More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3860 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3860  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 463 aa  963    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.952749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4936  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 463 aa  963    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.105521 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7218  extracellular solute-binding protein  71.84 
 
 		 412 aa  627  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1291  extracellular solute-binding protein family 1  26.18 
 
 		 470 aa  100  4e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5027  extracellular solute-binding protein family 1  28.87 
 
 		 434 aa  95.5  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0894368  normal  0.625584 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  24.37 
 
 		 424 aa  93.6  8e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8236  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.04 
 
 		 434 aa  90.5  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.764848 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09490  extracellular solute-binding protein family 1  21.28 
 
 		 424 aa  89  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.48456e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3041  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 		 429 aa  88.6  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.887996  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  24.12 
 
 		 495 aa  84.7  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 		 451 aa  84.7  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  24.2 
 
 		 423 aa  82  0.00000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  21.47 
 
 		 468 aa  82.4  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4033  extracellular solute-binding protein  24.5 
 
 		 429 aa  81.3  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 412 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 		 412 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 		 412 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2706  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 422 aa  78.2  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.5087  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 		 427 aa  77  0.0000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 		 412 aa  76.6  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  22.19 
 
 		 427 aa  75.9  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27700  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.28 
 
 		 426 aa  72.8  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3546  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 419 aa  73.2  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000421461  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0508  extracellular solute-binding protein family 1  22.8 
 
 		 421 aa  72.8  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000506303  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6971  extracellular solute-binding protein family 1  24.75 
 
 		 431 aa  72.4  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.487837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3405  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 419 aa  72  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3613  extracellular solute-binding protein family 1  24.07 
 
 		 429 aa  71.2  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.249837  normal  0.747368 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2646  extracellular solute-binding protein family 1  23.77 
 
 		 419 aa  70.5  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0628324  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0516  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.25 
 
 		 419 aa  69.3  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2415  extracellular solute-binding protein family 1  24.61 
 
 		 433 aa  69.7  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0449  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.25 
 
 		 419 aa  69.7  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1651  extracellular solute-binding protein  23.42 
 
 		 427 aa  69.7  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.660801  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2906  extracellular solute-binding protein family 1  24.01 
 
 		 419 aa  69.7  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.194008  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1941  sugar ABC transporter, sugar-binding protein, putative  28.02 
 
 		 434 aa  68.6  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4984  extracellular solute-binding protein family 1  22.22 
 
 		 428 aa  68.9  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0828  extracellular solute-binding protein  22.07 
 
 		 424 aa  68.2  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.142269  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.44 
 
 		 458 aa  68.2  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.197851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1091  extracellular solute-binding protein  23.8 
 
 		 433 aa  68.6  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3246  extracellular solute-binding protein family 1  23.83 
 
 		 443 aa  68.2  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0208  putative extracellular solute-binding protein  22.63 
 
 		 458 aa  68.2  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0085185  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 415 aa  68.6  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  26.12 
 
 		 413 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  22.36 
 
 		 417 aa  67.4  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  26.12 
 
 		 399 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  21.05 
 
 		 435 aa  67.4  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  23.68 
 
 		 417 aa  67  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6933  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.1 
 
 		 412 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0038808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 		 415 aa  66.2  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2783  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 		 431 aa  66.2  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 		 435 aa  65.9  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0434  extracellular solute-binding protein  23.71 
 
 		 452 aa  65.9  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.396307 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0296  hypothetical protein  25.48 
 
 		 439 aa  65.1  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5441  extracellular solute-binding protein family 1  21.76 
 
 		 452 aa  65.5  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3600  extracellular solute-binding protein family 1  25.82 
 
 		 425 aa  64.7  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  23.18 
 
 		 421 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  24.06 
 
 		 410 aa  64.3  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 		 461 aa  64.3  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3465  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 411 aa  63.9  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1060  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  21.52 
 
 		 408 aa  63.5  0.000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.065415  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0869  extracellular solute-binding protein family 1  25.38 
 
 		 436 aa  63.2  0.000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.293785 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  23.35 
 
 		 419 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2417  transcriptional regulator, ABC transporter  24 
 
 		 421 aa  62.8  0.00000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0335393 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  23.35 
 
 		 420 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2294  extracellular solute-binding protein family 1  22.34 
 
 		 448 aa  63.2  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  23.35 
 
 		 420 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 439 aa  62.8  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14790  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.7 
 
 		 424 aa  63.2  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.718562  normal  0.0502834 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  23.81 
 
 		 441 aa  62.8  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  22.87 
 
 		 408 aa  62.8  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0913  extracellular solute-binding protein family 1  23.46 
 
 		 421 aa  62.4  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  23.35 
 
 		 419 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  24.54 
 
 		 431 aa  62  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  23.35 
 
 		 419 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1243  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 		 444 aa  62  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2218  extracellular solute-binding protein family 1  21.88 
 
 		 479 aa  61.2  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00910899  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  21.84 
 
 		 403 aa  61.6  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1356  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 		 418 aa  61.6  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0142784  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  28.04 
 
 		 414 aa  61.6  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1113  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  23.26 
 
 		 419 aa  61.6  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0203061  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6548  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.19 
 
 		 490 aa  61.2  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000225542 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1750  extracellular solute-binding protein family 1  24.17 
 
 		 448 aa  60.8  0.00000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000348272 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3472  extracellular solute-binding protein family 1  23.37 
 
 		 413 aa  60.5  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3365  extracellular solute-binding protein family 1  25.84 
 
 		 455 aa  60.5  0.00000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.079846  hitchhiker  0.00220666 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.42 
 
 		 426 aa  60.5  0.00000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6532  extracellular solute-binding protein family 1  24.11 
 
 		 427 aa  60.1  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0178193 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1064  extracellular solute-binding protein  22.59 
 
 		 480 aa  60.1  0.00000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.075314 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  24.11 
 
 		 422 aa  60.1  0.00000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0118  extracellular solute-binding protein  22.34 
 
 		 420 aa  60.1  0.00000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  22.05 
 
 		 410 aa  60.1  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2115  extracellular solute-binding protein family 1  19.67 
 
 		 432 aa  59.7  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.845793  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0996  extracellular solute-binding protein family 1  22.79 
 
 		 455 aa  59.7  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  24.37 
 
 		 422 aa  59.7  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4547  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 423 aa  59.7  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.909678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0358  extracellular solute-binding protein family 1  24.36 
 
 		 441 aa  59.3  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  24.14 
 
 		 434 aa  59.3  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0116  extracellular solute-binding protein  22.34 
 
 		 420 aa  58.9  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  23.51 
 
 		 424 aa  59.3  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3329  extracellular solute-binding protein  22.48 
 
 		 431 aa  58.9  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0332045  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2472  extracellular solute-binding protein  23.65 
 
 		 419 aa  58.9  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3944  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 		 464 aa  59.3  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.920276  normal  0.0416082 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>