More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_0072 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_0072  peptide deformylase  100 
 
 
171 aa  345  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0055  peptide deformylase  95.32 
 
 
171 aa  335  2e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0323144 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0054  peptide deformylase  82.35 
 
 
174 aa  301  2e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.847323  hitchhiker  0.000416121 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0542  peptide deformylase  79.87 
 
 
176 aa  275  3e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1035  peptide deformylase  72.94 
 
 
187 aa  272  1e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0976  peptide deformylase  72.94 
 
 
187 aa  272  1e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.428714  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1344  peptide deformylase  71.18 
 
 
175 aa  262  1e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0394  peptide deformylase  72.19 
 
 
177 aa  259  1e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3146  peptide deformylase  65.29 
 
 
171 aa  236  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.107781  normal  0.346577 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3305  peptide deformylase  62.72 
 
 
172 aa  234  3e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0514769  normal  0.598206 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1598  peptide deformylase  61.18 
 
 
171 aa  225  3e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24157  normal  0.0664949 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0496  peptide deformylase  61.93 
 
 
193 aa  224  4e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215202  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1319  peptide deformylase  58.76 
 
 
182 aa  222  2e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1636  peptide deformylase  60.59 
 
 
171 aa  222  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1918  peptide deformylase  60.59 
 
 
171 aa  222  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.232205  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3693  peptide deformylase  60.34 
 
 
175 aa  219  1e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0625  peptide deformylase  60.95 
 
 
175 aa  218  2e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0803  peptide deformylase  60.36 
 
 
175 aa  218  2e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.605811 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3064  peptide deformylase  59.77 
 
 
187 aa  217  7e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0081  peptide deformylase  60.95 
 
 
175 aa  216  8e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.364538  normal  0.0628749 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7337  peptide deformylase  60.82 
 
 
175 aa  216  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0673  peptide deformylase  60.36 
 
 
175 aa  215  3e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.478073  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1128  peptide deformylase  60.69 
 
 
196 aa  214  4e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0261  peptide deformylase  63.23 
 
 
173 aa  213  8e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.632283 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4045  peptide deformylase  57.47 
 
 
177 aa  212  2e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.606485 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4240  peptide deformylase  61.08 
 
 
173 aa  204  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.003685 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0251  peptide deformylase  56.82 
 
 
180 aa  203  1e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.142586 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4749  peptide deformylase  60.48 
 
 
173 aa  202  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.135374  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2896  peptide deformylase  51.87 
 
 
188 aa  199  1e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.277064  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0442  peptide deformylase  52.66 
 
 
174 aa  196  1e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.33127  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2580  peptide deformylase  55.95 
 
 
174 aa  194  6e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.341575  hitchhiker  6.72564e-06 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0872  peptide deformylase  52.07 
 
 
177 aa  190  8e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2532  peptide deformylase  52.07 
 
 
177 aa  190  8e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0298154  normal  0.981037 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0466  peptide deformylase  52.69 
 
 
174 aa  188  4e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0179  peptide deformylase  51.18 
 
 
187 aa  187  5e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.340419  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0148  peptide deformylase  52.07 
 
 
177 aa  187  6e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0021  peptide deformylase  51.18 
 
 
172 aa  184  6e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.243681  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  50.59 
 
 
168 aa  182  2e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  50.59 
 
 
168 aa  181  5e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  2.67775e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  51.76 
 
 
168 aa  181  5e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  51.76 
 
 
168 aa  180  8e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2867  peptide deformylase  55.62 
 
 
170 aa  178  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4570  peptide deformylase  54.49 
 
 
173 aa  177  4e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  51.83 
 
 
178 aa  177  4e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  50 
 
 
168 aa  177  5e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  50.59 
 
 
168 aa  177  5e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0647  peptide deformylase  47.95 
 
 
173 aa  177  8e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.895591  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3585  peptide deformylase  52.02 
 
 
170 aa  177  9e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  49.41 
 
 
168 aa  176  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  1.33405e-06 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  49.41 
 
