186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0061 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0061  formate dehydrogenase, gamma subunit  100 
 
 		 335 aa  682    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4811  formate dehydrogenase, gamma subunit  81.6 
 
 		 337 aa  579  1e-164  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4135  formate dehydrogenase, gamma subunit  80 
 
 		 335 aa  551  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4419  formate dehydrogenase, gamma subunit  80.9 
 
 		 335 aa  554  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4511  formate dehydrogenase, C subunit, putative  74.93 
 
 		 342 aa  529  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3722  formate dehydrogenase gamma subunit  74.93 
 
 		 342 aa  528  1e-149  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.973901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3793  formate dehydrogenase gamma subunit  74.93 
 
 		 342 aa  528  1e-149  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3918  formate dehydrogenase gamma subunit  74.93 
 
 		 342 aa  528  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.524619 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0335  formate dehydrogenase, gamma subunit  75.96 
 
 		 342 aa  523  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3611  formate dehydrogenase, C subunit, putative  76.58 
 
 		 338 aa  518  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4108  formate dehydrogenase, gamma subunit  81.23 
 
 		 342 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0231  formate dehydrogenase, gamma subunit  81.23 
 
 		 342 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.148451 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4138  formate dehydrogenase, gamma subunit  81.23 
 
 		 342 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4226  formate dehydrogenase, gamma subunit  81.23 
 
 		 342 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  70.62 
 
 		 338 aa  498  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  54.37 
 
 		 327 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  54.37 
 
 		 327 aa  353  2e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  54.37 
 
 		 327 aa  353  2e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0065  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.87 
 
 		 330 aa  340  2e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4230  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.44 
 
 		 327 aa  335  7.999999999999999e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248931 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3607  formate dehydrogenase, C subunit, putative  51.66 
 
 		 323 aa  335  9e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4112  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.44 
 
 		 327 aa  335  9e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0227  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.12 
 
 		 327 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.227237 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0331  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.81 
 
 		 327 aa  333  3e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4515  formate dehydrogenase, C subunit, putative  52.5 
 
 		 327 aa  330  1e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4142  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.5 
 
 		 327 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.443578  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4131  formate dehydrogenase, gamma subunit  51.89 
 
 		 326 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4127  formate dehydrogenase, gamma subunit  50 
 
 		 327 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4415  formate dehydrogenase, C subunit, putative  50.3 
 
 		 328 aa  310  2e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4807  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.32 
 
 		 324 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0283  formate dehydrogenase gamma subunit  50.64 
 
 		 321 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3662  formate dehydrogenase gamma subunit  50.21 
 
 		 321 aa  243  3e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0239  formate dehydrogenase, gamma subunit  41.74 
 
 		 326 aa  238  8e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  37.87 
 
 		 357 aa  235  8e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4214  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.23 
 
 		 321 aa  232  6e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  37.69 
 
 		 350 aa  231  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2546  formate dehydrogenase, gamma subunit  38.94 
 
 		 326 aa  229  7e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00375695  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  38.18 
 
 		 339 aa  226  3e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  35.87 
 
 		 350 aa  224  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1917  formate dehydrogenase gamma subunit  38.54 
 
 		 347 aa  209  4e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  34.11 
 
 		 384 aa  176  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  34.05 
 
 		 370 aa  176  5e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.3 
 
 		 353 aa  175  9.999999999999999e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  34.6 
 
 		 398 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  34.44 
 
 		 397 aa  172  6.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  33 
 
 		 387 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  33 
 
 		 387 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3706  formate dehydrogenase, gamma subunit  35.14 
 
 		 340 aa  170  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.69 
 
 		 408 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.66 
 
 		 396 aa  155  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  33.73 
 
 		 369 aa  151  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.73 
 
 		 390 aa  149  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.41 
 
 		 384 aa  147  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  31.31 
 
 		 388 aa  138  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.79 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  30.45 
 
 		 401 aa  134  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0459  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.5 
 
 		 345 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3461  formate dehydrogenase gamma subunit  28.92 
 
 		 401 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.293351 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2788  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.62 
 
 		 401 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0675337  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.93 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0423  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.03 
 
 		 345 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  26.23 
 
 		 339 aa  125  8.000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0391  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.03 
 
 		 345 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.74 
 
 		 345 aa  124  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0403  formate dehydrogenase gamma subunit  28 
 
 		 404 aa  122  7e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0151738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.42 
 
 		 339 aa  122  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.71 
 
 		 339 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3128  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.35 
 
 		 336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2138  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  25.84 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.739524  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1483  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  29.62 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.942995  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1778  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  26.23 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000176225  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1780  formate dehydrogenase, cytochrome B subunit  27.38 
 
 		 310 aa  99.8  7e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1501  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  26.49 
 
 		 310 aa  99  9e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1682  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  26.49 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1861  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  27.1 
 
 		 310 aa  98.2  2e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0808  formate dehydrogenase, gamma subunit  25 
 
 		 299 aa  96.7  5e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0355  formate dehydrogenase, cytochrome b subunit  27.04 
 
 		 309 aa  93.6  4e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.623644  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2072  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.38 
 
 		 299 aa  92.8  8e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1573  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.47 
 
 		 204 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2640  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.49 
 
 		 204 aa  79  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.174669 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.77 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2660  formate dehydrogenase-N subunit gamma  24.77 
 
 		 213 aa  74.7  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.485157  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3372  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.72 
 
 		 210 aa  74.3  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.21 
 
 		 696 aa  73.2  0.000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0440  formate dehydrogenase, gamma subunit  28.11 
 
 		 214 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.59 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2010  formate dehydrogenase, gamma subunit  25.11 
 
 		 239 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4269  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.07 
 
 		 227 aa  67.4  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.308563  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.15 
 
 		 218 aa  66.6  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.15 
 
 		 218 aa  66.6  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.15 
 
 		 218 aa  66.6  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.15 
 
 		 218 aa  66.6  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  23.15 
 
 		 218 aa  66.6  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  27 
 
 		 235 aa  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0107  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.17 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0106  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.17 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0102  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.17 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  25.11 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0103  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, cytochrome b556 subunit  26.64 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  26.17 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>