63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1991 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1991  Alpha-N-arabinofuranosidase  100 
 
 
333 aa  702  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.535361  hitchhiker  0.0025818 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2078  glycoside hydrolase family protein  97.9 
 
 
333 aa  687  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.71617e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1983  Alpha-N-arabinofuranosidase  100 
 
 
333 aa  702  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131157  hitchhiker  0.000323815 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2138  glycoside hydrolase family protein  49.08 
 
 
580 aa  332  5e-90  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2053  Alpha-N-arabinofuranosidase  48.63 
 
 
315 aa  310  3e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1858  Alpha-N-arabinofuranosidase  47.87 
 
 
505 aa  310  3e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1366  Alpha-N-arabinofuranosidase  46.01 
 
 
648 aa  306  4e-82  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2154  Alpha-N-arabinofuranosidase  47.42 
 
 
315 aa  301  8e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0709531  normal  0.0185421 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4015  Alpha-N-arabinofuranosidase  47.6 
 
 
316 aa  298  1e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.374265 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1392  Alpha-N-arabinofuranosidase  46.48 
 
 
315 aa  293  2e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.973164  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0777  ribosomal protein L11 methyltransferase  45.76 
 
 
314 aa  290  2e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.12655 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0656  Alpha-N-arabinofuranosidase  44.94 
 
 
316 aa  289  6e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1990  Alpha-N-arabinofuranosidase  45.4 
 
 
378 aa  288  8e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00291978 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1984  Alpha-N-arabinofuranosidase  45.4 
 
 
378 aa  288  1e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  hitchhiker  0.00032055 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2077  glycoside hydrolase family protein  44.79 
 
 
377 aa  286  4e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.83532e-06 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0787  Alpha-L-arabinofuranosidase  45.54 
 
 
362 aa  285  9e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  2.45228e-11  normal  0.585497 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03050  predicted beta-xylosidase  44.48 
 
 
340 aa  280  2e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28680  predicted beta-xylosidase  45.1 
 
 
341 aa  276  5e-73  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0168  alpha-N-arabinofuranosidase 2  43.5 
 
 
316 aa  273  2e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0162  alpha-N-arabinofuranosidase 2  43.2 
 
 
316 aa  272  5e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0160  alpha-N-arabinofuranosidase 2  43.2 
 
 
316 aa  272  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0161  alpha-N-arabinofuranosidase 2  42.9 
 
 
316 aa  271  8e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0165  alpha-N-arabinofuranosidase 2  42.9 
 
 
316 aa  271  8e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.124224  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2151  Alpha-N-arabinofuranosidase  43.69 
 
 
392 aa  270  2e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.923723  normal  0.103273 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2055  Alpha-N-arabinofuranosidase  43.38 
 
 
369 aa  269  6e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1547  putative beta-xylosidase  44.11 
 
 
344 aa  268  1e-70  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  6.31807e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0501  Alpha-N-arabinofuranosidase  39.76 
 
 
426 aa  241  2e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.1165  normal  0.486336 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3393  Alpha-N-arabinofuranosidase  36.23 
 
 
350 aa  189  8e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.179766 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0353  Alpha-N-arabinofuranosidase  37.15 
 
 
340 aa  188  9e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.478586  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3081  Alpha-N-arabinofuranosidase  31.16 
 
 
347 aa  150  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.174999 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2529  Alpha-N-arabinofuranosidase  35.21 
 
 
355 aa  150  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0997912 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2025  Alpha-N-arabinofuranosidase  34.5 
 
 
376 aa  149  6e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.620669  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6159  Alpha-N-arabinofuranosidase  32.04 
 
 
507 aa  134  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.444689  normal  0.0822461 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3240  protein of unknown function DUF291  30.64 
 
 
2073 aa  128  2e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3395  glycoside hydrolase family 43  32.5 
 
 
355 aa  127  2e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02533  glycosyl hydrolase, family 43, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G01660)  28.35 
 
 
329 aa  122  7e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3926  Alpha-N-arabinofuranosidase  30.82 
 
 
353 aa  122  1e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0791  Alpha-L-arabinofuranosidase  29.73 
 
 
607 aa  121  2e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.570389  normal  0.122086 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3944  Alpha-N-arabinofuranosidase  29.73 
 
 
466 aa  120  2e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2237  glycoside hydrolase family 43  29.35 
 
 
349 aa  117  3e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.572744  normal  0.998954 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2157  glycoside hydrolase family 43  31.07 
 
 
627 aa  114  2e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  4.34172e-05  hitchhiker  0.0029689 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2050  Alpha-N-arabinofuranosidase  29.86 
 
 
628 aa  113  6e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.647188  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1979  glycoside hydrolase family protein  29.5 
 
 
634 aa  111  1e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00334232  hitchhiker  0.000434537 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1996  glycoside hydrolase family protein  29.5 
 
 
634 aa  111  2e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  7.18487e-06  hitchhiker  3.98389e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2083  glycoside hydrolase family protein  29.14 
 
 
634 aa  107  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000179948  decreased coverage  3.21687e-08 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6193  glycoside hydrolase family 43  29.3 
 
 
502 aa  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1082  Alpha-N-arabinofuranosidase  28.93 
 
 
517 aa  95.9  9e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.286531 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20580  glycoside hydrolase family 43  28.28 
 
 
315 aa  85.5  1e-15  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4199  glycoside hydrolase family 43  24.74 
 
 
1278 aa  65.9  9e-10  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.45421  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1544  putative beta-xylosidase  22.35 
 
 
710 aa  65.1  2e-09  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.099307  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0536  glycoside hydrolase family 43  25.36 
 
 
393 aa  59.7  7e-08  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.812392 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2482  glycoside hydrolase family 43  24.56 
 
 
384 aa  58.2  2e-07  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.24102 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2022  glycoside hydrolase family 43  23.63 
 
 
334 aa  55.8  1e-06  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3903  glycoside hydrolase family protein  29.69 
 
 
340 aa  54.7  2e-06  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.969992  normal  0.175565 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1302  putative beta-xylosidase  23.64 
 
 
713 aa  52  1e-05  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1115  family 43 glycoside hydrolase  25.41 
 
 
338 aa  50.1  5e-05  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4703  glycoside hydrolase family 43  22.03 
 
 
341 aa  49.7  7e-05  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.184013  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2392  glycoside hydrolase family 43  24.37 
 
 
306 aa  48.5  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  5.40158e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2722  glycoside hydrolase family protein  24.24 
 
 
310 aa  46.6  0.0006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123508  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2423  glycoside hydrolase family 43  24.14 
 
 
699 aa  45.8  0.001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0206  glycoside hydrolase family 43  24.66 
 
 
304 aa  45.1  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.306204  normal  0.253285 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2723  glycoside hydrolase family protein  23.08 
 
 
345 aa  43.9  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  22.39 
 
 
522 aa  43.5  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0779432 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>