 
168 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  4.0176e-07 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  50 
 
 
168 aa  176  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  49.41 
 
 
168 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0023  peptide deformylase  50.59 
 
 
169 aa  173  1e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  48.82 
 
 
168 aa  172  2e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  4.47721e-15 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1778  peptide deformylase  47.31 
 
 
171 aa  171  4e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.818545  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3350  peptide deformylase  51.18 
 
 
172 aa  171  4e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.954138  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3014  peptide deformylase  49.41 
 
 
167 aa  170  8e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2079  peptide deformylase  46.47 
 
 
171 aa  168  3e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1865  peptide deformylase  50.9 
 
 
170 aa  168  4e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1929  peptide deformylase  50.3 
 
 
170 aa  168  4e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0409  peptide deformylase  50.3 
 
 
188 aa  167  6e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  48.54 
 
 
177 aa  167  6e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  48.81 
 
 
167 aa  167  6e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0020  polypeptide deformylase  46.43 
 
 
171 aa  167  9e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0043  peptide deformylase  50.6 
 
 
167 aa  166  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.598782  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0725  peptide deformylase  48.21 
 
 
185 aa  166  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2648  hypothetical protein  51.18 
 
 
170 aa  166  1e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0021  peptide deformylase  47.65 
 
 
167 aa  166  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2518  hypothetical protein  51.18 
 
 
170 aa  166  1e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2323  peptide deformylase  51.18 
 
 
169 aa  166  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.180908  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0346  peptide deformylase  48.19 
 
 
179 aa  166  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0716574  normal  0.0241659 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3565  peptide deformylase  49.39 
 
 
168 aa  165  3e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0042  peptide deformylase  47.34 
 
 
176 aa  165  3e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0032  peptide deformylase  49.41 
 
 
168 aa  165  3e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3736  peptide deformylase  47.65 
 
 
170 aa  165  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00186056 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0195  peptide deformylase  50.6 
 
 
178 aa  164  4e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4082  peptide deformylase  48.47 
 
 
170 aa  164  5e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.364663  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04055  peptide deformylase  55.24 
 
 
152 aa  164  5e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0193  peptide deformylase  48.48 
 
 
169 aa  164  5e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0078  peptide deformylase  48.17 
 
 
167 aa  164  5e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0142  peptide deformylase  48.75 
 
 
173 aa  164  6e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00942793  normal  0.794986 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0762  peptide deformylase  47.62 
 
 
185 aa  164  7e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.100795  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0038  peptide deformylase  47.31 
 
 
184 aa  163  9e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0030  peptide deformylase  47.31 
 
 
184 aa  163  9e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002057  peptide deformylase  50.61 
 
 
172 aa  163  1e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.424393  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0038  peptide deformylase  47.93 
 
 
169 aa  162  1e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.346284 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5113  peptide deformylase  47.65 
 
 
173 aa  163  1e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0220791  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3860  peptide deformylase  47.93 
 
 
169 aa  163  1e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0165  peptide deformylase  44.57 
 
 
179 aa  163  1e-39  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0043  peptide deformylase  42.08 
 
 
185 aa  163  1e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.715813  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00391  peptide deformylase  50.61 
 
 
172 aa  162  2e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3396  peptide deformylase  47.31 
 
 
170 aa  162  2e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.64649  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4051  peptide deformylase  47.31 
 
 
170 aa  162  2e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.586324  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0024  peptide deformylase  49.41 
 
 
170 aa  162  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0768  peptide deformylase  47.02 
 
 
185 aa  162  3e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0336972  normal  0.920717 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00022  peptide deformylase  46.47 
 
 
169 aa  162  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0031  peptide deformylase  48.24 
 
 
199 aa  161  4e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0070  peptide deformylase  46.47 
 
 
169 aa  161  5e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0762  peptide deformylase  47.02 
 
 
185 aa  160  6e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.458132  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3182  peptide deformylase  46.43 
 
 
167 aa  160  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.98572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>