267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2693 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2693  putative outer membrane usher transmembrane protein  100 
 
 		 754 aa  1518    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.513198 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0304  fimbrial biogenesis protein  39.39 
 
 		 788 aa  481  1e-134  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.331529  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0778  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.45 
 
 		 778 aa  438  1e-121  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.243314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0610  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.72 
 
 		 798 aa  384  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000874993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0865  fimbrial usher protein  32.4 
 
 		 842 aa  343  7e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0142606  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0007  outer membrane usher protein, putative  31.16 
 
 		 814 aa  332  1e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0008  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.16 
 
 		 807 aa  332  1e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.333359  hitchhiker  0.00375796 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0144  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.49 
 
 		 791 aa  329  1.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0342  putative outer membrane usher protein fimD  30.13 
 
 		 765 aa  326  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1069  fimbrial usher protein  32.1 
 
 		 766 aa  320  6e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1220  fimbrial usher protein  31.96 
 
 		 803 aa  319  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348737  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1062  P pilus assembly protein, porin PapC  31.96 
 
 		 766 aa  319  1e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819207  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1607  fimbrial usher protein  31.96 
 
 		 766 aa  318  2e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4395  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.73 
 
 		 794 aa  318  3e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2992  fimbrial usher protein  31.96 
 
 		 984 aa  317  4e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0719  fimbrial usher protein  31.83 
 
 		 766 aa  316  8e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.308044  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2294  fimbrial usher protein  31.83 
 
 		 766 aa  316  8e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5759  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.91 
 
 		 785 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.337468 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2475  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.64 
 
 		 748 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2341  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.35 
 
 		 816 aa  303  1e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194794 
 
 
-
 
NC_003296  RS03043  signal peptide protein  30.19 
 
 		 786 aa  295  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.117793  normal  0.374685 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1268  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.84 
 
 		 849 aa  278  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0271633  normal  0.105864 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1921  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.04 
 
 		 775 aa  273  7e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4602  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.19 
 
 		 786 aa  271  5e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.930496 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3333  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.35 
 
 		 797 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2362  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.16 
 
 		 797 aa  270  7e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.768373  normal  0.836165 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.18 
 
 		 834 aa  269  1e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1962  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.53 
 
 		 765 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.120798 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1663  fimbrial usher protein  27 
 
 		 815 aa  267  5e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1774  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27 
 
 		 815 aa  267  5.999999999999999e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.613765  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2671  fimbrial usher protein  27 
 
 		 815 aa  267  7e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0183033 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5301  hypothetical protein  28.86 
 
 		 790 aa  265  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2459  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.06 
 
 		 794 aa  265  2e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61540  hypothetical protein  29.94 
 
 		 790 aa  265  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.675454  normal  0.215257 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1802  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.91 
 
 		 781 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0548904  normal  0.220264 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01136  outer membrane usher protein FasD  30.94 
 
 		 783 aa  256  1.0000000000000001e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0354539  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2108  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.19 
 
 		 782 aa  256  1.0000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424267 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.7 
 
 		 808 aa  252  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.218123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3599  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.93 
 
 		 778 aa  239  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3740  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.66 
 
 		 778 aa  237  7e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540058  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.46 
 
 		 778 aa  236  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2677  fimbrial usher protein  28.29 
 
 		 766 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1636  fimbrial usher protein  28.23 
 
 		 803 aa  230  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1793  putative fimbriae-related protein  28.23 
 
 		 810 aa  230  9e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0477  fimbrial usher family protein  28.1 
 
 		 803 aa  228  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.468363  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1614  fimbrial usher protein  28.23 
 
 		 803 aa  228  3e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1399  fimbrial usher protein  28.1 
 
 		 782 aa  228  4e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1446  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.52 
 
 		 789 aa  226  1e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0535  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.22 
 
 		 734 aa  221  3e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2819  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.91 
 
 		 788 aa  220  7.999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1270  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.15 
 
 		 790 aa  211  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.465422 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2057  fimbrial biogenesis protein  26.51 
 
 		 834 aa  204  5e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000165922  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001218  CsuD  28.04 
 
 		 804 aa  200  7.999999999999999e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.53 
 
 		 930 aa  108  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.7 
 
 		 866 aa  103  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  27.9 
 
 		 836 aa  102  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0185038 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0331  outer-membrane fimbrial usher protein  27.72 
 
 		 836 aa  101  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  27.82 
 
 		 836 aa  100  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.200021 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0330  outer-membrane fimbrial usher protein  27.85 
 
 		 836 aa  100  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.428849  normal  0.361792 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  24.96 
 
 		 842 aa  97.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  24.96 
 
 		 842 aa  96.3  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  24.79 
 
 		 842 aa  95.9  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0764  hypothetical protein  27.22 
 
 		 840 aa  94.7  6e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.75 
 
 		 1040 aa  94  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.66 
 
 		 851 aa  93.6  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.01 
 
 		 837 aa  91.3  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37030  usher  24.93 
 
 		 872 aa  91.3  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.75 
 
 		 840 aa  90.5  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2757  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.74 
 
 		 823 aa  89.4  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0168  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  21.86 
 
 		 864 aa  89.4  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3391  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.65 
 
 		 859 aa  87  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1679  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.73 
 
 		 847 aa  84.7  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  24.43 
 
 		 939 aa  84.7  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1531  outer membrane usher protein PsaC precursor  23.74 
 
 		 823 aa  84.7  0.000000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00459102  normal  0.0366922 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2676  fimbrial usher protein  23.74 
 
 		 823 aa  84.7  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.529958  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  23.45 
 
 		 913 aa  84  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  23.45 
 
 		 914 aa  84  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.04 
 
 		 867 aa  83.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  23.74 
 
 		 914 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.71 
 
 		 880 aa  83.2  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.38 
 
 		 963 aa  81.6  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  23.59 
 
 		 848 aa  80.1  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.01 
 
 		 875 aa  80.1  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.01 
 
 		 875 aa  80.1  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.04 
 
 		 884 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.42 
 
 		 877 aa  79.3  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0199  outer membrane usher protein FimD  24.66 
 
 		 848 aa  79  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.548141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  24.41 
 
 		 848 aa  79  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.8 
 
 		 887 aa  78.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  24.41 
 
 		 848 aa  78.2  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  24.41 
 
 		 848 aa  78.2  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0300  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  20.97 
 
 		 850 aa  77  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0163  fimbrial usher family protein  24.68 
 
 		 789 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1631  putative fimbrial usher protein  24.53 
 
 		 855 aa  75.5  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121558  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.26 
 
 		 872 aa  74.3  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.9 
 
 		 851 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.36 
 
 		 844 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  23.41 
 
 		 870 aa  73.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  23.41 
 
 		 870 aa  72.8  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.66 
 
 		 852 aa  72  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>