More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1228 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1228  putative GidB, glucose inhibited division protein  100 
 
 		 206 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2889  methyltransferase GidB  98.06 
 
 		 206 aa  407  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2665  methyltransferase GidB  69.54 
 
 		 208 aa  269  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102332  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2866  methyltransferase GidB  49.49 
 
 		 205 aa  201  7e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0426802  normal  0.092936 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0201  methyltransferase GidB  49.49 
 
 		 211 aa  188  5e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.393208 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1275  methyltransferase GidB  44.55 
 
 		 226 aa  162  3e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0005  methyltransferase GidB  47.21 
 
 		 193 aa  160  9e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1409  methyltransferase GidB  42.93 
 
 		 212 aa  154  9e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.302587  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1835  16S rRNA methyltransferase GidB  47.18 
 
 		 245 aa  153  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0884797  normal  0.317572 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4387  16S rRNA methyltransferase GidB  45.54 
 
 		 211 aa  152  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1027  methyltransferase GidB  42.65 
 
 		 212 aa  151  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.707991  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3456  methyltransferase GidB  41.44 
 
 		 195 aa  147  8e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3929  16S rRNA methyltransferase GidB  42.29 
 
 		 205 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.441954 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3626  glucose inhibited division protein  42 
 
 		 201 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3203  16S rRNA methyltransferase GidB  42.45 
 
 		 213 aa  144  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4255  16S rRNA methyltransferase GidB  42.29 
 
 		 205 aa  143  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.412528  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_004310  BR2060  16S rRNA methyltransferase GidB  46.19 
 
 		 213 aa  143  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.774916  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1980  16S rRNA methyltransferase GidB  45.69 
 
 		 213 aa  142  5e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0860  16S rRNA methyltransferase GidB  44.67 
 
 		 213 aa  140  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2405  methyltransferase GidB  47.42 
 
 		 217 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.897894  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1938  methyltransferase GidB  40.53 
 
 		 209 aa  136  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.599081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0012  16S rRNA methyltransferase GidB  41.36 
 
 		 215 aa  134  8e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.017889  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1655  methyltransferase GidB  38.16 
 
 		 211 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.145416  normal  0.36216 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4092  methyltransferase GidB  41.29 
 
 		 211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.295538  normal  0.0121134 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1584  methyltransferase GidB  38.16 
 
 		 211 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.047924 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1286  methyltransferase GidB  41.15 
 
 		 221 aa  127  8.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1863  methyltransferase GidB  37.2 
 
 		 211 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0828096 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3470  16S rRNA methyltransferase GidB  40.82 
 
 		 210 aa  126  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2962  methyltransferase GidB  37.81 
 
 		 207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2847  methyltransferase GidB  42.63 
 
 		 217 aa  126  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.165278 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5025  methyltransferase GidB  39.04 
 
 		 221 aa  125  5e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.692099 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2589  methyltransferase GidB  38.1 
 
 		 219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.103455 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0431  16S rRNA methyltransferase GidB  39.58 
 
 		 233 aa  118  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0390  16S rRNA methyltransferase GidB  40.1 
 
 		 237 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.477358 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0289  16S rRNA methyltransferase GidB  39.49 
 
 		 234 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0166  16S rRNA methyltransferase GidB  36.41 
 
 		 222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.851437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0135  methyltransferase GidB  36.68 
 
 		 230 aa  108  5e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0096  16S rRNA methyltransferase GidB  38.42 
 
 		 277 aa  105  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.118813 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0104  16S rRNA methyltransferase GidB  36.98 
 
 		 260 aa  105  7e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0295  16S rRNA methyltransferase GidB  37.97 
 
 		 223 aa  102  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408188  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2855  methyltransferase GidB  38.74 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.223767 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03243  16S rRNA methyltransferase GidB  39.18 
 
 		 212 aa  97.1  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4617  16S rRNA methyltransferase GidB  39.72 
 
 		 214 aa  94.7  9e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0001  methyltransferase GidB  33.51 
 
 		 209 aa  91.7  7e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0073145  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4197  16S rRNA methyltransferase GidB  35.16 
 
 		 218 aa  90.9  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000264563 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0180  16S rRNA methyltransferase GidB  34.46 
 
 		 236 aa  90.1  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235371  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5441  16S rRNA methyltransferase GidB  33.52 
 
 		 216 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1398  16S rRNA methyltransferase GidB  32.22 
 
 		 225 aa  89  4e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00046822  hitchhiker  0.000739039 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1704  16S rRNA methyltransferase GidB  30.77 
 
 		 212 aa  88.6  6e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  32.96 
 
 		 216 aa  88.2  7e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113806  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5305  16S rRNA methyltransferase GidB  32.96 
 
