More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1865 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2241  major facilitator family transporter  87.22 
 
 
418 aa  647    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113649  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3497  major facilitator transporter  87.72 
 
 
399 aa  673    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405337  normal  0.792508 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1865  major facilitator transporter  100 
 
 
401 aa  767    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418414  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1174  major facilitator superfamily MFS_1  67.1 
 
 
409 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148034  normal  0.0846365 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0827  major facilitator transporter  60.51 
 
 
406 aa  426  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3525  major facilitator superfamily MFS_1  59.09 
 
 
404 aa  412  1e-114  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.63708  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1324  major facilitator superfamily MFS_1  56.96 
 
 
403 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.654344  normal  0.651678 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3461  major facilitator superfamily MFS_1  58.59 
 
 
405 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.270087  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5351  transporter, major facilitator superfamily (MFS)  59.38 
 
 
404 aa  406  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2281  major facilitator superfamily MFS_1  56.81 
 
 
392 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.976851  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2454  major facilitator transporter  59.31 
 
 
389 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117931  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1675  major facilitator superfamily MFS_1  58.52 
 
 
400 aa  404  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2080  major facilitator superfamily transporter  58.52 
 
 
400 aa  404  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.592815 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5059  major facilitator transporter  57.36 
 
 
401 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0787973  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3204  major facilitator transporter  57.61 
 
 
401 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2513  major facilitator transporter  58.45 
 
 
393 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3567  major facilitator transporter  58.18 
 
 
402 aa  401  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3000  major facilitator superfamily transporter  56.99 
 
 
397 aa  398  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3378  major facilitator transporter  58.52 
 
 
400 aa  397  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5349  major facilitator superfamily MFS_1  61.07 
 
 
394 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.262681  normal  0.784079 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6190  major facilitator transporter  57.14 
 
 
398 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0362  major facilitator transporter  59.62 
 
 
407 aa  393  1e-108  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3944  major facilitator transporter  54.47 
 
 
401 aa  394  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6535  major facilitator transporter  53.63 
 
 
402 aa  389  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.386481 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1388  major facilitator superfamily MFS_1  56.96 
 
 
403 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.012215  normal  0.408598 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4759  major facilitator transporter  53.28 
 
 
402 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.245052  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3408  major facilitator transporter  53.28 
 
 
402 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4108  major facilitator transporter  53.28 
 
 
402 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.810639 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3368  major facilitator transporter  58.27 
 
 
404 aa  382  1e-105  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1445  hypothetical protein  56.32 
 
 
400 aa  379  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1271  major facilitator transporter  59.61 
 
 
403 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.879022 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2529  hypothetical protein  51.71 
 
 
387 aa  377  1e-103  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4939  major facilitator transporter  56.42 
 
 
414 aa  375  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2382  hypothetical protein  51.44 
 
 
387 aa  374  1e-102  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07690  major facilitator family transporter  56.17 
 
 
404 aa  368  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.632803  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2064  major facilitator transporter  55.38 
 
 
403 aa  361  1e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0054  major facilitator transporter  57.22 
 
 
403 aa  358  7e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1563  major facilitator superfamily protein  58.84 
 
 
402 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2435  major facilitator superfamily protein  58.49 
 
 
446 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1163  major facilitator family transporter  58.49 
 
 
446 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.151971  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1238  major facilitator superfamily protein  58.49 
 
 
402 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0750  major facilitator family transporter  58.49 
 
 
402 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0810937  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1714  major facilitator family transporter  58.49 
 
 
402 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0712  major facilitator superfamily protein  58.49 
 
 
402 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0924904  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4572  major facilitator transporter  47.69 
 
 
453 aa  333  3e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.359582 
 
 
-
 
NC_002936  DET0805  major facilitator family transporter  38.92 
 
 
417 aa  257  2e-67  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.03228  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0729  major facilitator transporter  38.23 
 
 
420 aa  256  4e-67  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.463384  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0601  major facilitator superfamily MFS_1  36.96 
 
 
406 aa  248  1e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_709  permease of the major facilitator superfamily  37.97 
 
 
420 aa  248  1e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.768296  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0984  major facilitator transporter  39.34 
 
 
404 aa  228  2e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0906  major facilitator transporter  41.5 
 
 
386 aa  226  6e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0319355 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1765  major facilitator transporter  37.09 
 
