More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3123 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_3868  penicillin-binding protein 1B  76.65 
 
 		 774 aa  1230    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0633  penicillin-binding protein 1B  75.75 
 
 		 768 aa  1234    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0131  penicillin-binding protein 1B  46.21 
 
 		 777 aa  669    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002568  multimodular transpeptidase-transglycosylase  42.98 
 
 		 790 aa  660    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3894  peptidoglycan glycosyltransferase  81.75 
 
 		 787 aa  1306    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00472  penicillin-binding protein 1B  46.54 
 
 		 742 aa  672    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0705  penicillin-binding protein 1B  78.65 
 
 		 790 aa  1295    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.559633  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03443  hypothetical protein  45.03 
 
 		 796 aa  663    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3742  penicillin-binding protein 1B  76.91 
 
 		 791 aa  1234    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0583  penicillin-binding protein 1B  76.52 
 
 		 774 aa  1228    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2971  peptidoglycan glycosyltransferase  68.98 
 
 		 779 aa  1121    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3164  penicillin-binding protein 1B  76.44 
 
 		 768 aa  1213    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3123  penicillin-binding protein 1B  100 
 
 		 789 aa  1627    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000774308 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0656  penicillin-binding protein 1B  77.66 
 
 		 779 aa  1233    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0489  penicillin-binding protein 1B  45.91 
 
 		 781 aa  684    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.290067  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2602  penicillin-binding protein transpeptidase  46.37 
 
 		 791 aa  665    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.809187  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0624  penicillin-binding protein 1B  77.69 
 
 		 764 aa  1231    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3406  penicillin-binding protein 1B  78.23 
 
 		 764 aa  1234    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3270  penicillin-binding protein 1B  75 
 
 		 766 aa  1223    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3685  penicillin-binding protein 1B  76.78 
 
 		 774 aa  1231    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3792  penicillin-binding protein 1B  78.1 
 
 		 790 aa  1276    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.692226  decreased coverage  0.000000907679 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0623  penicillin-binding protein 1B  78.09 
 
 		 764 aa  1232    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494369 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4301  penicillin-binding protein  42.21 
 
 		 769 aa  632  1e-179  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.33062  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1168  penicillin-binding protein 1b  43.12 
 
 		 826 aa  610  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3110  penicillin-binding protein 1b  44.14 
 
 		 826 aa  610  1e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1000  penicillin-binding protein 1b  41.23 
 
 		 824 aa  601  1e-170  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3463  penicillin-binding protein 1b  41.91 
 
 		 826 aa  599  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.995661  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3334  penicillin-binding protein 1b  41.78 
 
 		 826 aa  599  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5415  penicillin-binding protein 1B  42.8 
 
 		 775 aa  598  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4792  penicillin-binding protein 1B  42.26 
 
 		 774 aa  597  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000464587  hitchhiker  0.000389854 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1002  penicillin-binding protein 1B  41.03 
 
 		 772 aa  595  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000067337 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62200  penicillin-binding protein 1B  42.29 
 
 		 774 aa  597  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.379753 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0689  penicillin-binding protein 1b  44.25 
 
 		 841 aa  589  1e-167  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.50279 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3981  penicillin-binding protein 1b  43.43 
 
 		 836 aa  587  1e-166  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.289458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2815  penicillin-binding protein 1b  42.62 
 
 		 827 aa  586  1e-166  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.692041  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4547  penicillin-binding protein 1B  40.93 
 
 		 773 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.428177  hitchhiker  0.00000222687 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4681  penicillin-binding protein 1B  40.93 
 
 		 773 aa  588  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0467702  hitchhiker  0.00000000000605496 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1036  penicillin-binding protein 1b  43.17 
 
 		 833 aa  587  1e-166  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.970019  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4683  penicillin-binding protein 1B  40.79 
 
 		 773 aa  585  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000305505 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0218  penicillin-binding protein 1b  43.56 
 
 		 840 aa  585  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0225  penicillin-binding protein 1b  43.56 
 
 		 840 aa  585  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0222  penicillin-binding protein 1b  43.56 
 
 		 840 aa  584  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0207  penicillin-binding protein 1b  43.56 
 
 		 840 aa  585  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0206  penicillin-binding protein 1b  43.42 
 
 		 840 aa  582  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0977  penicillin-binding protein  41.36 
 
 		 773 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0441683  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0842  peptidoglycan glycosyltransferase  40.79 
 
 		 773 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000122469 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0751  penicillin-binding protein 1B  40.4 
 
 		 773 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288465  hitchhiker  0.0000000000686308 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42560  penicillin-binding protein 1B  41.43 
 
 		 780 aa  573  1.0000000000000001e-162  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00148  penicillin-binding protein 1b  43.24 
 
 		 841 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3453  penicillin-binding protein 1B  43.24 
 
 		 844 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.9649  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0152  penicillin-binding protein 1b  43.24 
 
 		 844 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.94433  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0153  penicillin-binding protein 1b  43.24 
 
