More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1955 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01688  threonyl-tRNA synthetase  78.19 
 
 
642 aa  1082    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0363313  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1923  threonyl-tRNA synthetase  78.19 
 
 
642 aa  1082    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000181503  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2061  threonyl-tRNA synthetase  61.38 
 
 
641 aa  820    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.399726  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1515  threonyl-tRNA synthetase  48.41 
 
 
636 aa  644    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00436769  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2465  threonyl-tRNA synthetase  64.78 
 
 
640 aa  896    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0717195  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0427  threonyl-tRNA synthetase  57.35 
 
 
640 aa  807    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0436469  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0942  threonyl-tRNA synthetase  76.95 
 
 
642 aa  1061    Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000484442  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2039  threonyl-tRNA synthetase  50.55 
 
 
646 aa  663    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0693  threonyl-tRNA synthetase  60.6 
 
 
638 aa  845    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.287981  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0978  threonyl-tRNA synthetase  49.92 
 
 
633 aa  671    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1577  threonyl-tRNA synthetase  58.33 
 
 
635 aa  775    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704052  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0829  threonyl-tRNA synthetase  59.06 
 
 
640 aa  807    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.127421  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06621  threonyl-tRNA synthetase  57.53 
 
 
638 aa  801    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.296705  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2909  threonyl-tRNA synthetase  74.33 
 
 
636 aa  1038    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1539  threonyl-tRNA synthetase  59.65 
 
 
635 aa  806    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1071  threonyl-tRNA synthetase  47.98 
 
 
658 aa  652    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2299  threonyl-tRNA synthetase  99.38 
 
 
642 aa  1339    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2378  threonyl-tRNA synthetase  63.36 
 
 
640 aa  882    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.423573  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1724  threonyl-tRNA synthetase  78.47 
 
 
642 aa  1077    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0116827  normal  0.392039 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18621  threonyl-tRNA synthetase  62.05 
 
 
640 aa  867    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.450861 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3225  threonyl-tRNA synthetase  64.47 
 
 
640 aa  893    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.529889 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06531  threonyl-tRNA synthetase  59.65 
 
 
640 aa  854    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1976  threonyl-tRNA synthetase  64.43 
 
 
640 aa  899    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.30647  normal  0.0664699 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1888  Ser-tRNA(Thr) hydrolase / threonyl-tRNA synthetase  56.24 
 
 
635 aa  764    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0150098 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1096  threonyl-tRNA synthetase  59.65 
 
 
635 aa  806    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869704  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2770  threonyl-tRNA synthetase  58.54 
 
 
637 aa  803    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2643  threonyl-tRNA synthetase  58.23 
 
 
637 aa  803    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2162  threonyl-tRNA synthetase  63.31 
 
 
640 aa  882    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749908  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2098  threonyl-tRNA synthetase  61.14 
 
 
644 aa  838    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000824061  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2677  threonyl-tRNA synthetase / Ser-tRNA(Thr) hydrolase  56.76 
 
 
638 aa  765    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.123605 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0033  threonyl-tRNA synthetase  58.78 
 
 
641 aa  848    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.611945  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1275  threonyl-tRNA synthetase  57.23 
 
 
635 aa  789    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.966183  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0934  threonyl-tRNA synthetase  48.16 
 
 
633 aa  642    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.026136  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1007  Ser-tRNA(Thr) hydrolase / threonyl-tRNA synthetase  57.86 
 
 
637 aa  763    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.245371  normal  0.0129716 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2035  threonyl-tRNA synthetase  48.89 
 
 
686 aa  649    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1735  threonyl-tRNA synthetase  59.65 
 
 
635 aa  806    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261137  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1890  threonyl-tRNA synthetase  59.65 
 
 
635 aa  806    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.190857  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1140  threonyl-tRNA synthetase  52.4 
 
 
644 aa  689    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000099925  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1931  threonyl-tRNA synthetase  63.36 
 
 
640 aa  873    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0165537  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0385  threonyl-tRNA synthetase  50.55 
 
 
646 aa  664    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.752042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2628  threonyl-tRNA synthetase  48.57 
 
 
645 aa  649    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000255721  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4615  threonyl-tRNA synthetase  58.46 
 
 
635 aa  796    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00961863  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0641  threonyl-tRNA synthetase  49.43 
 
 
658 aa  664    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2400  threonyl-tRNA synthetase  56.47 
 
 
639 aa  758    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.459202  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1411  threonyl-tRNA synthetase  49.21 
 
 
645 aa  650    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000074774  normal  0.343495 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0963  threonyl-tRNA synthetase  59.65 
 
 
635 aa  806    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0747512  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1667  threonyl-tRNA synthetase  61.57 
 
 
642 aa  865    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.301446  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2018  threonyl-tRNA synthetase  97.2 
 
 
642 aa  1321    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000164437  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0202  threonyl-tRNA synthetase  59.65 
 
 
635 aa  806    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00540019  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1765  threonyl-tRNA synthetase  89.56 
 
 
642 aa  1224    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0145935  normal  0.0322125 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0597  threonyl-tRNA synthetase  58.67 
 
