More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1336 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_2099  threonyl-tRNA synthetase  60.22 
 
 
635 aa  806  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1779  threonyl-tRNA synthetase  67.4 
 
 
635 aa  932  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420901  normal  0.799245 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4616  threonyl-tRNA synthetase  84.45 
 
 
643 aa  1125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00213357 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2330  threonyl-tRNA synthetase  56.01 
 
 
642 aa  774  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0271546  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10531  threonyl-tRNA synthetase  56.54 
 
 
638 aa  799  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.487806  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0777  threonyl-tRNA synthetase  55.9 
 
 
654 aa  741  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.795013  normal  0.073481 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2263  threonyl-tRNA synthetase  56.07 
 
 
642 aa  776  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  1.63048e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2144  threonyl-tRNA synthetase  55.85 
 
 
642 aa  760  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000681025  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2120  threonyl-tRNA synthetase  55.3 
 
 
642 aa  770  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  5.84166e-05  normal  0.0496634 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1937  threonyl-tRNA synthetase  56.79 
 
 
642 aa  770  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.27542e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1800  threonyl-tRNA synthetase  56.79 
 
 
642 aa  770  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.1107e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02079  threonyl-tRNA synthetase  56.85 
 
 
642 aa  764  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1415  threonyl-tRNA synthetase  59.13 
 
 
660 aa  810  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  9.39714e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1478  threonyl-tRNA synthetase  59.13 
 
 
660 aa  813  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  1.48351e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2625  threonyl-tRNA synthetase  55.69 
 
 
642 aa  769  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  8.21618e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2321  threonyl-tRNA synthetase  54.46 
 
 
675 aa  722  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.313721 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6323  threonyl-tRNA synthetase  54.19 
 
 
670 aa  696  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0103626 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1452  threonyl-tRNA synthetase  66.93 
 
 
635 aa  926  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0192845  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2491  threonyl-tRNA synthetase  55.61 
 
 
642 aa  770  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00112061  hitchhiker  0.000543841 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1924  threonyl-tRNA synthetase  53.38 
 
 
675 aa  704  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0331233 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1967  threonyl-tRNA synthetase  58.46 
 
 
640 aa  822  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0134711  normal  0.0132251 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1472  threonyl-tRNA synthetase  57.1 
 
 
642 aa  772  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000205456  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1913  threonyl-tRNA synthetase  56.79 
 
 
642 aa  770  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.121147  normal  0.299034 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1820  threonyl-tRNA synthetase  55.69 
 
 
642 aa  769  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000360561  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1384  threonyl-tRNA synthetase  49.92 
 
 
635 aa  656  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  7.17334e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4525  threonyl-tRNA synthetase  55.28 
 
 
659 aa  703  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.082511 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3481  threonyl-tRNA synthetase  58.31 
 
 
640 aa  821  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.800828  normal  0.0249513 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2057  threonyl-tRNA synthetase  51.49 
 
 
634 aa  665  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  1.36416e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1638  threonyl-tRNA synthetase  54.97 
 
 
660 aa  721  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.360122  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2668  threonyl-tRNA synthetase  57.6 
 
 
652 aa  785  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.107403  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1712  threonyl-tRNA synthetase  55.69 
 
 
642 aa  769  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  7.03633e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1724  threonyl-tRNA synthetase  56.47 
 
 
642 aa  772  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0116827  normal  0.392039 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0851  threonyl-tRNA synthetase  53.58 
 
 
646 aa  727  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0829  threonyl-tRNA synthetase  70.38 
 
 
640 aa  964  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.127421  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1612  threonyl-tRNA synthetase  52.81 
 
 
635 aa  713  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  1.78172e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2032  threonyl-tRNA synthetase  56.07 
 
 
642 aa  774  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0621532  hitchhiker  4.04638e-05 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06231  threonyl-tRNA synthetase  54.43 
 
 
638 aa  744  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0963  threonyl-tRNA synthetase  68.82 
 
 
635 aa  942  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0747512  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1735  threonyl-tRNA synthetase  68.82 
 
 
635 aa  942  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261137  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1712  threonyl-tRNA synthetase  68.82 
 
 
635 aa  942  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.713127  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2148  threonyl-tRNA synthetase  56.01 
 
 
642 aa  774  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00500642  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2039  threonyl-tRNA synthetase  53.74 
 
 
646 aa  723  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1228  threonyl-tRNA synthetase  52.19 
 
 
635 aa  701  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000338672  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2018  threonyl-tRNA synthetase  56.16 
 
 
642 aa  778  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000164437  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1976  threonyl-tRNA synthetase  58.31 
 
 
640 aa  820  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.30647  normal  0.0664699 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0942  threonyl-tRNA synthetase  57.19 
 
 
642 aa  774  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  4.84442e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2154  threonyl-tRNA synthetase  54.71 
 
 
661 aa  729  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2222  threonyl-tRNA synthetase  56.01 
 
 
642 aa  774  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  6.82535e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2504  threonyl-tRNA synthetase  59.06 
 
