More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1070 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 547 aa  1134    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3811  AMP-dependent synthetase and ligase  52.54 
 
 		 547 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.12372  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  51.92 
 
 		 547 aa  607  9.999999999999999e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01022  AMP-binding protein  47.59 
 
 		 559 aa  523  1e-147  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  47.25 
 
 		 554 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0998  AMP-dependent synthetase and ligase  47.62 
 
 		 546 aa  520  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.231761  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  47.62 
 
 		 554 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  46.89 
 
 		 554 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  44.51 
 
 		 546 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  46.89 
 
 		 554 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  47.07 
 
 		 554 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  46.89 
 
 		 554 aa  512  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  47.07 
 
 		 554 aa  514  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  47.07 
 
 		 554 aa  513  1e-144  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.354824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  46.62 
 
 		 551 aa  513  1e-144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  46.89 
 
 		 551 aa  512  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3437  AMP-dependent synthetase and ligase  46.7 
 
 		 555 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.915272  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0331  AMP-dependent synthetase and ligase  46.52 
 
 		 555 aa  503  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.167581 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4587  AMP-dependent synthetase and ligase  46.89 
 
 		 551 aa  500  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000231553  unclonable  0.0000000387525 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0361  AMP-dependent synthetase and ligase  46.89 
 
 		 575 aa  496  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  46.98 
 
 		 554 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00109176  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  45.24 
 
 		 551 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000026311  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.44 
 
 		 563 aa  472  1e-132  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.89 
 
 		 563 aa  468  9.999999999999999e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  44.2 
 
 		 555 aa  456  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.44 
 
 		 563 aa  453  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0631  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  43.07 
 
 		 558 aa  451  1e-125  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.365879  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1090  AMP-dependent synthetase and ligase  42.39 
 
 		 555 aa  446  1.0000000000000001e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.022153  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4205  AMP-dependent synthetase and ligase  43.17 
 
 		 551 aa  445  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3656  putative AMP-binding protein  42.54 
 
 		 555 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330411  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43610  putative AMP-binding protein  42.35 
 
 		 555 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0297438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2479  AMP-dependent synthetase and ligase  42.46 
 
 		 559 aa  414  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1015  hypothetical protein  38.82 
 
 		 555 aa  395  1e-108  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0982  hypothetical protein  39.07 
 
 		 555 aa  395  1e-108  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2888  AMP-dependent synthetase and ligase  41.03 
 
 		 560 aa  391  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0719534  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0267  AMP-dependent synthetase and ligase  38.18 
 
 		 563 aa  377  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0284  long-chain-fatty-acid-CoA ligase, putative  38.34 
 
 		 553 aa  370  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1154  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  37.93 
 
 		 598 aa  368  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2780  AMP-binding domain-containing protein  37.93 
 
 		 598 aa  368  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2935  AMP-binding domain-containing protein  37.75 
 
 		 553 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5098  AMP-dependent synthetase and ligase  40.04 
 
 		 566 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.183916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  31.23 
 
 		 610 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  30.76 
 
 		 607 aa  271  2e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  33.45 
 
 		 596 aa  271  2.9999999999999997e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  31.78 
 
 		 592 aa  270  4e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  30.96 
 
 		 587 aa  268  2e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  31.77 
 
 		 592 aa  266  5.999999999999999e-70  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  31.29 
 
 		 610 aa  264  3e-69  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  28.52 
 
 		 607 aa  264  4e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  30.19 
 
 		 609 aa  263  4.999999999999999e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  29.68 
 
 		 610 aa  260  4e-68  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  30.93 
 
 		 590 aa  257  5e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  29.66 
 
 		 620 aa  256  9e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  29.57 
 
 		 590 aa  251  3e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  28.72 
 
 		 610 aa  249  8e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  29.88 
 
 		 633 aa  246  6.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  28.77 
 
 		 610 aa  246  8e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  29.57 
 
 		 615 aa  246  9.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  31.09 
 
 		 596 aa  245  9.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  28.6 
 
 		 592 aa  245  9.999999999999999e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0095  AMP-dependent synthetase and ligase  29.76 
 
 		 663 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  30.78 
 
 		 604 aa  244  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  30.85 
 
 		 604 aa  243  6e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.11 
 
 		 599 aa  243  7e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  29.75 
 
 		 601 aa  243  7.999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  31.61 
 
 		 604 aa  243  7.999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  28.96 
 
 		 618 aa  243  9e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  30.63 
 
 		 603 aa  241  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  29.45 
 
 		 594 aa  241  2.9999999999999997e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.24 
 
 		 601 aa  240  4e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  28.86 
 
 		 598 aa  240  4e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  29.44 
 
 		 602 aa  240  5e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  30.04 
 
 		 597 aa  239  9e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  26.88 
 
 		 601 aa  239  1e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.249968 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  30.73 
 
 		 605 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0078  AMP-dependent synthetase and ligase  30.04 
 
 		 597 aa  239  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0076  AMP-dependent synthetase and ligase  30.04 
 
 		 597 aa  239  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  31.39 
 
 		 616 aa  238  2e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 598 aa  238  3e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  28.92 
 
 		 603 aa  238  3e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0075  AMP-binding family protein  29.49 
 
 		 568 aa  237  4e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  29.65 
 
 		 593 aa  237  4e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  28.98 
 
 		 626 aa  237  4e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  27.75 
 
 		 623 aa  236  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  28.93 
 
 		 605 aa  236  9e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  29.1 
 
 		 598 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.94 
 
 		 597 aa  236  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  29.46 
 
 		 603 aa  234  3e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  28.93 
 
 		 633 aa  234  4.0000000000000004e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  28.16 
 
 		 602 aa  234  4.0000000000000004e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  29.44 
 
 		 630 aa  231  2e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  29.14 
 
 		 607 aa  231  2e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  28.42 
 
 		 598 aa  231  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  28.35 
 
 		 600 aa  231  4e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  27.41 
 
 		 610 aa  230  5e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  29.06 
 
 		 601 aa  230  5e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05330  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.49 
 
 		 612 aa  229  7e-59  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2597  long-chain fatty-acid-CoA ligase  29.44 
 
 		 602 aa  229  7e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.366446 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  27.98 
 
 		 612 aa  229  9e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  27.84 
 
 		 607 aa  229  1e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>