More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0318 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0318  16S rRNA methyltransferase GidB  100 
 
 		 228 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.309267  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0209  16S rRNA methyltransferase GidB  66.51 
 
 		 238 aa  299  2e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.444443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2200  16S rRNA methyltransferase GidB  62.56 
 
 		 220 aa  272  3e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.997992  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2394  16S rRNA methyltransferase GidB  60.47 
 
 		 222 aa  270  2e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.547741  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1822  16S rRNA methyltransferase GidB  60.29 
 
 		 234 aa  263  2e-69  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2267  16S rRNA methyltransferase GidB  55.45 
 
 		 219 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0344279 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2035  16S rRNA methyltransferase GidB  54.63 
 
 		 221 aa  235  3e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00382628  normal  0.306355 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6920  methyltransferase GidB  43.28 
 
 		 207 aa  153  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.884506 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07365  glucose-inhibited division protein  41.1 
 
 		 209 aa  129  3e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0268535  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1307  16S rRNA methyltransferase GidB  37.37 
 
 		 221 aa  127  2.0000000000000002e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1931  methyltransferase GidB  37.31 
 
 		 205 aa  125  7e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2407  16S rRNA methyltransferase GidB  33.51 
 
 		 240 aa  123  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4081  methyltransferase GidB  37.62 
 
 		 209 aa  122  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.342652  normal  0.185118 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1432  methyltransferase GidB  37.38 
 
 		 210 aa  118  9e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.416586  normal  0.596678 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1749  16S rRNA methyltransferase GidB  39.75 
 
 		 209 aa  117  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5633  16S rRNA methyltransferase GidB  32.78 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5335  16S rRNA methyltransferase GidB  32.78 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5163  16S rRNA methyltransferase GidB  32.78 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5179  16S rRNA methyltransferase GidB  32.78 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5732  16S rRNA methyltransferase GidB  32.78 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5592  16S rRNA methyltransferase GidB  32.78 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000593206 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3555  16S rRNA methyltransferase GidB  33.52 
 
 		 238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5669  16S rRNA methyltransferase GidB  32.78 
 
 		 239 aa  110  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5275  16S rRNA methyltransferase GidB  32.78 
 
 		 239 aa  109  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4955  methyltransferase GidB  35.54 
 
 		 239 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000894491  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5609  16S rRNA methyltransferase GidB  32.78 
 
 		 239 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.664628  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5326  16S rRNA methyltransferase GidB  32.78 
 
 		 239 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00149242 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3427  16S rRNA methyltransferase GidB  28.89 
 
 		 238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3357  methyltransferase GidB  31.94 
 
 		 206 aa  108  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0300951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04093  glucose-inhibited division protein B  36.77 
 
 		 211 aa  108  8.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4022  16S rRNA methyltransferase GidB  32.22 
 
 		 239 aa  107  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0005  16S rRNA methyltransferase GidB  33.53 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.194064  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0466  16S rRNA methyltransferase GidB  32.65 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2989  16S rRNA methyltransferase GidB  31.64 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00432  16S rRNA methyltransferase GidB  34.68 
 
 		 211 aa  105  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42548  predicted protein  30.65 
 
 		 346 aa  105  4e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0379002  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2789  16S rRNA methyltransferase GidB  33.14 
 
 		 239 aa  105  4e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2732  16S rRNA methyltransferase GidB  33.14 
 
 		 239 aa  105  4e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1194  16S rRNA methyltransferase GidB  35.58 
 
 		 207 aa  105  8e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2667  16S rRNA methyltransferase GidB  31.07 
 
 		 239 aa  105  8e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3322  methyltransferase GidB  35.6 
 
 		 240 aa  105  8e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2518  16S rRNA methyltransferase GidB  33.7 
 
 		 210 aa  104  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000015126  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03624  glucose-inhibited division protein  34.68 
 
 		 207 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0012473  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4227  methyltransferase GidB  34.68 
 
 		 207 aa  103  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000380789  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3939  methyltransferase GidB  35.75 
 
 		 242 aa  103  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5176  16S rRNA methyltransferase GidB  34.68 
 
 		 207 aa  103  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000263973  normal  0.0413042 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4472  methyltransferase GidB  34.86 
 
 		 208 aa  103  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.374397  hitchhiker  0.00000000163094 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4108  16S rRNA methyltransferase GidB  34.68 
 
 		 207 aa  103  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000252823  normal  0.110996 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03568  hypothetical protein  34.68 
 
 		 207 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00122769  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3956  16S rRNA methyltransferase GidB  34.68 
 
 		 207 aa  103  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792968  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4181  16S rRNA methyltransferase GidB  34.68 
 
 		 207 aa  103  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1466  16S rRNA methyltransferase GidB  32.07 
 
 		 238 aa  103  2e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.561264  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4254  16S rRNA methyltransferase GidB  34.68 
 
