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.50121 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0013  major facilitator superfamily MFS_1  35.93 
 
 		 388 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3196  major facilitator transporter  30.03 
 
 		 414 aa  149  9e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1662  major facilitator superfamily MFS_1  31.49 
 
 		 381 aa  144  3e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.127475 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3203  major facilitator family transporter  33.05 
 
 		 396 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3440  major facilitator transporter  30.55 
 
 		 402 aa  134  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2615  major facilitator superfamily MFS_1  29.58 
 
 		 414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2059  major facilitator superfamily protein  24.22 
 
 		 423 aa  130  5.0000000000000004e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1855  major facilitator superfamily protein  24.48 
 
 		 423 aa  130  6e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.14226  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1679  major facilitator superfamily protein  24.22 
 
 		 423 aa  129  9.000000000000001e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5599  MFS permease  30.75 
 
 		 409 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0103411  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0679  major facilitator transporter  36.53 
 
 		 357 aa  126  7e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.853953  normal  0.143761 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2112  major facilitator transporter  33.24 
 
 		 408 aa  126  8.000000000000001e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4214  major facilitator superfamily MFS_1  24.56 
 
 		 414 aa  125  2e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0297  hypothetical protein  30.08 
 
 		 373 aa  125  2e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6118  major facilitator transporter  31.44 
 
 		 409 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2090  major facilitator transporter  31.77 
 
 		 410 aa  119  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.106737  normal  0.893845 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0875  major facilitator transporter  29.75 
 
 		 403 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6406  major facilitator transporter  31.71 
 
 		 409 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0711  major facilitator transporter  28.81 
 
 		 410 aa  108  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4891  major facilitator transporter  31.5 
 
 		 409 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.390253  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3273  major facilitator transporter  31.5 
 
 		 409 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0542458 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6916  major facilitator transporter  31.01 
 
 		 409 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3637  major facilitator transporter  28.95 
 
 		 405 aa  103  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.476152  normal  0.71441 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3739  major facilitator transporter  28.37 
 
 		 403 aa  103  7e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0874  major facilitator superfamily permease  24.29 
 
 		 399 aa  97.4  4e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2355  major facilitator superfamily MFS_1  27.39 
 
 		 385 aa  94  4e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2079  major facilitator transporter  27.3 
 
 		 423 aa  86.7  8e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.816032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3646  major facilitator transporter  29 
 
 		 410 aa  85.9  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200592  normal  0.71441 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3924  major facilitator superfamily MFS_1  27.63 
 
 		 400 aa  85.9  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2685  major facilitator superfamily MFS_1  25.13 
 
 		 400 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0160306  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1574  major facilitator superfamily permease  23.68 
 
 		 403 aa  78.2  0.0000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1647  major facilitator superfamily protein  26.13 
 
 		 386 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.761188  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0734  major facilitator superfamily permease  24.27 
 
 		 401 aa  75.5  0.000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00142824  normal  0.0126136 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0592  major facilitator superfamily MFS_1  29.69 
 
 		 383 aa  74.7  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0179102 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0704  major facilitator superfamily MFS_1  25 
 
 		 394 aa  72.8  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2983  major facilitator superfamily MFS_1  24.46 
 
 		 404 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1543  major facilitator transporter  24.31 
 
 		 405 aa  71.2  0.00000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000874493  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2117  major facilitator superfamily MFS_1  28.7 
 
 		 391 aa  71.2  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000191868  normal  0.363164 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0790  major facilitator superfamily MFS_1  23.46 
 
 		 388 aa  70.5  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.284205  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4231  major facilitator superfamily MFS_1  32.99 
 
 		 415 aa  70.1  0.00000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0686  major facilitator superfamily MFS_1  25.8 
 
 		 411 aa  68.9  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.626773  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0803  major facilitator family protein  20.06 
 
 		 383 aa  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.02025  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1926  major facilitator transporter  29.09 
 
 		 396 aa  66.2  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2576  major facilitator superfamily MFS_1  27.27 
 
 		 420 aa  65.9  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.309715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2242  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.53 
 
 		 430 aa  64.3  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.187977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0827  major facilitator transporter  29.27 
 
 		 406 aa  62.4  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1028  multidrug resistance protein  25.27 
 
 		 408 aa  62.8  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0302699  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2281  major facilitator superfamily MFS_1  31.14 
 
