61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2482 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  100 
 
 		 127 aa  245  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  54.39 
 
 		 126 aa  115  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  50.88 
 
 		 123 aa  112  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  47.79 
 
 		 120 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  52.5 
 
 		 126 aa  111  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  46.49 
 
 		 118 aa  110  6e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  49.14 
 
 		 119 aa  110  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  49.21 
 
 		 401 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 125 aa  107  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  50.88 
 
 		 123 aa  107  7.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  48.8 
 
 		 127 aa  106  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  50 
 
 		 125 aa  106  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  51.75 
 
 		 126 aa  105  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  50.43 
 
 		 127 aa  105  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  48.7 
 
 		 121 aa  102  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  48.67 
 
 		 119 aa  97.8  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  46.28 
 
 		 124 aa  98.2  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  44.74 
 
 		 126 aa  97.4  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  43.1 
 
 		 125 aa  95.9  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  44.44 
 
 		 128 aa  96.3  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  43.36 
 
 		 117 aa  95.9  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  45.13 
 
 		 126 aa  95.5  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 123 aa  95.1  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  45.22 
 
 		 118 aa  93.6  8e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  41.59 
 
 		 125 aa  90.5  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  43.7 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 125 aa  77  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 125 aa  77  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  39.81 
 
 		 125 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  36.52 
 
 		 140 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  38.14 
 
 		 124 aa  72.4  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  33.9 
 
 		 409 aa  66.2  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  35.04 
 
 		 137 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  36.28 
 
 		 141 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 124 aa  64.3  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  36.28 
 
 		 152 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  38.14 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 		 131 aa  60.5  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 126 aa  53.5  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  39.13 
 
 		 135 aa  50.1  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  54.76 
 
 		 334 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  33.33 
 
 		 132 aa  47.4  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0274  helix-turn-helix domain-containing protein  28.07 
 
 		 179 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135828 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0291  helix-turn-helix domain-containing protein  28.07 
 
 		 157 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0070151  normal  0.371791 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  31.76 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1331  hypothetical protein  46.81 
 
 		 80 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1597  helix-turn-helix domain protein  26.4 
 
 		 126 aa  45.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1701  helix-turn-helix domain-containing protein  26.4 
 
 		 126 aa  44.7  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000854587  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2534  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM- like  29.31 
 
 		 140 aa  44.7  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431623  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  29.31 
 
 		 140 aa  43.9  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0726  putative transcription regulator with HTH domain  30.59 
 
 		 132 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2285  hypothetical protein  39.58 
 
 		 105 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.698401  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2944  transcription regulator  32.8 
 
 		 155 aa  42.7  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  27.97 
 
 		 142 aa  41.2  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  27.97 
 
 		 142 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  27.97 
 
 		 142 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  27.97 
 
 		 142 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  27.97 
 
 		 142 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4170  putative transcription regulator with HTH domain protein  46.34 
 
 		 91 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1264  helix-turn-helix domain protein  30.83 
 
 		 139 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0294  helix-turn-helix domain-containing protein  28.33 
 
 		 139 aa  40.8  0.007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.21078 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>