More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_4055 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_4055  16S rRNA methyltransferase GidB  100 
 
 		 213 aa  440  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3762  16S rRNA methyltransferase GidB  83.01 
 
 		 208 aa  363  2e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.247019  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4376  16S rRNA methyltransferase GidB  78.16 
 
 		 206 aa  339  2e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000253102  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4517  16S rRNA methyltransferase GidB  78.16 
 
 		 206 aa  339  2e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289594 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4320  16S rRNA methyltransferase GidB  78.16 
 
 		 206 aa  339  2e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000104223 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4375  16S rRNA methyltransferase GidB  78.16 
 
 		 206 aa  339  2e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.321441  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4496  16S rRNA methyltransferase GidB  76.21 
 
 		 206 aa  337  9e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.227983  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3966  16S rRNA methyltransferase GidB  77.67 
 
 		 206 aa  335  1.9999999999999998e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.181169  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3935  16S rRNA methyltransferase GidB  76.21 
 
 		 206 aa  335  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.387591  hitchhiker  0.000403371 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4250  16S rRNA methyltransferase GidB  75.24 
 
 		 207 aa  333  1e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4027  16S rRNA methyltransferase GidB  75.73 
 
 		 206 aa  333  1e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.537471  normal  0.874868 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0001  16S rRNA methyltransferase GidB  75.73 
 
 		 206 aa  333  2e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.895325  hitchhiker  0.000116578 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4757  16S rRNA methyltransferase GidB  75.73 
 
 		 206 aa  332  3e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3855  16S rRNA methyltransferase GidB  75.61 
 
 		 234 aa  330  1e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  unclonable  0.00000203867 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4908  16S rRNA methyltransferase GidB  73.79 
 
 		 206 aa  329  2e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.127096  normal  0.165929 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3654  16S rRNA methyltransferase GidB  69.27 
 
 		 206 aa  291  5e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.611058  hitchhiker  0.00060095 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4206  16S rRNA methyltransferase GidB  62.81 
 
 		 207 aa  269  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0819041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4265  16S rRNA methyltransferase GidB  62.81 
 
 		 207 aa  269  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.286943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4156  16S rRNA methyltransferase GidB  62.81 
 
 		 207 aa  269  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00135676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4100  16S rRNA methyltransferase GidB  62.81 
 
 		 207 aa  268  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205274  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4085  16S rRNA methyltransferase GidB  61.81 
 
 		 207 aa  264  7e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0040729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3069  16S rRNA methyltransferase GidB  58.62 
 
 		 209 aa  263  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4108  16S rRNA methyltransferase GidB  59.3 
 
 		 207 aa  262  3e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000252823  normal  0.110996 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002020  ribosomal RNA small subunit methyltransferase G  57.89 
 
 		 211 aa  259  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000210084  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03624  glucose-inhibited division protein  58.79 
 
 		 207 aa  258  3e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0012473  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4227  methyltransferase GidB  58.79 
 
 		 207 aa  258  3e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000380789  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3956  16S rRNA methyltransferase GidB  58.79 
 
 		 207 aa  258  3e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792968  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5176  16S rRNA methyltransferase GidB  58.79 
 
 		 207 aa  258  3e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000263973  normal  0.0413042 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4254  16S rRNA methyltransferase GidB  58.79 
 
 		 207 aa  258  3e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0110141  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4184  16S rRNA methyltransferase GidB  61.62 
 
 		 206 aa  258  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000958004  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03568  hypothetical protein  58.79 
 
 		 207 aa  258  3e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00122769  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4210  16S rRNA methyltransferase GidB  61.62 
 
 		 206 aa  258  3e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00534269  normal  0.148659 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4181  16S rRNA methyltransferase GidB  58.79 
 
 		 207 aa  258  3e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4218  16S rRNA methyltransferase GidB  61.62 
 
 		 206 aa  258  7e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00057334  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4305  methyltransferase GidB  57.84 
 
 		 212 aa  256  1e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.412707  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3740  16S rRNA methyltransferase GidB  61.27 
 
 		 207 aa  256  2e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.258045  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4909  16S rRNA methyltransferase GidB  58.21 
 
 		 206 aa  255  3e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346301  hitchhiker  0.00404661 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00432  16S rRNA methyltransferase GidB  56.94 
 
 		 211 aa  255  4e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4124  16S rRNA methyltransferase GidB  57.79 
 
 		 207 aa  254  9e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000172745  normal  0.0365925 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2518  16S rRNA methyltransferase GidB  57.28 
 
 		 210 aa  253  1.0000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000015126  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4249  16S rRNA methyltransferase GidB  60.41 
 
 		 206 aa  251  7e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4185  methyltransferase GidB  58.88 
 
 		 206 aa  247  8e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0282933  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4539  16S rRNA methyltransferase GidB  59.39 
 
 		 206 aa  242  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0125661  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3985  methyltransferase GidB  59.09 
 
 		 206 aa  241  5e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5046  16S rRNA methyltransferase GidB  55.61 
 
