More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4693 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4693  putative lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 215 aa  436  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000077507  normal  0.120796 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2291  putative transglycosylase protein  56 
 
 		 198 aa  212  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.128594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3220  lytic transglycosylase, catalytic  44.78 
 
 		 212 aa  151  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.301759 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0348  lytic transglycosylase, catalytic  45 
 
 		 204 aa  144  7.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1974  lytic transglycosylase, catalytic  43.01 
 
 		 203 aa  143  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.677118  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  42.02 
 
 		 197 aa  138  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  42.02 
 
 		 218 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0370  Lytic transglycosylase catalytic  42.49 
 
 		 216 aa  133  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.149841 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  37.81 
 
 		 208 aa  133  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0192  transglycosylase, putative  42.41 
 
 		 221 aa  132  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0931975  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  40.43 
 
 		 224 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28610  lytic transglycosylase  46.52 
 
 		 201 aa  132  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2357  lytic transglycosylase, catalytic  52.34 
 
 		 260 aa  128  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.500098  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0977  putative transglycosylase signal peptide protein  54.69 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  0.131274 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  39 
 
 		 204 aa  126  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  41.71 
 
 		 204 aa  125  5e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2008  transglycosylase SLT domain-containing protein  48.85 
 
 		 214 aa  124  8.000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1341  lytic transglycosylase, catalytic  56.45 
 
 		 281 aa  124  9e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0557803  normal  0.620551 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1015  lytic transglycosylase, catalytic  50.72 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  40.51 
 
 		 197 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  39.8 
 
 		 188 aa  124  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2926  putative transglycolase  55.46 
 
 		 278 aa  123  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0929  Lytic transglycosylase catalytic  50.72 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.316405  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2520  lytic transglycosylase, catalytic  48.87 
 
 		 280 aa  122  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22403  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0901  Lytic transglycosylase catalytic  52.34 
 
 		 296 aa  122  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.408914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0830  Lytic transglycosylase catalytic  52.34 
 
 		 296 aa  122  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0921738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1200  lytic transglycosylase, catalytic  45.09 
 
 		 279 aa  120  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1300  Lytic transglycosylase catalytic  39.5 
 
 		 218 aa  120  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0023245  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2410  lytic transglycosylase, catalytic  38.22 
 
 		 208 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  41.14 
 
 		 203 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6881  Lytic transglycosylase catalytic  44.59 
 
 		 271 aa  115  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987079  normal  0.0912273 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  36.08 
 
 		 202 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2611  lytic transglycosylase catalytic  50.38 
 
 		 251 aa  115  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.59616 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 		 212 aa  115  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3427  Lytic transglycosylase catalytic  49.24 
 
 		 295 aa  115  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  47.46 
 
 		 283 aa  115  6e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  51.18 
 
 		 206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2827  Lytic transglycosylase catalytic  52.78 
 
 		 263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  50.43 
 
 		 189 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1133  lytic transglycosylase catalytic  47.48 
 
 		 282 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  50.37 
 
 		 199 aa  113  3e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0476  lytic transglycosylase, catalytic  49.61 
 
 		 256 aa  112  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  50.41 
 
 		 239 aa  112  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  50.41 
 
 		 239 aa  112  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  50.41 
 
 		 239 aa  112  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4205  Lytic transglycosylase catalytic  40.34 
 
 		 251 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4378  lytic transglycosylase catalytic  40.34 
 
 		 251 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4244  lytic transglycosylase catalytic  49.59 
 
 		 251 aa  112  5e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  40.22 
 
 		 247 aa  112  5e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  40.32 
 
 		 226 aa  112  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  50 
 
 		 174 aa  112  6e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  51.22 
 
 		 239 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 		 249 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  51.26 
 
 		 196 aa  111  8.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  40 
 
 		 261 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  36.13 
 
 		 195 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3164  lytic transglycosylase, catalytic  47.69 
 
 		 284 aa  110  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.611179  normal  0.205276 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1360  Lytic transglycosylase catalytic  50.43 
 
 		 304 aa  109  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  47.54 
 
 		 206 aa  108  6e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0367  lytic transglycosylase, catalytic  47.37 
 
 		 215 aa  107  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2342  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 		 272 aa  107  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3686  lytic transglycosylase catalytic  37.43 
 
 		 209 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  45.99 
 
 		 299 aa  107  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  47.45 
 
 		 329 aa  107  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  49.58 
 
 		 207 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  43.62 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3705  Lytic transglycosylase catalytic  37.64 
 
 		 209 aa  105  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00442  soluble lytic murein transglycosylase  50.44 
 
 		 328 aa  105  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.129314  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3631  Lytic transglycosylase catalytic  37.64 
 
 		 209 aa  105  4e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  37.14 
 
 		 216 aa  105  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0306  lytic transglycosylase, catalytic  49.15 
 
 		 293 aa  105  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  43.48 
 
 		 297 aa  104  1e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0561  lytic transglycosylase, catalytic  48.31 
 
 		 296 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1911  soluble lytic murein transglycosylase  48.31 
 
 		 296 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0241391  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  43.48 
 
 		 297 aa  104  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3565  lytic transglycosylase, catalytic  47.93 
 
 		 209 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3607  lytic transglycosylase, catalytic  45.99 
 
 		 326 aa  103  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5084  lytic transglycosylase catalytic  44.96 
 
 		 290 aa  104  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0436378  normal  0.0244706 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  38.04 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  39.29 
 
 		 211 aa  104  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0352  lytic transglycosylase  43.55 
 
 		 273 aa  103  2e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  49.17 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0393  lytic transglycosylase, catalytic  43.55 
 
 		 305 aa  103  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.168274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  51.28 
 
 		 217 aa  102  4e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1002  lytic transglycosylase, catalytic  47.58 
 
 		 271 aa  102  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.578014  normal  0.810596 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4758  transglycosylase SLT domain-containing protein  49.56 
 
 		 217 aa  101  9e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  38.02 
 
 		 242 aa  101  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  46.83 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2441  lytic transglycosylase, catalytic  49.07 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0168706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  41.1 
 
 		 198 aa  100  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000427479  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1129  Lytic transglycosylase catalytic  56.31 
 
 		 200 aa  99.4  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  41.22 
 
 		 280 aa  99.8  3e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  42.86 
 
 		 258 aa  99  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  48.57 
 
 		 442 aa  98.6  7e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  45.53 
 
 		 191 aa  98.2  8e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  45.8 
 
 		 228 aa  97.4  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  42.66 
 
 		 233 aa  97.4  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  45.53 
 
 		 438 aa  96.7  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1248  Lytic transglycosylase catalytic  45.11 
 
 		 175 aa  97.1  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00404625  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0748  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 		 146 aa  97.1  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00376609  normal  0.892869 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>