 		 392 aa  62.4  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.976851  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0827  major facilitator superfamily permease  22.85 
 
 		 392 aa  62  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2371  major facilitator superfamily MFS_1  24.63 
 
 		 425 aa  61.6  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2234  H+ antiporter protein  26.38 
 
 		 412 aa  61.6  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2219  major facilitator transporter  23.94 
 
 		 384 aa  60.5  0.00000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1268  major facilitator superfamily transporter  25.33 
 
 		 388 aa  59.7  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.925266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2358  major facilitator superfamily MFS_1  25.28 
 
 		 439 aa  59.7  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3218  major facilitator transporter  21.53 
 
 		 385 aa  58.2  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0894  major facilitator superfamily MFS_1  27.36 
 
 		 403 aa  58.5  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0674  major facilitator superfamily protein  25.77 
 
 		 394 aa  58.9  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1324  major facilitator superfamily MFS_1  28.57 
 
 		 403 aa  58.9  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.654344  normal  0.651678 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0383  major facilitator superfamily permease  24.5 
 
 		 396 aa  58.5  0.0000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2606  major facilitator transporter  28.33 
 
 		 412 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.693564  normal  0.745366 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2645  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.8 
 
 		 420 aa  57.8  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3525  major facilitator superfamily MFS_1  28.57 
 
 		 404 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.63708  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1581  major facilitator superfamily MFS_1  27.03 
 
 		 378 aa  58.2  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3461  major facilitator superfamily MFS_1  28.22 
 
 		 405 aa  57.4  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.270087  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0829  major facilitator transporter  29.52 
 
 		 426 aa  57  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.0000111783  unclonable  0.000000000756922 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2378  major facilitator superfamily MFS_1  24.62 
 
 		 415 aa  57  0.0000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3507  major facilitator transporter  26.69 
 
 		 398 aa  57  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3004  major facilitator transporter  26.49 
 
 		 421 aa  56.6  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2306  major facilitator family transporter  24.55 
 
 		 417 aa  56.2  0.0000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.200396 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01565  predicted transporter  24.55 
 
 		 417 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0918  major facilitator transporter  30.04 
 
 		 433 aa  55.8  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.12874  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2047  major facilitator superfamily MFS_1  24.55 
 
 		 417 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.349329  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1670  major facilitator family transporter  24.55 
 
 		 417 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1803  major facilitator family transporter  24.55 
 
 		 417 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01555  hypothetical protein  24.55 
 
 		 417 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1604  major facilitator family transporter  24.55 
 
 		 417 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1956  major facilitator superfamily MFS_1  28.29 
 
 		 434 aa  56.2  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1271  major facilitator transporter  27.81 
 
 		 403 aa  55.8  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.879022 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0227  major facilitator superfamily MFS_1  25.24 
 
 		 390 aa  55.8  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000142544  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0919  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.36 
 
 		 389 aa  56.2  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.339104  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06410  arabinose efflux permease family protein  27.2 
 
 		 405 aa  55.8  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.859642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2034  major facilitator transporter  24.55 
 
 		 417 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1865  major facilitator transporter  27.56 
 
 		 401 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1096  major facilitator transporter  30.08 
 
 		 399 aa  55.5  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.454099 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3972  H+ antiporter protein  29.79 
 
 		 418 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.14454  normal  0.0420605 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1499  major facilitator transporter  27.08 
 
 		 416 aa  55.5  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3958  drug antiporter protein  29.79 
 
 		 418 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4032  H+ antiporter protein  29.79 
 
 		 418 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1562  major facilitator transporter  27.06 
 
 		 450 aa  54.7  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.384388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1006  major facilitator superfamily MFS_1  26.84 
 
 		 407 aa  54.3  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1678  major facilitator transporter  24.65 
 
 		 474 aa  54.7  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4594  major facilitator superfamily MFS_1  25.41 
 
 		 437 aa  54.3  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03308  tetracycline-efflux transporter  25.35 
 
 		 434 aa  54.3  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0389216  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0603  major facilitator superfamily MFS_1  24.56 
 
 		 391 aa  54.3  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000645746  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3519  major facilitator superfamily MFS_1  25.41 
 
 		 437 aa  54.3  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4461  H+ antiporter protein  24.14 
 
 		 414 aa  54.3  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3226  major facilitator superfamily MFS_1  28.65 
 
 		 392 aa  53.9  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000524014  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>