More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2295 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2295  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  610  9.999999999999999e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1626  AraC family transcriptional regulator  84.48 
 
 		 292 aa  523  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.954407  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2344  AraC family transcriptional regulator  74.14 
 
 		 291 aa  473  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.415258  decreased coverage  0.000000160682 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4561  DNA-binding transcriptional regulator MelR  33.69 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4552  DNA-binding transcriptional regulator MelR  33.69 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  33.69 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  33.69 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4692  DNA-binding transcriptional regulator MelR  33.69 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.887715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5632  DNA-binding transcriptional regulator MelR  33.33 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03989  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.97 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03950  hypothetical protein  32.97 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3874  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4359  DNA-binding transcriptional regulator MelR  32.97 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4584  DNA-binding transcriptional regulator MelR  32.97 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.781071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4672  DNA-binding transcriptional regulator MelR  32.97 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3909  DNA-binding transcriptional regulator MelR  32.97 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4615  DNA-binding transcriptional regulator MelR  32.62 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 287 aa  170  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5735  transcriptional regulator AraC family  32.42 
 
 		 311 aa  165  9e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6523  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.399934 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5369  transcriptional regulator, AraC family  30.37 
 
 		 288 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.239018 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6111  transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 305 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.863833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5309  helix-turn-helix domain-containing protein  28.67 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.446177 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4754  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.605594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05000  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  28.28 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.989106  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3465  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29 
 
 		 282 aa  124  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0879036  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  22.9 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4660  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  36.63 
 
 		 107 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4516  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  36.63 
 
 		 107 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4609  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  36.63 
 
 		 107 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.917171  normal  0.375209 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 345 aa  75.1  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  36.63 
 
 		 107 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4610  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  36.63 
 
 		 107 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0547666  normal  0.902957 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 1201 aa  74.7  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0266  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  36.73 
 
 		 108 aa  74.3  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  21.92 
 
 		 286 aa  73.2  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1001  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 307 aa  72  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03894  hypothetical protein  34.65 
 
 		 107 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0334168  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03934  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.65 
 
 		 107 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0326041  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3930  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 107 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 259 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3965  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  34.65 
 
 		 107 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.105984 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4304  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  34.65 
 
 		 107 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4615  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  34.65 
 
 		 107 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4580  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  34.65 
 
 		 107 aa  70.5  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5565  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  34.65 
 
 		 107 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.601347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  34.65 
 
 		 107 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6884  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0182  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  30.72 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 299 aa  68.9  0.00000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 299 aa  68.9  0.00000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 299 aa  68.9  0.00000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 299 aa  68.9  0.00000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  31.19 
 
 		 257 aa  68.6  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 162 aa  68.6  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2380  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  29.46 
 
 		 311 aa  68.2  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5912  transcriptional regulator Ada / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  32.17 
 
 		 500 aa  67  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.838028 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0732  AraC-like transcriptional regulator  19.37 
 
 		 292 aa  67  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000598686  normal  0.0654387 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 356 aa  66.2  0.0000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1802  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 281 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.460896 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 341 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 288 aa  65.9  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 331 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 300 aa  65.5  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0176  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  24.3 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  31.07 
 
 		 306 aa  65.5  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1523  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 152 aa  65.5  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00364512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  32.29 
 
 		 361 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5315  transcriptional regulator Ada  38.67 
 
 		 509 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0526  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 129 aa  64.3  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000198595  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 118 aa  64.7  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1575  AraC family transcriptional regulator  22.79 
 
 		 339 aa  64.3  0.000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  23.26 
 
 		 300 aa  64.3  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  24.08 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 440 aa  63.9  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2531  Ada, metal-binding  33.33 
 
 		 545 aa  63.9  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.645313  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2287  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000984991  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 276 aa  63.9  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1667  transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 279 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 284 aa  63.5  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3609  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  63.5  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0171  AraC family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 719 aa  63.5  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3481  right origin-binding protein  33.33 
 
 		 288 aa  63.5  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2043  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 330 aa  63.5  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.437  normal  0.109712 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 277 aa  63.5  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>