More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0038 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0038  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 532 aa  1095    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.216937  normal  0.341252 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1248  extracellular solute-binding protein  54.84 
 
 		 537 aa  607  9.999999999999999e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3888  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  48.46 
 
 		 550 aa  489  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.799639  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2326  extracellular solute-binding protein  49.52 
 
 		 546 aa  491  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.294702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3829  extracellular solute-binding protein  49.34 
 
 		 569 aa  491  1e-137  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.847313 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4180  extracellular solute-binding protein family 5  47.82 
 
 		 547 aa  484  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3852  extracellular solute-binding protein family 5  47.44 
 
 		 547 aa  481  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2465  extracellular solute-binding protein  46.97 
 
 		 529 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0372  extracellular solute-binding protein  47.55 
 
 		 529 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132597  normal  0.149219 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3528  extracellular solute-binding protein  46.17 
 
 		 564 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.61993  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1906  extracellular solute-binding protein  48.32 
 
 		 543 aa  467  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0377443  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0807  ABC dipeptide transporter, substrate-binding subunit DdpA  46.77 
 
 		 538 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123514  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1917  extracellular solute-binding protein  44.74 
 
 		 518 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2713  extracellular solute-binding protein  44.25 
 
 		 529 aa  444  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1427  solute-binding family 5 protein  45.92 
 
 		 533 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4004  extracellular solute-binding protein  45.74 
 
 		 535 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4474  extracellular solute-binding protein  44.04 
 
 		 529 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0385001  normal  0.989495 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0799  extracellular solute-binding protein  45.67 
 
 		 531 aa  434  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.162067  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4012  extracellular solute-binding protein  44.23 
 
 		 529 aa  435  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0256267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1329  solute-binding family 5 protein  45.18 
 
 		 530 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492206  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0504  solute-binding family 5 protein  45.18 
 
 		 530 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4479  extracellular solute-binding protein  44.12 
 
 		 533 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.027731  normal  0.668994 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1261  solute-binding family 5 protein  45.18 
 
 		 530 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.24251  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2574  solute-binding family 5 protein  45.18 
 
 		 530 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1065  solute-binding family 5 protein  45.18 
 
 		 530 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2047  extracellular solute-binding protein  43.15 
 
 		 529 aa  429  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101703  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4017  extracellular solute-binding protein  44.12 
 
 		 533 aa  430  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0465332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4061  extracellular solute-binding protein  43.91 
 
 		 529 aa  429  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.707761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0232  solute-binding family 5 protein  45.18 
 
 		 530 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.79785  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1253  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  44.12 
 
 		 533 aa  427  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5720  extracellular solute-binding protein  44.23 
 
 		 529 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.174819  normal  0.308845 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3777  extracellular solute-binding protein  44.87 
 
 		 533 aa  428  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3783  extracellular solute-binding protein  44.23 
 
 		 529 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.44101  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4585  extracellular solute-binding protein  44.23 
 
 		 529 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4591  extracellular solute-binding protein  44.87 
 
 		 533 aa  428  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0140228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1258  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  44.04 
 
 		 543 aa  424  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5714  extracellular solute-binding protein  44.8 
 
 		 533 aa  425  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1410  solute-binding family 5 protein  44.92 
 
 		 530 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.139309  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1050  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.33 
 
 		 533 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1274  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.33 
 
 		 533 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.834925  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2562  periplasmic solute-binding protein  43.33 
 
 		 533 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7644  extracellular solute-binding protein  41.92 
 
 		 528 aa  420  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.938913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1311  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.33 
 
 		 533 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.251362  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1392  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.33 
 
 		 533 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00928392  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0247  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.33 
 
 		 533 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.279993  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0518  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.33 
 
 		 533 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.886694  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1442  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.14 
 
 		 563 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.663118  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6301  extracellular solute-binding protein family 5  42.94 
 
 		 535 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0197  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.94 
 
 		 535 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.415604  normal  0.0839796 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4056  extracellular solute-binding protein  44.49 
 
 		 489 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0135  extracellular solute-binding protein family 5  40.61 
 
