More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2866 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2866  methyltransferase GidB  100 
 
 		 205 aa  414  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0426802  normal  0.092936 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1228  putative GidB, glucose inhibited division protein  49.49 
 
 		 206 aa  201  7e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2889  methyltransferase GidB  48.99 
 
 		 206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2665  methyltransferase GidB  50 
 
 		 208 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102332  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0201  methyltransferase GidB  43.84 
 
 		 211 aa  186  3e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.393208 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0005  methyltransferase GidB  47.18 
 
 		 193 aa  173  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3203  16S rRNA methyltransferase GidB  44.5 
 
 		 213 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3929  16S rRNA methyltransferase GidB  46 
 
 		 205 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.441954 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0860  16S rRNA methyltransferase GidB  44.62 
 
 		 213 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4255  16S rRNA methyltransferase GidB  45.5 
 
 		 205 aa  162  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.412528  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1980  16S rRNA methyltransferase GidB  45.64 
 
 		 213 aa  161  8.000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1275  methyltransferase GidB  43.37 
 
 		 226 aa  160  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4387  16S rRNA methyltransferase GidB  45.23 
 
 		 211 aa  159  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2060  16S rRNA methyltransferase GidB  45.64 
 
 		 213 aa  159  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.774916  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3456  methyltransferase GidB  44.75 
 
 		 195 aa  159  4e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1835  16S rRNA methyltransferase GidB  42.03 
 
 		 245 aa  157  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0884797  normal  0.317572 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2589  methyltransferase GidB  40.96 
 
 		 219 aa  150  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.103455 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1409  methyltransferase GidB  41.12 
 
 		 212 aa  149  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.302587  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1286  methyltransferase GidB  43.5 
 
 		 221 aa  146  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4092  methyltransferase GidB  40.93 
 
 		 211 aa  145  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.295538  normal  0.0121134 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1027  methyltransferase GidB  41.45 
 
 		 212 aa  145  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.707991  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1863  methyltransferase GidB  40.2 
 
 		 211 aa  145  5e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0828096 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1584  methyltransferase GidB  39.7 
 
 		 211 aa  143  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.047924 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1938  methyltransferase GidB  41 
 
 		 209 aa  142  4e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.599081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1655  methyltransferase GidB  39.2 
 
 		 211 aa  140  9e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.145416  normal  0.36216 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0012  16S rRNA methyltransferase GidB  39.11 
 
 		 215 aa  139  1.9999999999999998e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.017889  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0166  16S rRNA methyltransferase GidB  39.29 
 
 		 222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.851437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0431  16S rRNA methyltransferase GidB  38.07 
 
 		 233 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3470  16S rRNA methyltransferase GidB  36.73 
 
 		 210 aa  131  6e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3626  glucose inhibited division protein  37.06 
 
 		 201 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2962  methyltransferase GidB  37.37 
 
 		 207 aa  129  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5025  methyltransferase GidB  35.45 
 
 		 221 aa  127  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.692099 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0390  16S rRNA methyltransferase GidB  39.34 
 
 		 237 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.477358 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0289  16S rRNA methyltransferase GidB  37.44 
 
 		 234 aa  125  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0104  16S rRNA methyltransferase GidB  37.24 
 
 		 260 aa  122  3e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0096  16S rRNA methyltransferase GidB  36.73 
 
 		 277 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.118813 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2405  methyltransferase GidB  38.24 
 
 		 217 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.897894  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0295  16S rRNA methyltransferase GidB  36.13 
 
 		 223 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408188  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2847  methyltransferase GidB  33.5 
 
 		 217 aa  115  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.165278 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0001  methyltransferase GidB  34.73 
 
 		 209 aa  97.4  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0073145  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5210  16S rRNA methyltransferase GidB  34.57 
 
 		 216 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0135  methyltransferase GidB  31.25 
 
 		 230 aa  94.7  8e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0205  16S rRNA methyltransferase GidB  31.66 
 
 		 240 aa  94.4  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5441  16S rRNA methyltransferase GidB  34.57 
 
 		 216 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2855  methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 233 aa  92  5e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.223767 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 216 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113806  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5305  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 216 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  32.82 
 
 		 214 aa  91.3  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  32.82 
 
 		 214 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4617  16S rRNA methyltransferase GidB  32.31 
 
