More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1898 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1898  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 330 aa  679    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0683316 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1127  ApbE family lipoprotein  46.46 
 
 		 298 aa  271  1e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.390448  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2151  ApbE family lipoprotein  48.31 
 
 		 300 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0607428  normal  0.340699 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1826  ApbE family lipoprotein  48.65 
 
 		 300 aa  267  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000850306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1884  ApbE family lipoprotein  47.97 
 
 		 300 aa  265  7e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.717042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2400  ApbE family lipoprotein  48.65 
 
 		 302 aa  262  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00541927  hitchhiker  0.00229612 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1919  ApbE family lipoprotein  47.97 
 
 		 301 aa  258  9e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000213083  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1893  ApbE family lipoprotein  47.97 
 
 		 301 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000770435  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2084  ApbE family lipoprotein  48.28 
 
 		 275 aa  256  3e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107249  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1926  ApbE family lipoprotein  47.64 
 
 		 301 aa  256  5e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0099815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3816  ApbE family lipoprotein  46.67 
 
 		 304 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039468 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2103  apbE family protein  46.88 
 
 		 275 aa  251  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3407  ApbE family lipoprotein  45.18 
 
 		 297 aa  250  2e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.935025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1683  ApbE family lipoprotein  47.76 
 
 		 304 aa  247  2e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000335311  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2787  apbE family protein  43 
 
 		 305 aa  225  7e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.778889  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1651  ApbE family lipoprotein  45.1 
 
 		 306 aa  225  8e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1178  ApbE family protein  37.54 
 
 		 299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023385 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0574  ApbE-like lipoprotein  40.83 
 
 		 279 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.963363  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2333  ApbE family lipoprotein  36.54 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00261528  normal  0.177607 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1225  ApbE-like lipoprotein  36.48 
 
 		 322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.65797  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  36.7 
 
 		 306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  35.66 
 
 		 336 aa  159  9e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  37.33 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1563  carboxynorspermidine decarboxylase  35.27 
 
 		 312 aa  155  6e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  37.18 
 
 		 339 aa  151  1e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  37.3 
 
 		 349 aa  145  1e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  36.08 
 
 		 363 aa  145  1e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  37.3 
 
 		 349 aa  144  2e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  35.23 
 
 		 331 aa  142  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  32.83 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  33.56 
 
 		 355 aa  132  6e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0982  ApbE family lipoprotein  34.27 
 
 		 353 aa  129  7.000000000000001e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  32.52 
 
 		 345 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  34.54 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  35.45 
 
 		 353 aa  124  3e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  31.32 
 
 		 380 aa  122  7e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  34.35 
 
 		 381 aa  122  8e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  33.46 
 
 		 343 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  33.61 
 
 		 328 aa  121  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1144  ApbE family lipoprotein  32.68 
 
 		 338 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.301499  normal  0.219283 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  32.53 
 
 		 335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  34.03 
 
 		 367 aa  119  9e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.33 
 
 		 349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  30.48 
 
 		 360 aa  116  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  34.89 
 
 		 386 aa  116  5e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  30.8 
 
 		 341 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  33.72 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  33.46 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  31.73 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  31.85 
 
 		 350 aa  114  3e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  32.41 
 
 		 341 aa  113  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  31.03 
 
 		 345 aa  113  5e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  33.47 
 
 		 339 aa  112  6e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2431  ApbE-like lipoprotein  31.4 
 
 		 382 aa  112  9e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0092  ApbE family lipoprotein  30.83 
 
 		 391 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.08 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  30.74 
 
 		 350 aa  110  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  31.56 
 
 		 344 aa  110  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  33.62 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  32.34 
 
 		 369 aa  110  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2878  ApbE family lipoprotein  34.4 
 
 		 348 aa  110  5e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  31.23 
 
 		 370 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  31.3 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.52 
 
 		 331 aa  107  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  29.09 
 
 		 321 aa  108  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  31.91 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  32.52 
 
 		 359 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  32.52 
 
 		 345 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2110  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.38 
 
 		 382 aa  107  3e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  29.17 
 
 		 341 aa  106  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3361  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.66 
 
 		 343 aa  106  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  32.93 
 
 		 308 aa  105  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2856  ApbE family lipoprotein  31.69 
 
 		 330 aa  105  8e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21260  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.8 
 
 		 306 aa  105  9e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1713  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  33.05 
 
 		 326 aa  105  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732965  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  31.13 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  28.29 
 
 		 342 aa  105  1e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  29.02 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  30.19 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  33.87 
 
 		 350 aa  104  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  29.66 
 
 		 335 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  31.89 
 
 		 349 aa  103  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  33.73 
 
 		 335 aa  103  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4057  ApbE family lipoprotein  31.78 
 
 		 346 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4169  ApbE family lipoprotein  31.78 
 
 		 346 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2350  ApbE family lipoprotein  30.86 
 
 		 323 aa  103  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.47 
 
 		 349 aa  102  6e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12123  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  28.74 
 
 		 334 aa  102  7e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.000732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3962  ApbE family lipoprotein  32.94 
 
 		 327 aa  102  8e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  0.0354055 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3569  membrane protein  30.26 
 
 		 336 aa  102  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.24 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  31.22 
 
 		 348 aa  101  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  33.61 
 
 		 351 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  32.92 
 
 		 350 aa  101  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2624  ApbE family lipoprotein  30.55 
 
 		 323 aa  100  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.53738  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2563  ApbE family lipoprotein  28.32 
 
 		 329 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.68 
 
 		 361 aa  100  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1391  ApbE family lipoprotein  31.17 
 
 		 347 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2506  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.37 
 
 		 350 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410483 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  30.96 
 
 		 349 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>