 		 531 aa  409  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3741  extracellular solute-binding protein  40.87 
 
 		 532 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3993  extracellular solute-binding protein family 5  39.09 
 
 		 531 aa  391  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3198  extracellular solute-binding protein  43.11 
 
 		 547 aa  384  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.271789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2916  4-phytase  40.32 
 
 		 522 aa  380  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3088  extracellular solute-binding protein  39 
 
 		 538 aa  370  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902972  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2056  extracellular solute-binding protein  38.29 
 
 		 521 aa  364  2e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2911  extracellular solute-binding protein  38.51 
 
 		 524 aa  359  6e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.628741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3867  extracellular solute-binding protein family 5  39.45 
 
 		 536 aa  359  8e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4044  extracellular solute-binding protein family 5  39.05 
 
 		 536 aa  355  2e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3551  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, periplasmic dipeptide/oligopeptide/nickel-binding protein  36.67 
 
 		 522 aa  345  8.999999999999999e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3686  extracellular solute-binding protein  36.67 
 
 		 522 aa  345  8.999999999999999e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3371  extracellular solute-binding protein family 5  38.29 
 
 		 536 aa  343  5e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1105  extracellular solute-binding protein  36.94 
 
 		 522 aa  337  2.9999999999999997e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1799  extracellular solute-binding protein family 5  36.57 
 
 		 531 aa  336  5.999999999999999e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0907769  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1692  extracellular solute-binding protein family 5  37.33 
 
 		 531 aa  332  9e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2706  extracellular solute-binding protein  34.43 
 
 		 538 aa  332  9e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.723031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5173  extracellular solute-binding protein family 5  37.19 
 
 		 528 aa  332  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.12226  normal  0.127243 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1878  extracellular solute-binding protein family 5  36.75 
 
 		 531 aa  330  4e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558624  normal  0.335683 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1030  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  35.37 
 
 		 534 aa  330  4e-89  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.180664  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5442  extracellular solute-binding protein family 5  36.52 
 
 		 528 aa  329  8e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169825 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3537  extracellular solute-binding protein  39.63 
 
 		 556 aa  326  6e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0553  extracellular solute-binding protein  36.16 
 
 		 522 aa  319  7.999999999999999e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.727867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1763  extracellular solute-binding protein family 5  35.9 
 
 		 536 aa  313  4.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1880  extracellular solute-binding protein  35.49 
 
 		 536 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.70178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1878  extracellular solute-binding protein  37.39 
 
 		 536 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.419127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3248  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein, putative  34.77 
 
 		 540 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2532  extracellular solute-binding protein family 5  33.96 
 
 		 525 aa  274  3e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0925  extracellular solute-binding protein family 5  33.66 
 
 		 523 aa  266  7e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.182407  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  31.6 
 
 		 515 aa  207  3e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1255  extracellular solute-binding protein family 5  30.96 
 
 		 566 aa  194  3e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2347  extracellular solute-binding protein  29.62 
 
 		 516 aa  179  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2170  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 		 516 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.233404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1666  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 		 501 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1600  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 501 aa  172  1e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2099  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  27.9 
 
 		 516 aa  172  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1686  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  27.66 
 
 		 516 aa  171  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01445  D-ala-D-a la transporter subunit  27.7 
 
 		 516 aa  170  8e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1572  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  27.7 
 
 		 516 aa  169  8e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2160  extracellular solute-binding protein family 5  27.7 
 
 		 516 aa  169  9e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0024579  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5772  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 		 534 aa  169  9e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.228919  normal  0.273878 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1638  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 		 529 aa  169  1e-40  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.343389  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1494  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 		 526 aa  168  2e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.69615 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1781  extracellular solute-binding protein  28.34 
 
 		 501 aa  168  2e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000533035  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1750  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  27.5 
 
 		 516 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.843018  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 		 528 aa  166  9e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  26.92 
 
 		 520 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  27.29 
 
 		 535 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4121  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 		 521 aa  165  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  28.06 
 
 		 532 aa  164  3e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>