 
638 aa  805    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.56327  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0487  threonyl-tRNA synthetase  57.08 
 
 
638 aa  769    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.348528  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3487  threonyl-tRNA synthetase  52.93 
 
 
643 aa  701    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2196  threonyl-tRNA synthetase  50.98 
 
 
640 aa  664    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.163846  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2595  threonyl-tRNA synthetase  59.81 
 
 
635 aa  808    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1712  threonyl-tRNA synthetase  59.65 
 
 
635 aa  806    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.713127  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2168  threonyl-tRNA synthetase  50.89 
 
 
661 aa  664    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.762302  normal  0.0294607 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0851  threonyl-tRNA synthetase  51.05 
 
 
646 aa  657    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1035  threonyl-tRNA synthetase  47.98 
 
 
693 aa  651    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.233676  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0006  threonyl-tRNA synthetase  47.13 
 
 
633 aa  639    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.999215  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1336  threonyl-tRNA synthetase  56.47 
 
 
669 aa  778    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1577  threonyl-tRNA synthetase  60.69 
 
 
636 aa  844    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.219126  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3121  threonyl-tRNA synthetase  50.65 
 
 
679 aa  654    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2003  threonyl-tRNA synthetase  60.35 
 
 
635 aa  827    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00562927  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2102  threonyl-tRNA synthetase  57.08 
 
 
635 aa  774    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.692107  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1371  threonyl-tRNA synthetase  58.7 
 
 
635 aa  803    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1705  threonyl-tRNA synthetase  91.43 
 
 
642 aa  1257    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0371819  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3261  threonyl-tRNA synthetase  49.92 
 
 
687 aa  657    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.565813  normal  0.0408031 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1799  threonyl-tRNA synthetase / Ser-tRNA(Thr) hydrolase  59.43 
 
 
632 aa  830    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.302616  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1669  threonyl-tRNA synthetase  49.28 
 
 
681 aa  651    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115883  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2417  threonyl-tRNA synthetase  60.72 
 
 
644 aa  842    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00010604  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1160  threonyl-tRNA synthetase  58.02 
 
 
635 aa  804    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.139321  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0472  threonyl-tRNA synthetase  63.71 
 
 
642 aa  888    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.158793  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2148  threonyl-tRNA synthetase  96.88 
 
 
642 aa  1315    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00500642  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2219  threonyl-tRNA synthetase  71.5 
 
 
635 aa  994    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00166056  normal  0.0562711 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1721  threonyl-tRNA synthetase  51.87 
 
 
648 aa  664    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06231  threonyl-tRNA synthetase  59.16 
 
 
638 aa  805    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0993  threonyl-tRNA synthetase  58.62 
 
 
635 aa  801    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.31786  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06531  threonyl-tRNA synthetase  59.16 
 
 
638 aa  806    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.218915  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2499  threonyl-tRNA synthetase  76.8 
 
 
638 aa  1062    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0219257  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1007  threonyl-tRNA synthetase  48.9 
 
 
656 aa  655    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.585418  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1228  threonyl-tRNA synthetase  48.66 
 
 
635 aa  654    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000338672  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0844  threonyl-tRNA synthetase  76.79 
 
 
642 aa  1072    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1955  threonyl-tRNA synthetase  100 
 
 
642 aa  1345    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000861339  normal  0.340559 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2021  threonyl-tRNA synthetase  99.84 
 
 
642 aa  1342    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0151437  normal  0.0679206 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0768  threonyl-tRNA synthetase  58.93 
 
 
641 aa  833    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.67512  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2028  threonyl-tRNA synthetase  91.43 
 
 
642 aa  1259    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.455146  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5204  threonyl-tRNA synthetase  51.44 
 
 
688 aa  671    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144339 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2393  Ser-tRNA(Thr) hydrolase / threonyl-tRNA synthetase  52.29 
 
 
644 aa  679    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.975747 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1359  threonyl-tRNA synthetase  59.09 
 
 
635 aa  799    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28650  threonyl-tRNA synthetase  64.31 
 
 
640 aa  887    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000737785 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2859  threonyl-tRNA synthetase  57.57 
 
 
639 aa  784    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.248456  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3089  threonyl-tRNA synthetase  54.79 
 
 
639 aa  729    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.345995  normal  0.0971389 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1475  threonyl-tRNA synthetase  58.62 
 
 
635 aa  801    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274744  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2032  threonyl-tRNA synthetase  89.56 
 
 
642 aa  1232    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0621532  hitchhiker  0.0000404638 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0363  threonyl-tRNA synthetase  48.99 
 
 
648 aa  637    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0255987  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2043  threonyl-tRNA synthetase  100 
 
 
642 aa  1345    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000275607  normal  0.0123196 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2308  threonyl-tRNA synthetase  49.13 
 
 
636 aa  658    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.304156  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2854  threonyl-tRNA synthetase  55.82 
 
 
635 aa  776    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0336987 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0955  threonyl-tRNA synthetase  50 
 
 
648 aa  643    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.843203  normal  0.958295 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>