 		 209 aa  236  3e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1704  16S rRNA methyltransferase GidB  54.73 
 
 		 212 aa  235  5.0000000000000005e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04093  glucose-inhibited division protein B  53.81 
 
 		 211 aa  226  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4011  glucose inhibited division protein B  47.29 
 
 		 223 aa  214  5.9999999999999996e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.256555 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2176  methyltransferase GidB  51.1 
 
 		 216 aa  205  5e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000122528  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5131  16S rRNA methyltransferase GidB  46.7 
 
 		 214 aa  202  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4617  16S rRNA methyltransferase GidB  51.56 
 
 		 214 aa  201  6e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5609  glucose-inhibited division protein B  46.19 
 
 		 211 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  46.15 
 
 		 214 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52260  16S rRNA methyltransferase GidB  45.45 
 
 		 215 aa  190  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  44.71 
 
 		 214 aa  189  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4472  methyltransferase GidB  46.15 
 
 		 208 aa  188  5.999999999999999e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.374397  hitchhiker  0.00000000163094 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3084  glucose inhibited division protein  45.26 
 
 		 214 aa  185  3e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167506  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  42.72 
 
 		 216 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113806  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5305  16S rRNA methyltransferase GidB  42.72 
 
 		 216 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5441  16S rRNA methyltransferase GidB  42.16 
 
 		 216 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2961  16S rRNA methyltransferase GidB  43.6 
 
 		 228 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  43.6 
 
 		 228 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0111  16S rRNA methyltransferase GidB  43.13 
 
 		 228 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3315  glucose-inhibited division protein B  45.05 
 
 		 210 aa  179  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.395697  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3276  16S rRNA methyltransferase GidB  44.22 
 
 		 228 aa  179  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606838  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  42.18 
 
 		 228 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.978547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5210  16S rRNA methyltransferase GidB  42.16 
 
 		 216 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0085  16S rRNA methyltransferase GidB  42.65 
 
 		 228 aa  177  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.446759  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0095  16S rRNA methyltransferase GidB  42.65 
 
 		 228 aa  177  9e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.706349 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5740  16S rRNA methyltransferase GidB  45.18 
 
 		 214 aa  176  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0209353  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3885  methyltransferase GidB  44.06 
 
 		 214 aa  172  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2807  16S rRNA methyltransferase GidB  43.02 
 
 		 208 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.202155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2879  methyltransferase GidB  40.82 
 
 		 220 aa  165  4e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2949  16S rRNA methyltransferase GidB  53.52 
 
 		 208 aa  164  5.9999999999999996e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2803  16S rRNA methyltransferase GidB  53.52 
 
 		 208 aa  164  5.9999999999999996e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3294  methyltransferase GidB  41.58 
 
 		 208 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0029  16S rRNA methyltransferase GidB  40.7 
 
 		 227 aa  162  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3319  16S rRNA methyltransferase GidB  40.76 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3038  16S rRNA methyltransferase GidB  42.41 
 
 		 225 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.631468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3904  16S rRNA methyltransferase GidB  39.23 
 
 		 227 aa  159  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0205  16S rRNA methyltransferase GidB  38.03 
 
 		 240 aa  158  5e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0002  glucose-inhibited division protein B  41.92 
 
 		 205 aa  157  8e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.189717  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2336  methyltransferase GidB  44.44 
 
 		 217 aa  156  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000208151  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2769  16S rRNA methyltransferase GidB  38.03 
 
 		 216 aa  154  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.142379  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2126  16S rRNA methyltransferase GidB  36.14 
 
 		 204 aa  153  1e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03243  16S rRNA methyltransferase GidB  40.33 
 
 		 212 aa  154  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1598  16S rRNA methyltransferase GidB  38.57 
 
 		 232 aa  153  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.140153  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0189  16S rRNA methyltransferase GidB  38.57 
 
 		 232 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2754  methyltransferase GidB  45.83 
 
 		 205 aa  153  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222538  normal  0.648083 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3004  16S rRNA methyltransferase GidB  38.57 
 
 		 230 aa  153  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4055  16S rRNA methyltransferase GidB  39.2 
 
 		 213 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3366  16S rRNA methyltransferase GidB  39.2 
 
 		 213 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2945  16S rRNA methyltransferase GidB  39.2 
 
 		 213 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.373809  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3981  16S rRNA methyltransferase GidB  39.5 
 
 		 213 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0197  16S rRNA methyltransferase GidB  36.14 
 
 		 204 aa  151  7e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3967  16S rRNA methyltransferase GidB  37.13 
 
 		 212 aa  150  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4104  16S rRNA methyltransferase GidB  38.27 
 
 		 205 aa  145  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0344821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0911  16S rRNA methyltransferase GidB  36.81 
 
 		 212 aa  143  2e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0064  16S rRNA methyltransferase GidB  36.19 
 
 		 221 aa  142  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.75809 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1057  16S rRNA methyltransferase GidB  36.99 
 
 		 238 aa  141  6e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.904694 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>