More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0749 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 220 aa  442  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  75.58 
 
 		 221 aa  329  2e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  61.62 
 
 		 184 aa  216  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  62.16 
 
 		 184 aa  211  7.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  62.16 
 
 		 184 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1070  16S rRNA-processing protein RimM  51.82 
 
 		 225 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0584634  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1029  16S rRNA-processing protein RimM  52.27 
 
 		 225 aa  198  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0591  16S rRNA-processing protein RimM  51.36 
 
 		 225 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2233  16S rRNA-processing protein RimM  52.73 
 
 		 223 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.347388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4184  16S rRNA-processing protein RimM  52.04 
 
 		 225 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.42162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0946  16S rRNA-processing protein RimM  51.13 
 
 		 237 aa  185  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.501365  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0950  16S rRNA-processing protein RimM  50.68 
 
 		 225 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1662  16S rRNA-processing protein RimM  45.45 
 
 		 229 aa  167  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  48.11 
 
 		 187 aa  166  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  47.67 
 
 		 244 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  47.28 
 
 		 191 aa  162  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  42.18 
 
 		 213 aa  162  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  43.5 
 
 		 248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2967  16S rRNA-processing protein RimM  44.09 
 
 		 229 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0770  16S rRNA-processing protein RimM  46.63 
 
 		 231 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.116186 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2918  16S rRNA-processing protein RimM  44.09 
 
 		 229 aa  161  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0682  16S rRNA-processing protein RimM  45.08 
 
 		 194 aa  160  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0918  16S rRNA-processing protein RimM  44.09 
 
 		 230 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2544  16S rRNA-processing protein RimM  44.09 
 
 		 229 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0828457  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0229  16S rRNA-processing protein RimM  44.09 
 
 		 229 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  46.49 
 
 		 189 aa  160  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2858  16S rRNA-processing protein RimM  43.64 
 
 		 229 aa  159  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.765459  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0402  16S rRNA-processing protein RimM  44.09 
 
 		 211 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  42.64 
 
 		 202 aa  159  4e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  47.37 
 
 		 209 aa  155  7e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  47.37 
 
 		 190 aa  153  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  44.39 
 
 		 193 aa  153  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  45.41 
 
 		 184 aa  151  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3940  16S rRNA-processing protein RimM  45.21 
 
 		 192 aa  149  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.519471 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  38.89 
 
 		 184 aa  137  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0518  16S rRNA processing protein RimM  39.67 
 
 		 188 aa  135  4e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.541026  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  38.8 
 
 		 168 aa  118  7e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  40 
 
 		 172 aa  117  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  37.57 
 
 		 189 aa  116  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  34.62 
 
 		 176 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  32.97 
 
 		 176 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 177 aa  112  6e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  30.94 
 
 		 182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  30.94 
 
 		 182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 177 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  31.32 
 
 		 183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  31.32 
 
 		 183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  30.94 
 
 		 182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  31.32 
 
 		 183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  30.94 
 
 		 182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  30.94 
 
 		 182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  30.94 
 
 		 183 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  30.94 
 
 		 182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  31.32 
 
 		 183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  30.94 
 
 		 183 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  31.32 
 
 		 183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  30.94 
 
 		 182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  37.91 
 
 		 170 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  29.67 
 
 		 182 aa  108  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  33.71 
 
 		 176 aa  108  6e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  34.25 
 
 		 176 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  31.87 
 
 		 182 aa  108  9.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  29.67 
 
 		 182 aa  107  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  29.67 
 
 		 182 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  32.97 
 
 		 176 aa  105  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  34.1 
 
 		 164 aa  105  8e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  35.23 
 
 		 175 aa  104  8e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0648  16S rRNA processing protein RimM  33.15 
 
 		 181 aa  103  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.144328  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  32.61 
 
 		 182 aa  102  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  31.49 
 
 		 176 aa  102  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  31.49 
 
 		 182 aa  102  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  31.49 
 
 		 176 aa  101  7e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  37.99 
 
 		 172 aa  101  8e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  34.05 
 
 		 176 aa  101  9e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  34.05 
 
 		 176 aa  101  9e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  34.05 
 
 		 176 aa  101  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  34.05 
 
 		 176 aa  101  9e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  31.32 
 
 		 175 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  29.03 
 
 		 177 aa  100  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  32.04 
 
 		 176 aa  100  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  30.73 
 
 		 176 aa  100  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  32.61 
 
 		 182 aa  100  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1358  16S rRNA-processing protein RimM  31.87 
 
 		 177 aa  99.4  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  33.51 
 
 		 178 aa  99.4  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  31.87 
 
 		 176 aa  99.4  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  31.87 
 
 		 176 aa  99.4  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  31.32 
 
 		 175 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  29.95 
 
 		 178 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 184 aa  97.8  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  35.2 
 
 		 179 aa  97.4  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  31.32 
 
 		 176 aa  97.4  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  29.67 
 
 		 182 aa  97.1  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3769  16S rRNA processing protein RimM  28.89 
 
 		 181 aa  95.5  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000183564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 		 176 aa  95.5  6e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  29.12 
 
 		 182 aa  95.1  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  28.73 
 
 		 182 aa  95.1  8e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1630  16S rRNA-processing protein RimM  30.6 
 
 		 168 aa  95.1  8e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000568977  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  30.34 
 
 		 175 aa  94.7  9e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0551  16S rRNA-processing protein RimM  30.6 
 
 		 168 aa  94.4  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.44188e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  31.87 
 
 		 176 aa  92.8  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>