154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3472 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3472  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 413 aa  821    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6933  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  35.86 
 
 		 412 aa  208  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0038808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0296  hypothetical protein  27.41 
 
 		 439 aa  72.4  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1306  extracellular solute-binding protein family 1  26.97 
 
 		 445 aa  71.2  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3675  extracellular solute-binding protein family 1  26.65 
 
 		 447 aa  70.5  0.00000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1113  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  22.54 
 
 		 419 aa  69.7  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0203061  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7906  extracellular solute-binding protein family 1  24.77 
 
 		 420 aa  68.2  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.819994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1218  extracellular solute-binding protein family 1  25.43 
 
 		 444 aa  67  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27700  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.92 
 
 		 426 aa  66.2  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1651  extracellular solute-binding protein  22.92 
 
 		 427 aa  65.5  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.660801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2646  extracellular solute-binding protein family 1  24.01 
 
 		 419 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0628324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02930  carbohydrate-binding protein  26.87 
 
 		 426 aa  64.3  0.000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1152  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 		 393 aa  63.5  0.000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0401617  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8236  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  22.98 
 
 		 434 aa  63.5  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.764848 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7218  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 		 412 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12341  periplasmic sugar-binding lipoprotein uspC  26.93 
 
 		 440 aa  62.8  0.00000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2906  extracellular solute-binding protein family 1  24.17 
 
 		 419 aa  62.4  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.194008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4936  extracellular solute-binding protein family 1  23.37 
 
 		 463 aa  60.5  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.105521 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3860  extracellular solute-binding protein family 1  23.37 
 
 		 463 aa  60.5  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.952749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2504  extracellular solute-binding protein family 1  22.88 
 
 		 442 aa  60.5  0.00000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3153  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 		 417 aa  59.3  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000182033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3041  extracellular solute-binding protein  21.89 
 
 		 429 aa  59.7  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.887996  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0697  extracellular solute-binding protein family 1  28.4 
 
 		 433 aa  59.7  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4563  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 		 439 aa  59.7  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12078  sugar-binding lipoprotein  26.02 
 
 		 439 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3712  extracellular solute-binding protein family 1  25.49 
 
 		 421 aa  58.2  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.411366 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2706  extracellular solute-binding protein  23.1 
 
 		 422 aa  58.2  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.5087  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3264  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 416 aa  57.8  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.591163 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0449  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.96 
 
 		 419 aa  57  0.0000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3534  extracellular solute-binding protein family 1  23.79 
 
 		 445 aa  57.4  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.582574 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0434  extracellular solute-binding protein family 1  22.61 
 
 		 444 aa  57  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.205913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5872  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  29.25 
 
 		 460 aa  57  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.696543 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4033  extracellular solute-binding protein  23.93 
 
 		 429 aa  57  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1060  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  22.14 
 
 		 408 aa  57  0.0000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.065415  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3183  extracellular solute-binding protein family 1  23.58 
 
 		 411 aa  57  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.641192  normal  0.908857 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1291  extracellular solute-binding protein family 1  22.39 
 
 		 470 aa  56.6  0.0000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 		 422 aa  56.6  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0516  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.66 
 
 		 419 aa  55.8  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1356  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 		 418 aa  56.2  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0142784  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4632  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 		 419 aa  55.8  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.448727  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3651  hypothetical protein  25.39 
 
 		 437 aa  55.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.943877  normal  0.0762923 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5027  extracellular solute-binding protein family 1  25.39 
 
 		 434 aa  55.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0894368  normal  0.625584 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2524  extracellular solute-binding protein family 1  23.18 
 
 		 483 aa  55.1  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000000331289  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3121  extracellular solute-binding protein family 1  25.8 
 
 		 445 aa  54.7  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00116931 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3941  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.48 
 
 		 436 aa  54.3  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.487085  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3405  extracellular solute-binding protein  23.16 
 
 		 419 aa  54.3  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  22.7 
 
 		 414 aa  53.9  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0405  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  22.68 
 
 		 438 aa  53.5  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0253  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.87 
 
 		 424 aa  53.5  0.000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3619  extracellular solute-binding protein  24.76 
 
 		 488 aa  53.5  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16660  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.57 
 
