More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4387 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4387  16S rRNA methyltransferase GidB  100 
 
 		 211 aa  432  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3203  16S rRNA methyltransferase GidB  62.09 
 
 		 213 aa  269  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4255  16S rRNA methyltransferase GidB  63.68 
 
 		 205 aa  263  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.412528  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3929  16S rRNA methyltransferase GidB  62.19 
 
 		 205 aa  259  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.441954 
 
 
-
 
NC_004310  BR2060  16S rRNA methyltransferase GidB  51.02 
 
 		 213 aa  197  7e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.774916  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1980  16S rRNA methyltransferase GidB  50.51 
 
 		 213 aa  196  3e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3470  16S rRNA methyltransferase GidB  48.54 
 
 		 210 aa  194  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0860  16S rRNA methyltransferase GidB  48.47 
 
 		 213 aa  190  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0012  16S rRNA methyltransferase GidB  44.55 
 
 		 215 aa  174  8e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.017889  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2866  methyltransferase GidB  45.23 
 
 		 205 aa  159  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0426802  normal  0.092936 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1275  methyltransferase GidB  45.13 
 
 		 226 aa  157  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2889  methyltransferase GidB  45.54 
 
 		 206 aa  153  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1228  putative GidB, glucose inhibited division protein  45.54 
 
 		 206 aa  152  4e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0104  16S rRNA methyltransferase GidB  41.62 
 
 		 260 aa  150  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2665  methyltransferase GidB  44 
 
 		 208 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102332  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0289  16S rRNA methyltransferase GidB  41.79 
 
 		 234 aa  149  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1286  methyltransferase GidB  42.11 
 
 		 221 aa  149  4e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0431  16S rRNA methyltransferase GidB  42.13 
 
 		 233 aa  147  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1027  methyltransferase GidB  41.43 
 
 		 212 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.707991  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0390  16S rRNA methyltransferase GidB  42.13 
 
 		 237 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.477358 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1863  methyltransferase GidB  40 
 
 		 211 aa  145  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0828096 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0096  16S rRNA methyltransferase GidB  42.13 
 
 		 277 aa  144  9e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.118813 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1584  methyltransferase GidB  40.31 
 
 		 211 aa  144  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.047924 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1409  methyltransferase GidB  40.82 
 
 		 212 aa  143  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.302587  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1835  16S rRNA methyltransferase GidB  42.71 
 
 		 245 aa  142  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0884797  normal  0.317572 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1655  methyltransferase GidB  40.95 
 
 		 211 aa  142  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.145416  normal  0.36216 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0166  16S rRNA methyltransferase GidB  40.61 
 
 		 222 aa  139  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.851437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0005  methyltransferase GidB  41.92 
 
 		 193 aa  134  9e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0201  methyltransferase GidB  40.31 
 
 		 211 aa  132  3.9999999999999996e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.393208 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4092  methyltransferase GidB  38.97 
 
 		 211 aa  131  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.295538  normal  0.0121134 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5025  methyltransferase GidB  37.13 
 
 		 221 aa  126  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.692099 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2589  methyltransferase GidB  42.94 
 
 		 219 aa  125  6e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.103455 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0295  16S rRNA methyltransferase GidB  39.47 
 
 		 223 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408188  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3456  methyltransferase GidB  40.31 
 
 		 195 aa  121  8e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3626  glucose inhibited division protein  38.64 
 
 		 201 aa  115  6e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2962  methyltransferase GidB  37.74 
 
 		 207 aa  112  6e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1938  methyltransferase GidB  36.65 
 
 		 209 aa  109  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.599081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2847  methyltransferase GidB  36.41 
 
 		 217 aa  104  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.165278 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2405  methyltransferase GidB  35.92 
 
 		 217 aa  103  3e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.897894  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2855  methyltransferase GidB  35.03 
 
 		 233 aa  88.6  7e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.223767 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2989  16S rRNA methyltransferase GidB  28.65 
 
 		 239 aa  78.2  0.00000000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0180  16S rRNA methyltransferase GidB  34.22 
 
 		 236 aa  77  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235371  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2667  16S rRNA methyltransferase GidB  28.09 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0135  methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 230 aa  75.1  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3294  methyltransferase GidB  32.93 
 
 		 208 aa  74.7  0.0000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2553  methyltransferase GidB  30.72 
 
 		 210 aa  74.7  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000314957  normal  0.233739 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2216  16S rRNA methyltransferase GidB  33.15 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2176  methyltransferase GidB  34.48 
 