 		 216 aa  88.2  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0197  16S rRNA methyltransferase GidB  31.15 
 
 		 204 aa  87.8  9e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0027  16S rRNA methyltransferase GidB  37.37 
 
 		 226 aa  87.8  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.292216 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0046  16S rRNA methyltransferase GidB  37.37 
 
 		 226 aa  87.4  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  35.26 
 
 		 214 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2216  16S rRNA methyltransferase GidB  35.8 
 
 		 234 aa  86.7  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4472  methyltransferase GidB  36.47 
 
 		 208 aa  87  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.374397  hitchhiker  0.00000000163094 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4305  methyltransferase GidB  30.82 
 
 		 212 aa  87  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.412707  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2518  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 210 aa  86.7  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000015126  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3276  16S rRNA methyltransferase GidB  37.8 
 
 		 228 aa  86.3  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606838  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0046  16S rRNA methyltransferase GidB  35.83 
 
 		 213 aa  86.3  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3069  16S rRNA methyltransferase GidB  32.14 
 
 		 209 aa  86.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  36.36 
 
 		 228 aa  85.5  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.978547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4376  16S rRNA methyltransferase GidB  33.78 
 
 		 206 aa  85.5  5e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000253102  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52260  16S rRNA methyltransferase GidB  35.92 
 
 		 215 aa  85.5  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4517  16S rRNA methyltransferase GidB  33.78 
 
 		 206 aa  85.5  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289594 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4375  16S rRNA methyltransferase GidB  33.78 
 
 		 206 aa  85.5  5e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.321441  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0807  16S rRNA methyltransferase GidB  26.2 
 
 		 231 aa  85.5  5e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4320  16S rRNA methyltransferase GidB  33.78 
 
 		 206 aa  85.5  5e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000104223 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5210  16S rRNA methyltransferase GidB  32.4 
 
 		 216 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4104  16S rRNA methyltransferase GidB  37.3 
 
 		 205 aa  85.1  7e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0344821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3754  methyltransferase GidB  34.39 
 
 		 219 aa  85.1  7e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0139272 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00432  16S rRNA methyltransferase GidB  32.77 
 
 		 211 aa  84.7  8e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2126  16S rRNA methyltransferase GidB  30.6 
 
 		 204 aa  84.7  8e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3084  glucose inhibited division protein  36.78 
 
 		 214 aa  84.3  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167506  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002020  ribosomal RNA small subunit methyltransferase G  33.57 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000210084  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4908  16S rRNA methyltransferase GidB  31.61 
 
 		 206 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.127096  normal  0.165929 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3786  16S rRNA methyltransferase GidB  35.86 
 
 		 221 aa  84  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.393771  decreased coverage  0.000261644 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3935  16S rRNA methyltransferase GidB  33.78 
 
 		 206 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.387591  hitchhiker  0.000403371 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4027  16S rRNA methyltransferase GidB  33.78 
 
 		 206 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.537471  normal  0.874868 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0001  16S rRNA methyltransferase GidB  33.78 
 
 		 206 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.895325  hitchhiker  0.000116578 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4539  16S rRNA methyltransferase GidB  32.56 
 
 		 206 aa  84  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0125661  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4757  16S rRNA methyltransferase GidB  33.78 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0111  16S rRNA methyltransferase GidB  36.93 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3762  16S rRNA methyltransferase GidB  31.55 
 
 		 208 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.247019  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  34.1 
 
 		 214 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3966  16S rRNA methyltransferase GidB  32.34 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.181169  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0095  16S rRNA methyltransferase GidB  36.36 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.706349 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3967  16S rRNA methyltransferase GidB  33.7 
 
 		 212 aa  82.8  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2176  methyltransferase GidB  36.36 
 
 		 216 aa  82.8  0.000000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000122528  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31930  glucose-inhibited division protein B  33.91 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3038  16S rRNA methyltransferase GidB  37.43 
 
 		 225 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.631468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2961  16S rRNA methyltransferase GidB  36.93 
 
 		 228 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0085  16S rRNA methyltransferase GidB  36.36 
 
 		 228 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.446759  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  36.93 
 
 		 228 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0318  16S rRNA methyltransferase GidB  30.22 
 
 		 228 aa  82  0.000000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.309267  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3294  methyltransferase GidB  36.75 
 
 		 208 aa  82  0.000000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4124  16S rRNA methyltransferase GidB  30.34 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000172745  normal  0.0365925 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4185  methyltransferase GidB  31.11 
 
 		 206 aa  81.6  0.000000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0282933  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3904  16S rRNA methyltransferase GidB  37.57 
 
 		 227 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>