 
376 aa  225  9e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2744  major facilitator family transporter  40.33 
 
 
393 aa  224  2e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1932  hypothetical protein  40.1 
 
 
386 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.629328  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1653  major facilitator transporter  39.24 
 
 
388 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0972  major facilitator superfamily MFS_1  37.2 
 
 
388 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000460218  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3701  hypothetical protein  64.2 
 
 
222 aa  209  5e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000380934 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2019  major facilitator superfamily MFS_1  39.05 
 
 
386 aa  209  5e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.135627  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3382  major facilitator superfamily MFS_1  39.01 
 
 
393 aa  202  9e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1824  major facilitator superfamily MFS_1  40.7 
 
 
385 aa  201  9.999999999999999e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000433141  normal  0.0989924 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1177  major facilitator transporter  37.63 
 
 
399 aa  201  9.999999999999999e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.670552 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0455  hypothetical protein  37.7 
 
 
394 aa  196  9e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0616  major facilitator superfamily MFS_1  37.7 
 
 
394 aa  196  9e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0026  major facilitator transporter  36.44 
 
 
411 aa  191  2e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3659  major facilitator transporter  37.03 
 
 
406 aa  189  5e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1056  major facilitator transporter  34.31 
 
 
396 aa  188  2e-46  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0999083  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0566  major facilitator transporter  34.58 
 
 
415 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1461  major facilitator transporter  33.98 
 
 
402 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.609311  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4341  major facilitator transporter  38.54 
 
 
391 aa  172  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00631729  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4427  major facilitator superfamily transporter  38.54 
 
 
391 aa  172  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0420753  normal  0.320223 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2894  multidrug-efflux transporter  36.19 
 
 
406 aa  171  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.595534  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1922  major facilitator transporter  34.95 
 
 
422 aa  169  8e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.356092  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4721  major facilitator transporter  38.72 
 
 
388 aa  168  2e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.149927  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1751  major facilitator superfamily MFS_1  37.25 
 
 
420 aa  166  5e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00152949  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6139  major facilitator superfamily permease  31.7 
 
 
426 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5671  major facilitator superfamily MFS_1  33.41 
 
 
420 aa  144  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507002  normal  0.329972 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2237  major facilitator superfamily MFS_1  32.27 
 
 
434 aa  141  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000171112 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0287  major facilitator superfamily MFS_1  32.64 
 
 
455 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2498  major facilitator transporter  32.2 
 
 
429 aa  137  5e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4285  major facilitator superfamily MFS_1  36.01 
 
 
412 aa  135  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1780  major facilitator transporter  26.67 
 
 
397 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0732  major facilitator superfamily MFS_1  31.96 
 
 
398 aa  116  6e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0794  major facilitator transporter  29.1 
 
 
384 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0817  major facilitator transporter  29.1 
 
 
384 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1554  major facilitator superfamily MFS_1  30.32 
 
 
399 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1461  major facilitator superfamily MFS_1  30.32 
 
 
395 aa  113  5e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.182385  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0697  major facilitator superfamily MFS_1  28.77 
 
 
379 aa  113  5e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.275752  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0724  major facilitator transporter  28.64 
 
 
404 aa  108  2e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0014  major facilitator superfamily MFS_1  27.73 
 
 
379 aa  106  9e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00955698  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2770  major facilitator superfamily MFS_1  31.54 
 
 
388 aa  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0131  major facilitator superfamily MFS_1  25.41 
 
 
370 aa  102  1e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00122667  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0167  major facilitator transporter  27.67 
 
 
393 aa  99.4  1e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000162796  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0215  major facilitator transporter  27.93 
 
 
382 aa  96.3  8e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3736  major facilitator superfamily MFS_1  30.88 
 
 
389 aa  95.9  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.414858  normal  0.0993496 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0433  major facilitator transporter  30.25 
 
 
389 aa  94.4  3e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.174319  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0244  major facilitator transporter  26.76 
 
 
397 aa  94  4e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0604  major facilitator superfamily MFS_1  30.83 
 
 
393 aa  92.4  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1549  major facilitator transporter  29.78 
 
 
423 aa  89  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0231798  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1092  major facilitator transporter  26.05 
 
 
394 aa  84  0.000000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0690  major facilitator transporter  32.39 
 
 
415 aa  84  0.000000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>