 		 406 aa  53.5  0.000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.613471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.57 
 
 		 416 aa  53.1  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.355174 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  24.22 
 
 		 433 aa  52.8  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3941  extracellular solute-binding protein family 1  25.4 
 
 		 490 aa  52.8  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.486977 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0385  extracellular solute-binding protein family 1  25.95 
 
 		 410 aa  51.6  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0390662 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1511  extracellular solute-binding protein family 1  24.87 
 
 		 424 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1091  extracellular solute-binding protein  21.25 
 
 		 433 aa  51.6  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.18 
 
 		 426 aa  51.6  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2758  extracellular solute-binding protein family 1  28.9 
 
 		 423 aa  52.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.736779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2472  extracellular solute-binding protein  24.09 
 
 		 419 aa  51.6  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3494  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 		 414 aa  51.6  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0194042 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2415  extracellular solute-binding protein family 1  25.87 
 
 		 433 aa  51.6  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1773  extracellular solute-binding protein family 1  22.81 
 
 		 465 aa  51.2  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.504545  normal  0.290135 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0516  extracellular solute-binding protein  24.76 
 
 		 488 aa  51.2  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0291  extracellular solute-binding protein  24.25 
 
 		 449 aa  50.8  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1585  extracellular solute-binding protein family 1  23.28 
 
 		 442 aa  50.8  0.00004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2738  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 		 438 aa  50.4  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.345118  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3546  extracellular solute-binding protein  20.61 
 
 		 419 aa  50.8  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000421461  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0399  extracellular solute-binding protein family 1  22.05 
 
 		 408 aa  50.4  0.00005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000195685  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2590  extracellular solute-binding protein family 1  25.31 
 
 		 464 aa  50.4  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0403  extracellular solute-binding protein family 1  23.38 
 
 		 426 aa  50.4  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.512139  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  22.65 
 
 		 427 aa  50.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2714  extracellular solute-binding protein family 1  25.56 
 
 		 414 aa  50.1  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.36636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  24.74 
 
 		 431 aa  50.1  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3595  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 428 aa  50.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.931004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0208  putative extracellular solute-binding protein  22.73 
 
 		 458 aa  49.7  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0085185  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 		 410 aa  49.7  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2611  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 453 aa  49.7  0.00009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.058641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5441  extracellular solute-binding protein family 1  21.39 
 
 		 452 aa  49.3  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  24.03 
 
 		 420 aa  49.7  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2731  extracellular solute-binding protein family 1  22.85 
 
 		 454 aa  49.7  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1025  extracellular solute-binding protein family 1  26.28 
 
 		 444 aa  49.3  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000399953  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  23.19 
 
 		 414 aa  49.3  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6732  extracellular solute-binding protein family 1  23.99 
 
 		 425 aa  48.9  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.255639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  21.88 
 
 		 431 aa  48.9  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  25.75 
 
 		 428 aa  48.9  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  25.59 
 
 		 435 aa  48.5  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15560  extracellular solute-binding protein family 1  22.25 
 
 		 418 aa  48.9  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1846  extracellular solute-binding protein family 1  22.36 
 
 		 425 aa  48.9  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.169612  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3276  extracellular solute-binding protein family 1  24.14 
 
 		 420 aa  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  0.336546 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1215  extracellular solute-binding protein family 1  25.1 
 
 		 446 aa  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000064062  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0795  extracellular solute-binding protein family 1  22.6 
 
 		 460 aa  47.8  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.215252  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1862  extracellular solute-binding protein  22.16 
 
 		 430 aa  47.4  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.144249  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4050  extracellular solute-binding protein family 1  24.72 
 
 		 433 aa  47.4  0.0005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0589  extracellular solute-binding protein family 1  28.04 
 
 		 452 aa  47  0.0006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.289831  normal  0.0417818 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03090  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.61 
 
 		 419 aa  47  0.0006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.033461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1485  extracellular solute-binding protein family 1  25.44 
 
 		 424 aa  47  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06340  maltose-binding periplasmic protein  24.91 
 
 		 409 aa  47  0.0006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.211092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0144  extracellular solute-binding protein  22.68 
 
 		 403 aa  46.6  0.0008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  24.24 
 
 		 430 aa  46.6  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.553068 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>