 		 844 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.267501  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0160  penicillin-binding protein 1b  43.24 
 
 		 844 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0596  penicillin-binding protein 1B  42.46 
 
 		 730 aa  562  1.0000000000000001e-159  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0140  penicillin-binding protein 1b  43.24 
 
 		 840 aa  565  1.0000000000000001e-159  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00147  hypothetical protein  43.24 
 
 		 841 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0158  penicillin-binding protein 1b  43.24 
 
 		 844 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0825  Mutator MutT  40.45 
 
 		 777 aa  563  1.0000000000000001e-159  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00304949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3510  penicillin-binding protein 1b  43.24 
 
 		 844 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.933967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0679  penicillin-binding protein 1B  40.27 
 
 		 772 aa  561  1e-158  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.963541  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2557  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1B  41.23 
 
 		 778 aa  561  1e-158  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000207966  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1154  penicillin-binding protein 1B  41.99 
 
 		 776 aa  560  1e-158  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1297  penicillin-binding protein 1B  41.73 
 
 		 780 aa  544  1e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0650  penicillin-binding protein 1B  39.05 
 
 		 830 aa  538  1e-151  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0825  penicillin-binding protein 1B  40.12 
 
 		 754 aa  530  1e-149  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.524532  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1672  penicillin-binding protein, putative  40 
 
 		 759 aa  525  1e-147  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1407  penicillin-binding protein 1B  42.38 
 
 		 748 aa  521  1e-146  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0297434  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1620  penicillin-binding protein 1B  38.5 
 
 		 881 aa  510  1e-143  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000878907  unclonable  0.000000000879141 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2163  penicillin-binding protein 1B  38.27 
 
 		 732 aa  507  9.999999999999999e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1468  penicillin-binding protein transpeptidase domain-containing protein  37.14 
 
 		 827 aa  501  1e-140  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.614381  unclonable  0.0000024056 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1646  penicillin-binding protein 1B  37.37 
 
 		 827 aa  501  1e-140  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.201466  hitchhiker  0.00102238 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1239  peptidoglycan glycosyltransferase  37.36 
 
 		 766 aa  458  1e-127  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.191968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3095  penicillin-binding protein 1B  36.94 
 
 		 813 aa  449  1e-125  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.911918 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01595  penicillin-binding protein 1B  36.88 
 
 		 814 aa  444  1e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1899  penicillin-binding protein 1B  36.89 
 
 		 792 aa  436  1e-121  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1965  peptidoglycan glycosyltransferase  36.98 
 
 		 792 aa  433  1e-120  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0290  1A family penicillin-binding protein  33.56 
 
 		 757 aa  399  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0908  1A family penicillin-binding protein  32.96 
 
 		 766 aa  375  1e-102  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1065  penicillin-binding protein 1A  29.72 
 
 		 890 aa  329  9e-89  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.375339  normal  0.670591 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0921  penicillin-binding protein  34.07 
 
 		 649 aa  300  5e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  35.14 
 
 		 618 aa  293  1e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  32.86 
 
 		 643 aa  289  1e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0217  penicillin-binding protein, 1A family  32.86 
 
 		 643 aa  289  1e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380595  hitchhiker  0.00649941 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0135  1A family penicillin-binding protein  34.15 
 
 		 646 aa  286  1.0000000000000001e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000146416  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2535  penicillin-binding protein, 1A family  33.21 
 
 		 643 aa  284  4.0000000000000003e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2571  penicillin-binding protein 1A  35.1 
 
 		 625 aa  281  2e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.558946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3673  penicillin-binding protein 1A  32.88 
 
 		 679 aa  280  7e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.52133  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2868  1A family penicillin-binding protein  34.56 
 
 		 669 aa  280  9e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0010427  normal  0.721279 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05690  penicillin-binding protein, 1A family  32.4 
 
 		 806 aa  274  4.0000000000000004e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3992  bifunctional peptidoglycan glycosyl transferase/transpeptidase  32.51 
 
 		 687 aa  273  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155009  normal  0.126986 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0389  penicillin-binding protein, 1A family  32.39 
 
 		 656 aa  272  2e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1616  penicillin-binding protein  34.1 
 
 		 680 aa  271  5e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000866869  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  36.49 
 
 		 732 aa  270  5.9999999999999995e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1578  penicillin-binding protein  33.9 
 
 		 680 aa  270  8e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00315585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1337  penicillin-binding protein 2A  33.65 
 
 		 680 aa  270  1e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1547  penicillin-binding protein  33.65 
 
 		 667 aa  270  1e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000544476 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1363  penicillin-binding protein  33.85 
 
 		 673 aa  268  2e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000333103  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1180  1A family penicillin-binding protein  33.33 
 
 		 679 aa  269  2e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000474619  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1336  penicillin-binding protein 2A  33.71 
 
 		 680 aa  269  2e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000691863  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1474  penicillin-binding protein  33.85 
 
 		 673 aa  268  2e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0083684  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>