More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2197 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4871  FAD dependent oxidoreductase  50.8 
 
 		 825 aa  777    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862382  normal  0.731807 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2197  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 815 aa  1686    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.031847 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3311  FAD dependent oxidoreductase  84.64 
 
 		 817 aa  1453    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4021  FAD dependent oxidoreductase  45.12 
 
 		 816 aa  711    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3866  FAD dependent oxidoreductase  56.09 
 
 		 843 aa  894    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2849  FAD dependent oxidoreductase  69.38 
 
 		 812 aa  1178    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0394509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1666  dehydrogenase  49.04 
 
 		 831 aa  759    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0839495 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0434  FAD dependent oxidoreductase  44.88 
 
 		 819 aa  682    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4350  FAD dependent oxidoreductase  46.1 
 
 		 816 aa  725    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248836 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4985  FAD dependent oxidoreductase  48.92 
 
 		 831 aa  756    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0450258 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3161  FAD dependent oxidoreductase  48.73 
 
 		 827 aa  735    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4916  FAD dependent oxidoreductase  78.86 
 
 		 815 aa  1339    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0642  FAD dependent oxidoreductase  47.91 
 
 		 815 aa  743    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2591  FAD dependent oxidoreductase  47.27 
 
 		 826 aa  674    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3838  FAD dependent oxidoreductase  45.17 
 
 		 827 aa  652    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761233  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2290  FAD dependent oxidoreductase  46.85 
 
 		 823 aa  732    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.407986 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1254  FAD dependent oxidoreductase  38.9 
 
 		 799 aa  569  1e-161  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0777915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_56477  glycine decarboxylase t-protein  39.62 
 
 		 854 aa  550  1e-155  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.645348  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0798  glycine cleavage system T protein  39.28 
 
 		 822 aa  540  9.999999999999999e-153  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3310  FAD dependent oxidoreductase  33.62 
 
 		 816 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2063  FAD dependent oxidoreductase  34.59 
 
 		 806 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2727  dimethylglycine dehydrogenase  33.5 
 
 		 879 aa  452  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2198  FAD dependent oxidoreductase  33.53 
 
 		 815 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.138151  normal  0.0335767 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0762  FAD dependent oxidoreductase  36.67 
 
 		 812 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.108015  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1426  FAD dependent oxidoreductase  33.74 
 
 		 805 aa  444  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0785769 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5112  FAD dependent oxidoreductase  33.5 
 
 		 806 aa  440  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0323529 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2879  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.1 
 
 		 821 aa  430  1e-119  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2488  FAD dependent oxidoreductase  35.06 
 
 		 806 aa  432  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.255163  normal  0.0203493 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18850  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  33.86 
 
 		 819 aa  427  1e-118  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0486  FAD dependent oxidoreductase  33.05 
 
 		 835 aa  423  1e-117  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0493808  normal  0.0384194 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2459  FAD dependent oxidoreductase  33.37 
 
 		 830 aa  421  1e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.438367  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1485  FAD dependent oxidoreductase  33.25 
 
 		 804 aa  422  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542815  normal  0.236172 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2504  FAD dependent oxidoreductase  33.37 
 
 		 830 aa  421  1e-116  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.1116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2496  FAD dependent oxidoreductase  33.49 
 
 		 830 aa  419  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0919  FAD dependent oxidoreductase  33.71 
 
 		 837 aa  413  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3566  dimethylglycine dehydrogenase  33.78 
 
 		 831 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3249  FAD dependent oxidoreductase  33.45 
 
 		 831 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0784832  normal  0.220016 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2805  FAD dependent oxidoreductase  31.99 
 
 		 802 aa  404  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.898682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3463  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.43 
 
 		 830 aa  402  9.999999999999999e-111  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3155  hypothetical protein  32.89 
 
 		 831 aa  402  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3718  FAD dependent oxidoreductase  31.05 
 
 		 835 aa  397  1e-109  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3469  FAD dependent oxidoreductase  31.48 
 
 		 835 aa  390  1e-107  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3855  dimethylglycine dehydrogenase precursor  32.88 
 
 		 808 aa  391  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235355  decreased coverage  0.00899155 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3080  FAD dependent oxidoreductase  31.26 
 
 		 816 aa  390  1e-107  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.202627 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1596  FAD dependent oxidoreductase  32.13 
 