 		 207 aa  103  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0110141  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5046  16S rRNA methyltransferase GidB  34.1 
 
 		 209 aa  103  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3069  16S rRNA methyltransferase GidB  34.83 
 
 		 209 aa  103  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002020  ribosomal RNA small subunit methyltransferase G  33.53 
 
 		 211 aa  102  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000210084  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4250  16S rRNA methyltransferase GidB  36.31 
 
 		 207 aa  102  5e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4055  16S rRNA methyltransferase GidB  35.15 
 
 		 213 aa  102  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3484  methyltransferase GidB  33.12 
 
 		 241 aa  101  9e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4363  methyltransferase GidB  32.58 
 
 		 236 aa  101  9e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0002  glucose-inhibited division protein B  38.89 
 
 		 205 aa  101  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.189717  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2943  methyltransferase GidB  35 
 
 		 239 aa  100  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2216  16S rRNA methyltransferase GidB  31.63 
 
 		 234 aa  100  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2176  methyltransferase GidB  36.13 
 
 		 216 aa  100  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000122528  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3084  glucose inhibited division protein  34.24 
 
 		 214 aa  100  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167506  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4908  16S rRNA methyltransferase GidB  35.12 
 
 		 206 aa  99.8  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.127096  normal  0.165929 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3315  glucose-inhibited division protein B  36.31 
 
 		 210 aa  99.4  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.395697  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2756  glucose inhibited division protein  33.17 
 
 		 239 aa  99.4  5e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3620  methyltransferase GidB  34.78 
 
 		 221 aa  99  5e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4056  methyltransferase GidB  32.95 
 
 		 217 aa  98.6  8e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4100  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 207 aa  98.6  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205274  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2363  methyltransferase GidB  31.89 
 
 		 242 aa  98.2  8e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.720797  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3740  16S rRNA methyltransferase GidB  35.47 
 
 		 207 aa  98.6  8e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.258045  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4146  methyltransferase GidB  32.37 
 
 		 217 aa  98.2  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4375  16S rRNA methyltransferase GidB  35.85 
 
 		 206 aa  97.4  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.321441  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4376  16S rRNA methyltransferase GidB  35.85 
 
 		 206 aa  97.4  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000253102  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4517  16S rRNA methyltransferase GidB  35.85 
 
 		 206 aa  97.4  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289594 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4124  16S rRNA methyltransferase GidB  34.1 
 
 		 207 aa  98.2  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000172745  normal  0.0365925 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4320  16S rRNA methyltransferase GidB  35.85 
 
 		 206 aa  97.4  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000104223 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3966  16S rRNA methyltransferase GidB  33.94 
 
 		 206 aa  97.1  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.181169  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2665  methyltransferase GidB  34.21 
 
 		 208 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102332  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4085  16S rRNA methyltransferase GidB  32.76 
 
 		 207 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0040729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4265  16S rRNA methyltransferase GidB  32.76 
 
 		 207 aa  96.7  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.286943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4206  16S rRNA methyltransferase GidB  32.76 
 
 		 207 aa  96.7  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0819041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4156  16S rRNA methyltransferase GidB  32.76 
 
 		 207 aa  96.7  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00135676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4027  16S rRNA methyltransferase GidB  35.22 
 
 		 206 aa  95.9  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.537471  normal  0.874868 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3762  16S rRNA methyltransferase GidB  36.05 
 
 		 208 aa  95.5  6e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.247019  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3935  16S rRNA methyltransferase GidB  35.22 
 
 		 206 aa  95.5  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.387591  hitchhiker  0.000403371 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0001  16S rRNA methyltransferase GidB  35.22 
 
 		 206 aa  95.5  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.895325  hitchhiker  0.000116578 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1704  16S rRNA methyltransferase GidB  34.39 
 
 		 212 aa  95.1  7e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3654  16S rRNA methyltransferase GidB  34.91 
 
 		 206 aa  95.1  7e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.611058  hitchhiker  0.00060095 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4757  16S rRNA methyltransferase GidB  33.73 
 
 		 206 aa  94.7  9e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4218  16S rRNA methyltransferase GidB  34.94 
 
 		 206 aa  94.4  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00057334  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3558  glucose inhibited division protein  33.13 
 
 		 220 aa  94.4  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4210  16S rRNA methyltransferase GidB  34.94 
 
 		 206 aa  94.7  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00534269  normal  0.148659 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4184  16S rRNA methyltransferase GidB  34.94 
 
 		 206 aa  94.7  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000958004  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  32.14 
 
 		 214 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1731  methyltransferase GidB  36.08 
 
 		 210 aa  94.4  1e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.365067  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4909  16S rRNA methyltransferase GidB  34.39 
 
 		 206 aa  94.7  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346301  hitchhiker  0.00404661 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4496  16S rRNA methyltransferase GidB  35.48 
 
 		 206 aa  93.6  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.227983  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>