264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0799 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  100 
 
 
383 aa  782  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  77.69 
 
 
384 aa  625  1e-178  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  77.43 
 
 
381 aa  585  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  76.38 
 
 
381 aa  577  1e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  67.8 
 
 
385 aa  568  1e-161  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  67.72 
 
 
385 aa  563  1e-159  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  67.72 
 
 
385 aa  563  1e-159  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  67.55 
 
 
392 aa  548  1e-155  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  59.37 
 
 
382 aa  457  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  57.99 
 
 
382 aa  441  1e-122  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  58.81 
 
 
382 aa  438  1e-122  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  57.41 
 
 
392 aa  440  1e-122  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  59.89 
 
 
384 aa  435  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  56.84 
 
 
384 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  55.09 
 
 
392 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  59.19 
 
 
395 aa  431  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  57.18 
 
 
396 aa  427  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  56.84 
 
 
405 aa  425  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  55.76 
 
 
384 aa  417  1e-115  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  55.76 
 
 
384 aa  417  1e-115  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  53.68 
 
 
388 aa  412  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  53.51 
 
 
386 aa  412  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  4.81962e-05 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  53.46 
 
 
391 aa  410  1e-113  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  55.73 
 
 
394 aa  405  1e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  54.74 
 
 
427 aa  405  1e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  51.76 
 
 
386 aa  398  1e-110  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  55.76 
 
 
384 aa  387  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  55.09 
 
 
389 aa  381  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  49.74 
 
 
386 aa  369  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  51.53 
 
 
389 aa  354  2e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  47.14 
 
 
385 aa  351  1e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1971  ribonuclease D  48.66 
 
 
385 aa  342  7e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0679  ribonuclease D  48.66 
 
 
385 aa  342  7e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  47.43 
 
 
393 aa  342  8e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  49.19 
 
 
385 aa  339  5e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  46.61 
 
 
392 aa  339  6e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  45.93 
 
 
385 aa  337  3e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  44.83 
 
 
401 aa  330  2e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  44.91 
 
 
395 aa  326  5e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  43.58 
 
 
395 aa  308  1e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  40.98 
 
 
405 aa  305  9e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  36.66 
 
 
392 aa  249  4e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  37.33 
 
 
392 aa  245  8e-64  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  37.9 
 
 
388 aa  241  2e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  37.34 
 
 
396 aa  238  1e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  36.34 
 
 
399 aa  229  8e-59  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  1.84069e-07  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  37.27 
 
 
379 aa  225  8e-58  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  37.11 
 
 
381 aa  204  2e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_002978  WD0186  ribonuclease D, putative  31.18 
 
 
392 aa  197  2e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  31.35 
 
 
379 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  31.08 
 
 
377 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  31.75 
 
 
377 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  31.08 
 
 
377 aa  186  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  32.16 
 
 
377 aa  184  2e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  32.09 
 
 
377 aa  184  2e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  33.79 
 
 
367 aa  181  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  6.18336e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  32.69 
 
 
369 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.59973e-05  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  32.69 
 
 
369 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  32.69 
 
 
369 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  2.12189e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  30.68 
 
 
374 aa  180  3e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0672  Ribonuclease D  31.61 
 
 
423 aa  180  3e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  32.97 
 
 
369 aa  181  3e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  32.58 
 
 
377 aa  179  9e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  32.58 
 
 
377 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  34.16 
 
 
375 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  31.69 
 
 
377 aa  177  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  32.05 
 
 
374 aa  174  2e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  31.62 
 
 
393 aa  174  3e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  32.19 
 
 
367 aa  172  6e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2124  ribonuclease D  31.23 
 
 
373 aa  172  6e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0137564  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2402  ribonuclease D  31.23 
 
 
373 aa  172  6e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.37804e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2013  ribonuclease D  31.23 
 
 
373 aa  172  6e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.28628e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  30.7 
 
 
368 aa  168  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.20269e-07  hitchhiker  3.05333e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  30.96 
 
 
388 aa  167  3e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.746e-08  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  30.96 
 
 
384 aa  166  5e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.67525e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  30.96 
 
 
384 aa  166  8e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.77901e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  30.93 
 
 
382 aa  165  1e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0300  putative ribonuclease D  29.07 
 
 
387 aa  165  1e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  33.42 
 
 
396 aa  163  5e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  30.29 
 
 
385 aa  161  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  30.19 
 
 
370 aa  160  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  30.06 
 
 
371 aa  160  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.15292e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  30.14 
 
 
388 aa  160  4e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.136e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  30.56 
 
 
369 aa  159  7e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.80385e-07  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1994  ribonuclease D  30.62 
 
 
373 aa  159  8e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.045905  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  29.43 
 
 
400 aa  159  8e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  33.46 
 
 
369 aa  159  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  4.46325e-06  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0703  3'-5' exonuclease  28.42 
 
 
386 aa  157  3e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.807909  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2759  ribonuclease D  30.53 
 
 
390 aa  155  8e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  1.08089e-09  hitchhiker  0.00170183 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  30.45 
 
 
385 aa  155  9e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  7.96428e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  30.9 
 
 
358 aa  154  3e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.713242 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  32.68 
 
 
369 aa  154  3e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.49434e-09  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  28.65 
 
 
375 aa  153  5e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  28.65 
 
 
375 aa  153  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  28.65 
 
 
375 aa  153  5e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2232  ribonuclease D  28.87 
 
 
374 aa  153  5e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  1.42967e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  28.65 
 
 
375 aa  153  6e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1569  ribonuclease D  30.67 
 
 
381 aa  153  6e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  5.4851e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  28.65 
 
 
375 aa  153  6e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  28.65 
 
 
375 aa  153  6e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>