More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2200 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_2200  16S rRNA methyltransferase GidB  100 
 
 		 220 aa  451  1.0000000000000001e-126  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.997992  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2394  16S rRNA methyltransferase GidB  71.29 
 
 		 222 aa  315  2e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.547741  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0318  16S rRNA methyltransferase GidB  62.56 
 
 		 228 aa  285  5e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.309267  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0209  16S rRNA methyltransferase GidB  62.27 
 
 		 238 aa  270  1e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.444443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2267  16S rRNA methyltransferase GidB  60.68 
 
 		 219 aa  261  8e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0344279 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1822  16S rRNA methyltransferase GidB  57.8 
 
 		 234 aa  253  1.0000000000000001e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2035  16S rRNA methyltransferase GidB  56.11 
 
 		 221 aa  248  4e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00382628  normal  0.306355 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6920  methyltransferase GidB  42.23 
 
 		 207 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.884506 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07365  glucose-inhibited division protein  41.42 
 
 		 209 aa  134  9.999999999999999e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0268535  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1931  methyltransferase GidB  42.16 
 
 		 205 aa  130  1.0000000000000001e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1307  16S rRNA methyltransferase GidB  43.45 
 
 		 221 aa  129  3e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42548  predicted protein  37.06 
 
 		 346 aa  128  9.000000000000001e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0379002  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4081  methyltransferase GidB  39.13 
 
 		 209 aa  126  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.342652  normal  0.185118 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04093  glucose-inhibited division protein B  38.37 
 
 		 211 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1749  16S rRNA methyltransferase GidB  39.88 
 
 		 209 aa  126  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2518  16S rRNA methyltransferase GidB  39.55 
 
 		 210 aa  124  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000015126  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3069  16S rRNA methyltransferase GidB  40.48 
 
 		 209 aa  124  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00432  16S rRNA methyltransferase GidB  39.31 
 
 		 211 aa  123  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1432  methyltransferase GidB  43.11 
 
 		 210 aa  122  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.416586  normal  0.596678 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002020  ribosomal RNA small subunit methyltransferase G  38.15 
 
 		 211 aa  121  8e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000210084  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5046  16S rRNA methyltransferase GidB  37.57 
 
 		 209 aa  119  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4496  16S rRNA methyltransferase GidB  38.37 
 
 		 206 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.227983  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3357  methyltransferase GidB  36 
 
 		 206 aa  116  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0300951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4250  16S rRNA methyltransferase GidB  40.37 
 
 		 207 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4100  16S rRNA methyltransferase GidB  35 
 
 		 207 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205274  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4185  methyltransferase GidB  36.69 
 
 		 206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0282933  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1194  16S rRNA methyltransferase GidB  36.53 
 
 		 207 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2989  16S rRNA methyltransferase GidB  32.84 
 
 		 239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1704  16S rRNA methyltransferase GidB  38.46 
 
 		 212 aa  114  1.0000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03624  glucose-inhibited division protein  36 
 
 		 207 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0012473  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4227  methyltransferase GidB  36 
 
 		 207 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000380789  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4181  16S rRNA methyltransferase GidB  36 
 
 		 207 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4254  16S rRNA methyltransferase GidB  36 
 
 		 207 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0110141  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03568  hypothetical protein  36 
 
 		 207 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00122769  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5176  16S rRNA methyltransferase GidB  36 
 
 		 207 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000263973  normal  0.0413042 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4108  16S rRNA methyltransferase GidB  36 
 
 		 207 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000252823  normal  0.110996 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3956  16S rRNA methyltransferase GidB  36 
 
 		 207 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792968  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3740  16S rRNA methyltransferase GidB  36.93 
 
 		 207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.258045  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4085  16S rRNA methyltransferase GidB  34.44 
 
 		 207 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0040729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3084  glucose inhibited division protein  39.26 
 
 		 214 aa  113  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167506  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3855  16S rRNA methyltransferase GidB  38.41 
 
 		 234 aa  113  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  unclonable  0.00000203867 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3985  methyltransferase GidB  36.52 
 
 		 206 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4206  16S rRNA methyltransferase GidB  34.44 
 
 		 207 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0819041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4265  16S rRNA methyltransferase GidB  34.44 
 
 		 207 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.286943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4156  16S rRNA methyltransferase GidB  34.44 
 
 		 207 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00135676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2407  16S rRNA methyltransferase GidB  41.25 
 
 		 240 aa  112  5e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2667  16S rRNA methyltransferase GidB  32.35 
 
 		 239 aa  111  7.000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0466  16S rRNA methyltransferase GidB  31.53 
 
 		 216 aa  111  8.000000000000001e-24  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2176  methyltransferase GidB  36.88 
 