 		 216 aa  73.6  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000122528  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0001  methyltransferase GidB  30.86 
 
 		 209 aa  73.6  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0073145  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4955  methyltransferase GidB  29.63 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000894491  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5210  16S rRNA methyltransferase GidB  37.38 
 
 		 216 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4104  16S rRNA methyltransferase GidB  35.92 
 
 		 205 aa  72  0.000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0344821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5441  16S rRNA methyltransferase GidB  34.01 
 
 		 216 aa  71.2  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3084  16S rRNA methyltransferase GidB  32.2 
 
 		 238 aa  71.2  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.247732  unclonable  0.0000000260442 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3365  16S rRNA methyltransferase GidB  32.58 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.653683  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 216 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113806  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5305  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 216 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4146  methyltransferase GidB  29.06 
 
 		 217 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  34.78 
 
 		 214 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4472  methyltransferase GidB  31.33 
 
 		 208 aa  69.3  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.374397  hitchhiker  0.00000000163094 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0895  methyltransferase GidB  28.37 
 
 		 202 aa  69.3  0.00000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  34.78 
 
 		 214 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31930  glucose-inhibited division protein B  29.26 
 
 		 221 aa  68.2  0.00000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3904  16S rRNA methyltransferase GidB  35.37 
 
 		 227 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4617  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 214 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1077  methyltransferase GidB  29.82 
 
 		 188 aa  68.2  0.00000000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.471113  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1005  16S rRNA methyltransferase GidB  32.34 
 
 		 235 aa  68.2  0.00000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7094  methyltransferase GidB  30.18 
 
 		 223 aa  68.2  0.00000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5131  16S rRNA methyltransferase GidB  38.38 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18741  16S rRNA methyltransferase GidB  33.53 
 
 		 248 aa  67.4  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.947759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4056  methyltransferase GidB  29.06 
 
 		 217 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5046  16S rRNA methyltransferase GidB  28.49 
 
 		 209 aa  66.6  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5609  glucose-inhibited division protein B  36.36 
 
 		 211 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_38010  glucose-inhibited division protein B  27.66 
 
 		 210 aa  67  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3112  16S rRNA methyltransferase GidB  31.76 
 
 		 237 aa  67.4  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.26699  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2517  methyltransferase GidB  28.8 
 
 		 240 aa  67.4  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00460923  hitchhiker  0.00173513 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2156  methyltransferase GidB  30.81 
 
 		 222 aa  67  0.0000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4980  methyltransferase GidB  30.63 
 
 		 210 aa  66.2  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0042  methyltransferase GidB  29.28 
 
 		 219 aa  66.6  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3374  methyltransferase GidB  26.51 
 
 		 242 aa  66.2  0.0000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4695  methyltransferase GidB  32.08 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0675107  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0693  methyltransferase GidB  27.47 
 
 		 201 aa  65.5  0.0000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.108298  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3463  glucose-inhibited division protein B  30.17 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1015  methyltransferase GidB  29.82 
 
 		 188 aa  65.5  0.0000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0089498  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0792  methyltransferase GidB  29.24 
 
 		 188 aa  65.5  0.0000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00321601  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1084  methyltransferase GidB  28.85 
 
 		 231 aa  65.1  0.0000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0205  16S rRNA methyltransferase GidB  30.82 
 
 		 240 aa  65.1  0.0000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4426  methyltransferase GidB  35.71 
 
 		 219 aa  65.1  0.0000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0029  16S rRNA methyltransferase GidB  34.01 
 
 		 227 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52260  16S rRNA methyltransferase GidB  34.25 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1466  16S rRNA methyltransferase GidB  26.26 
 
 		 238 aa  63.9  0.000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.561264  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3754  methyltransferase GidB  31.94 
 
 		 219 aa  63.5  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0139272 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4363  methyltransferase GidB  30.39 
 
 		 236 aa  62.8  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4184  16S rRNA methyltransferase GidB  30.41 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000958004  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4508  methyltransferase GidB  31.13 
 
 		 254 aa  63.2  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0275677 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2769  16S rRNA methyltransferase GidB  33.58 
 
 		 216 aa  63.2  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.142379  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4210  16S rRNA methyltransferase GidB  30.41 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00534269  normal  0.148659 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl662  16S rRNA methyltransferase GidB  26.37 
 
 		 237 aa  62.8  0.000000004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3213  methyltransferase GidB  33.58 
 
 		 221 aa  62.8  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4305  methyltransferase GidB  25.65 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.412707  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>