 
640 aa  821  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2597  threonyl-tRNA synthetase  62.97 
 
 
645 aa  851  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  1.86587e-06  hitchhiker  0.000386738 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1054  threonyl-tRNA synthetase  52.47 
 
 
660 aa  707  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.290687  normal  0.56724 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2136  threonyl-tRNA synthetase  58.46 
 
 
644 aa  829  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  2.63348e-08  hitchhiker  0.00165189 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3225  threonyl-tRNA synthetase  58.15 
 
 
640 aa  820  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.529889 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2746  threonyl-tRNA synthetase  54.45 
 
 
690 aa  695  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.180783 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1035  threonyl-tRNA synthetase  54.56 
 
 
693 aa  728  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.233676  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5204  threonyl-tRNA synthetase  54.55 
 
 
688 aa  705  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144339 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2196  threonyl-tRNA synthetase  56.49 
 
 
640 aa  749  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.163846  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2628  threonyl-tRNA synthetase  52.52 
 
 
645 aa  690  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  2.55721e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0202  threonyl-tRNA synthetase  68.82 
 
 
635 aa  942  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00540019  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1745  threonyl-tRNA synthetase  80.91 
 
 
637 aa  1066  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2823  threonyl-tRNA synthetase  48.92 
 
 
643 aa  651  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  1.77582e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1647  threonyl-tRNA synthetase  76.68 
 
 
635 aa  1022  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0710025 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2044  threonyl-tRNA synthetase  52.24 
 
 
661 aa  691  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565288  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1870  threonyl-tRNA synthetase  69.28 
 
 
635 aa  944  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.47552  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20420  threonyl-tRNA synthetase  58.43 
 
 
640 aa  801  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1448  threonyl-tRNA synthetase  87.15 
 
 
639 aa  1142  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2211  threonyl-tRNA synthetase  51.82 
 
 
666 aa  697  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.920891  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1450  threonyl-tRNA synthetase  57.19 
 
 
643 aa  750  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1372  threonyl-tRNA synthetase  50.47 
 
 
635 aa  677  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  3.83369e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7169  threonyl-tRNA synthetase  53.73 
 
 
670 aa  695  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.308323  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0185  threonyl-tRNA synthetase  51.72 
 
 
639 aa  692  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.79764e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2405  threonyl-tRNA synthetase  46.01 
 
 
639 aa  635  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2973  threonyl-tRNA synthetase  46.95 
 
 
640 aa  640  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.617243 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2053  threonyl-tRNA synthetase  56.16 
 
 
642 aa  767  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.22159  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01677  hypothetical protein  57.1 
 
 
642 aa  772  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0538316  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1951  threonyl-tRNA synthetase  56.16 
 
 
642 aa  771  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.250897  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0912  threonyl-tRNA synthetase  57.25 
 
 
638 aa  772  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0608  threonyl-tRNA synthetase  49.92 
 
 
634 aa  666  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.769524  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0392  threonyl-tRNA synthetase  48.36 
 
 
633 aa  649  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003716  threonyl-tRNA synthetase  55.78 
 
 
642 aa  759  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.63633e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1320  threonyl-tRNA synthetase  62.93 
 
 
637 aa  836  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.865645  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2180  threonyl-tRNA synthetase  56.01 
 
 
642 aa  765  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0516058  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1669  threonyl-tRNA synthetase  51.26 
 
 
637 aa  659  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  1.37846e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0043  threonyl-tRNA synthetase  51.26 
 
 
649 aa  652  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2401  threonyl-tRNA synthetase  50.16 
 
 
634 aa  675  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.162517  normal  0.284009 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2997  threonyl-tRNA synthetase  50.86 
 
 
644 aa  637  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2230  threonyl-tRNA synthetase  53.23 
 
 
636 aa  699  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00712554 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1888  threonyl-tRNA synthetase  55.69 
 
 
642 aa  762  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0984  threonyl-tRNA synthetase  51.32 
 
 
644 aa  639  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.234013 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2614  threonyl-tRNA synthetase  54.78 
 
 
644 aa  708  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2598  threonyl-tRNA synthetase  54.31 
 
 
675 aa  719  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.311261 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2805  threonyl-tRNA synthetase  60.16 
 
 
633 aa  823  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3886  threonyl-tRNA synthetase  53.6 
 
 
687 aa  712  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1869  threonyl-tRNA synthetase  53.63 
 
 
646 aa  692  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130621  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2276  threonyl-tRNA synthetase  54.55 
 
 
675 aa  721  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.644859 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01383  threonyl-tRNA synthetase  59.91 
 
 
649 aa  830  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1977  threonyl-tRNA synthetase  75.9 
 
 
635 aa  1013  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2756  threonyl-tRNA synthetase  66.93 
 
 
635 aa  932  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323332  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1961  threonyl-tRNA synthetase  56.94 
 
 
642 aa  770  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000224309  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1558  threonyl-tRNA synthetase  66.61 
 
 
635 aa  929  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>