 		 214 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4305  methyltransferase GidB  29.41 
 
 		 212 aa  89  4e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.412707  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3590  methyltransferase GidB  33.93 
 
 		 226 aa  89  4e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5131  16S rRNA methyltransferase GidB  32.83 
 
 		 214 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6920  methyltransferase GidB  34.53 
 
 		 207 aa  87.4  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.884506 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002020  ribosomal RNA small subunit methyltransferase G  34.71 
 
 		 211 aa  87.8  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000210084  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31930  glucose-inhibited division protein B  32.76 
 
 		 221 aa  87  2e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2176  methyltransferase GidB  36.11 
 
 		 216 aa  86.7  2e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000122528  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3740  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 207 aa  87  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.258045  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0318  16S rRNA methyltransferase GidB  32.16 
 
 		 228 aa  86.3  3e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.309267  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52260  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 215 aa  85.9  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2553  methyltransferase GidB  35.33 
 
 		 210 aa  85.9  3e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000314957  normal  0.233739 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2754  methyltransferase GidB  32.18 
 
 		 205 aa  85.9  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222538  normal  0.648083 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00432  16S rRNA methyltransferase GidB  33.73 
 
 		 211 aa  85.5  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5609  glucose-inhibited division protein B  32.32 
 
 		 211 aa  85.5  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4011  glucose inhibited division protein B  28.42 
 
 		 223 aa  85.5  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.256555 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4104  16S rRNA methyltransferase GidB  29.38 
 
 		 205 aa  85.1  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0344821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3904  16S rRNA methyltransferase GidB  32.6 
 
 		 227 aa  84.7  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3197  16S rRNA methyltransferase GidB  30 
 
 		 222 aa  84.7  8e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2807  16S rRNA methyltransferase GidB  36.55 
 
 		 208 aa  84.7  8e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.202155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4980  methyltransferase GidB  34.19 
 
 		 210 aa  84.3  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7094  methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 223 aa  84  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3522  16S rRNA methyltransferase GidB  30 
 
 		 222 aa  84.3  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0003474 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3069  16S rRNA methyltransferase GidB  32.14 
 
 		 209 aa  83.2  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4909  16S rRNA methyltransferase GidB  35.37 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346301  hitchhiker  0.00404661 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1704  16S rRNA methyltransferase GidB  31.11 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0180  16S rRNA methyltransferase GidB  32.95 
 
 		 236 aa  83.2  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235371  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4197  16S rRNA methyltransferase GidB  30.9 
 
 		 218 aa  83.2  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000264563 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3084  glucose inhibited division protein  33.33 
 
 		 214 aa  82.8  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167506  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2126  16S rRNA methyltransferase GidB  31.03 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0027  16S rRNA methyltransferase GidB  30.11 
 
 		 226 aa  82.8  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.292216 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3327  16S rRNA methyltransferase GidB  31.28 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0247343  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4056  methyltransferase GidB  30.77 
 
 		 217 aa  82.4  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1057  16S rRNA methyltransferase GidB  33.55 
 
 		 238 aa  82  0.000000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.904694 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4265  16S rRNA methyltransferase GidB  31.82 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.286943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4206  16S rRNA methyltransferase GidB  31.82 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0819041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4156  16S rRNA methyltransferase GidB  31.82 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00135676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4085  16S rRNA methyltransferase GidB  34.67 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0040729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3294  methyltransferase GidB  33.53 
 
 		 208 aa  81.3  0.000000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0911  16S rRNA methyltransferase GidB  33.71 
 
 		 212 aa  80.9  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3967  16S rRNA methyltransferase GidB  32.02 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5740  16S rRNA methyltransferase GidB  35.34 
 
 		 214 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0209353  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0046  16S rRNA methyltransferase GidB  30.69 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07365  glucose-inhibited division protein  27.96 
 
 		 209 aa  80.9  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0268535  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2200  16S rRNA methyltransferase GidB  34 
 
 		 220 aa  80.5  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.997992  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5408  16S rRNA methyltransferase GidB  32.7 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4146  methyltransferase GidB  30.22 
 
 		 217 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  32.7 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0894552  normal  0.113174 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2267  16S rRNA methyltransferase GidB  34.91 
 
 		 219 aa  80.9  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0344279 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4757  16S rRNA methyltransferase GidB  31.87 
 
 		 206 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1005  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>