 		 821 aa  382  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.26338 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2967  bifunctional enzyme involved in glycine degradation  32.82 
 
 		 831 aa  382  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.782343 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1940  FAD dependent oxidoreductase  31.99 
 
 		 830 aa  379  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239261  normal  0.0111129 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4740  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.37 
 
 		 857 aa  375  1e-102  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.38185  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.92 
 
 		 850 aa  362  1e-98  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.449188  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1822  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.73 
 
 		 838 aa  350  6e-95  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0328882 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0939  FAD dependent oxidoreductase  32.04 
 
 		 797 aa  349  1e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08654  N,N-dimethylglycine oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G06470)  29.98 
 
 		 948 aa  337  3.9999999999999995e-91  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.12835  normal  0.470294 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1481  FAD dependent oxidoreductase  29.47 
 
 		 801 aa  327  7e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19690  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  30.56 
 
 		 840 aa  314  3.9999999999999997e-84  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0416659  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2430  FAD dependent oxidoreductase  27.74 
 
 		 853 aa  258  3e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1864  FAD dependent oxidoreductase  28 
 
 		 853 aa  254  4.0000000000000004e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.731866  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5914  FAD dependent oxidoreductase  27.5 
 
 		 853 aa  254  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194637  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6885  FAD dependent oxidoreductase  27.17 
 
 		 853 aa  251  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.820475 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0214  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  36.13 
 
 		 364 aa  192  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  35.99 
 
 		 357 aa  188  3e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1526  glycine cleavage system T protein  32.58 
 
 		 371 aa  186  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  32.41 
 
 		 370 aa  183  1e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1800  glycine cleavage system T protein  34.01 
 
 		 367 aa  180  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4082  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  32.85 
 
 		 366 aa  179  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2620  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  34.88 
 
 		 360 aa  179  3e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.398044  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1245  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  35.16 
 
 		 360 aa  178  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4131  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  32.27 
 
 		 366 aa  178  5e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3971  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  32.27 
 
 		 366 aa  178  5e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2714  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  34.37 
 
 		 360 aa  177  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  32.27 
 
 		 366 aa  178  5e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.268637  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4247  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  32.27 
 
 		 366 aa  178  5e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0901  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  32.27 
 
 		 366 aa  177  7e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.281219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  31.56 
 
 		 368 aa  177  7e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1496  glycine cleavage system T protein  31.39 
 
 		 371 aa  177  7e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2361  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  31.1 
 
 		 364 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.365627  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2522  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  33.16 
 
 		 360 aa  176  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.167801 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4339  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  32.27 
 
 		 366 aa  176  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.485786  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4305  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  32.27 
 
 		 366 aa  176  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3981  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  32.27 
 
 		 366 aa  176  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4358  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  32.27 
 
 		 366 aa  176  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.51819  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1912  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.79 
 
 		 441 aa  174  7.999999999999999e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000389017  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0720  glycine cleavage system T protein  31.01 
 
 		 364 aa  173  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4550  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  34.2 
 
 		 360 aa  173  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.669623 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2915  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  31.69 
 
 		 366 aa  170  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.75153  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  28.99 
 
 		 365 aa  170  1e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2760  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  31 
 
 		 376 aa  169  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4416  glycine cleavage system T protein  30.77 
 
 		 364 aa  169  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2041  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  31.2 
 
 		 381 aa  167  5.9999999999999996e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.044839 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0767  glycine cleavage system T protein  32.43 
 
 		 442 aa  167  6.9999999999999995e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0470  aminomethyltransferase  32.69 
 
 		 440 aa  167  8e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000173433  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3364  glycine cleavage system T protein  32.36 
 
 		 369 aa  165  4.0000000000000004e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.99 
 
 		 369 aa  165  4.0000000000000004e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2751  aminomethyltransferase  27.34 
 
 		 365 aa  164  8.000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2037  glycine cleavage system T protein  31.68 
 
 		 375 aa  164  8.000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2594  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.65 
 
 		 375 aa  163  1e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.26707 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0713  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.94 
 
 		 364 aa  162  2e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3874  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.64 
 
 		 369 aa  162  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.644537  normal  0.546163 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.64 
 
 		 369 aa  162  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1945  aminomethyltransferase  31.83 
 
 		 366 aa  161  4e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000285507 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2461  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  31.44 
 
 		 380 aa  161  5e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>