 		 216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000122528  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4210  16S rRNA methyltransferase GidB  35.23 
 
 		 206 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00534269  normal  0.148659 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4184  16S rRNA methyltransferase GidB  35.23 
 
 		 206 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000958004  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3484  methyltransferase GidB  36.69 
 
 		 241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4218  16S rRNA methyltransferase GidB  35.23 
 
 		 206 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00057334  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4909  16S rRNA methyltransferase GidB  34.27 
 
 		 206 aa  110  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346301  hitchhiker  0.00404661 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4055  16S rRNA methyltransferase GidB  35.76 
 
 		 213 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4124  16S rRNA methyltransferase GidB  35.43 
 
 		 207 aa  109  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000172745  normal  0.0365925 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4955  methyltransferase GidB  38.01 
 
 		 239 aa  108  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000894491  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1466  16S rRNA methyltransferase GidB  36.52 
 
 		 238 aa  108  5e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.561264  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4908  16S rRNA methyltransferase GidB  36.63 
 
 		 206 aa  108  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.127096  normal  0.165929 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3762  16S rRNA methyltransferase GidB  38.56 
 
 		 208 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.247019  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3322  methyltransferase GidB  37.21 
 
 		 240 aa  107  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3315  glucose-inhibited division protein B  37.72 
 
 		 210 aa  106  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.395697  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4249  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 206 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4617  16S rRNA methyltransferase GidB  36.73 
 
 		 214 aa  105  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0005  16S rRNA methyltransferase GidB  33.7 
 
 		 239 aa  105  5e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.194064  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4056  methyltransferase GidB  33.86 
 
 		 217 aa  105  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2803  16S rRNA methyltransferase GidB  39.86 
 
 		 208 aa  104  9e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2949  16S rRNA methyltransferase GidB  39.86 
 
 		 208 aa  104  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2756  glucose inhibited division protein  36.69 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3935  16S rRNA methyltransferase GidB  36.65 
 
 		 206 aa  104  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.387591  hitchhiker  0.000403371 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4539  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 206 aa  103  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0125661  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0001  16S rRNA methyltransferase GidB  36.65 
 
 		 206 aa  103  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.895325  hitchhiker  0.000116578 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4305  methyltransferase GidB  32.79 
 
 		 212 aa  103  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.412707  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4027  16S rRNA methyltransferase GidB  36.65 
 
 		 206 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.537471  normal  0.874868 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4320  16S rRNA methyltransferase GidB  36.65 
 
 		 206 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000104223 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4517  16S rRNA methyltransferase GidB  36.65 
 
 		 206 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289594 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3966  16S rRNA methyltransferase GidB  36.02 
 
 		 206 aa  102  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.181169  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4375  16S rRNA methyltransferase GidB  36.65 
 
 		 206 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.321441  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4376  16S rRNA methyltransferase GidB  36.65 
 
 		 206 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000253102  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52260  16S rRNA methyltransferase GidB  36.81 
 
 		 215 aa  102  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4472  methyltransferase GidB  36.65 
 
 		 208 aa  102  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.374397  hitchhiker  0.00000000163094 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4011  glucose inhibited division protein B  33.51 
 
 		 223 aa  102  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.256555 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3558  glucose inhibited division protein  34.59 
 
 		 220 aa  102  7e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5609  glucose-inhibited division protein B  34.25 
 
 		 211 aa  101  8e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2789  16S rRNA methyltransferase GidB  32.04 
 
 		 239 aa  101  8e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2732  16S rRNA methyltransferase GidB  32.04 
 
 		 239 aa  101  8e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4197  16S rRNA methyltransferase GidB  31.84 
 
 		 218 aa  101  8e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000264563 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5131  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 214 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4146  methyltransferase GidB  32.28 
 
 		 217 aa  101  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  37.11 
 
 		 214 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3654  16S rRNA methyltransferase GidB  38 
 
 		 206 aa  100  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.611058  hitchhiker  0.00060095 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4104  16S rRNA methyltransferase GidB  37.11 
 
 		 205 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0344821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  37.5 
 
 		 214 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl662  16S rRNA methyltransferase GidB  36.17 
 
 		 237 aa  99.8  3e-20  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0197  16S rRNA methyltransferase GidB  32.32 
 
 		 204 aa  99.4  4e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3620  methyltransferase GidB  33.67 
 
 		 221 aa  99.4  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2807  16S rRNA methyltransferase GidB  38.56 
 
 		 208 aa  99  5e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.202155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5210  16S rRNA methyltransferase GidB  33.52 
 
 		 216 aa  99  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0027  16S rRNA methyltransferase GidB  33.88 
 
 		 226 aa  99  5e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.292216 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3939  methyltransferase GidB  36.81 
 
 		 242 aa  99  5e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>