More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0104 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0104  16S rRNA methyltransferase GidB  100 
 
 		 260 aa  522  1e-147  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0096  16S rRNA methyltransferase GidB  83.62 
 
 		 277 aa  390  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.118813 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0431  16S rRNA methyltransferase GidB  69.68 
 
 		 233 aa  321  9.000000000000001e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0390  16S rRNA methyltransferase GidB  72.35 
 
 		 237 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.477358 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0289  16S rRNA methyltransferase GidB  73.24 
 
 		 234 aa  315  6e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0166  16S rRNA methyltransferase GidB  74.37 
 
 		 222 aa  308  6.999999999999999e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.851437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0295  16S rRNA methyltransferase GidB  68.49 
 
 		 223 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408188  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1027  methyltransferase GidB  47.37 
 
 		 212 aa  176  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.707991  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1655  methyltransferase GidB  48.22 
 
 		 211 aa  175  7e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.145416  normal  0.36216 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1863  methyltransferase GidB  48.48 
 
 		 211 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0828096 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1584  methyltransferase GidB  48.48 
 
 		 211 aa  171  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.047924 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3470  16S rRNA methyltransferase GidB  46.94 
 
 		 210 aa  170  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4092  methyltransferase GidB  47.06 
 
 		 211 aa  168  8e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.295538  normal  0.0121134 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1835  16S rRNA methyltransferase GidB  48.15 
 
 		 245 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0884797  normal  0.317572 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1409  methyltransferase GidB  46.6 
 
 		 212 aa  167  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.302587  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1275  methyltransferase GidB  40.65 
 
 		 226 aa  159  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1980  16S rRNA methyltransferase GidB  45.41 
 
 		 213 aa  155  6e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1286  methyltransferase GidB  48.31 
 
 		 221 aa  155  6e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0860  16S rRNA methyltransferase GidB  44.78 
 
 		 213 aa  155  9e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2060  16S rRNA methyltransferase GidB  45.41 
 
 		 213 aa  154  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.774916  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5025  methyltransferase GidB  43.63 
 
 		 221 aa  152  5e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.692099 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4387  16S rRNA methyltransferase GidB  41.62 
 
 		 211 aa  151  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2589  methyltransferase GidB  49.68 
 
 		 219 aa  149  6e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.103455 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0012  16S rRNA methyltransferase GidB  38.78 
 
 		 215 aa  146  3e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.017889  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4255  16S rRNA methyltransferase GidB  41.62 
 
 		 205 aa  145  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.412528  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3203  16S rRNA methyltransferase GidB  39.3 
 
 		 213 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3626  glucose inhibited division protein  43.56 
 
 		 201 aa  142  7e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3929  16S rRNA methyltransferase GidB  41.12 
 
 		 205 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.441954 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2962  methyltransferase GidB  40.7 
 
 		 207 aa  132  5e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0005  methyltransferase GidB  40.93 
 
 		 193 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1938  methyltransferase GidB  41.05 
 
 		 209 aa  125  5e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.599081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2665  methyltransferase GidB  40.1 
 
 		 208 aa  122  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102332  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2866  methyltransferase GidB  37.24 
 
 		 205 aa  122  5e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0426802  normal  0.092936 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0201  methyltransferase GidB  40.62 
 
 		 211 aa  119  4.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.393208 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3456  methyltransferase GidB  38.14 
 
 		 195 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2889  methyltransferase GidB  36.68 
 
 		 206 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1228  putative GidB, glucose inhibited division protein  36.68 
 
 		 206 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2405  methyltransferase GidB  40.4 
 
 		 217 aa  99.8  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.897894  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2847  methyltransferase GidB  33.83 
 
 		 217 aa  94.4  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.165278 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4955  methyltransferase GidB  36.69 
 
 		 239 aa  93.6  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000894491  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0180  16S rRNA methyltransferase GidB  36.69 
 
 		 236 aa  87  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235371  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2855  methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 233 aa  84.3  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.223767 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9051  16S rRNA methyltransferase GidB  31.02 
 
 		 245 aa  81.6  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0166723  normal  0.835328 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3754  methyltransferase GidB  33.91 
 
 		 219 aa  81.3  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0139272 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4508  methyltransferase GidB  32.16 
 
 		 254 aa  81.3  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0275677 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0807  16S rRNA methyltransferase GidB  28.66 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2553  methyltransferase GidB  33.16 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000314957  normal  0.233739 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4980  methyltransferase GidB  35 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7094  methyltransferase GidB  33.52 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4695  methyltransferase GidB  37.2 
 
 		 250 aa  79.7  0.00000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0675107  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0051  16S rRNA methyltransferase GidB  34.84 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0001  methyltransferase GidB  35.37 
 
 		 209 aa  78.6  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0073145  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0693  methyltransferase GidB  29.17 
 
 		 201 aa  77.4  0.0000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.108298  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3112  16S rRNA methyltransferase GidB  35.62 
 
 		 237 aa  75.9  0.0000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.26699  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0135  methyltransferase GidB  32.14 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0911  16S rRNA methyltransferase GidB  31.58 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2147  methyltransferase GidB  35.11 
 
 		 241 aa  74.7  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2517  methyltransferase GidB  31.58 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00460923  hitchhiker  0.00173513 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3590  methyltransferase GidB  30.59 
 
 		 226 aa  75.1  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0154  methyltransferase GidB  31.25 
 
 		 229 aa  73.9  0.000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0574713  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1731  methyltransferase GidB  30.27 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.365067  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1035  16S rRNA methyltransferase GidB  31.58 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.943257  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2407  16S rRNA methyltransferase GidB  28.14 
 
 		 240 aa  74.3  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9385  S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase involved in cell division-like protein  29.59 
 
 		 236 aa  73.6  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2989  16S rRNA methyltransferase GidB  32.5 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3084  16S rRNA methyltransferase GidB  31.22 
 
 		 238 aa  73.2  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.247732  unclonable  0.0000000260442 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5091  methyltransferase GidB  35.95 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5784  16S rRNA methyltransferase GidB  32.9 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0206259 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5410  methyltransferase GidB  36.71 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5408  16S rRNA methyltransferase GidB  32.9 
 
 		 225 aa  72.4  0.000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  32.9 
 
 		 225 aa  72.4  0.000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0894552  normal  0.113174 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3967  16S rRNA methyltransferase GidB  33.54 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0352  16S rRNA methyltransferase GidB  26.51 
 
 		 237 aa  72.4  0.000000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.201339  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4197  16S rRNA methyltransferase GidB  35.26 
 
 		 218 aa  72.4  0.000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000264563 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23430  16S rRNA methyltransferase GidB  30.26 
 
 		 241 aa  72.4  0.000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2156  methyltransferase GidB  36.13 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3197  16S rRNA methyltransferase GidB  31.9 
 
 		 222 aa  72  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0042  methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 219 aa  72  0.000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0112  cell division SAM-dependent methyltransferase  30.68 
 
 		 242 aa  72  0.000000000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39750  glucose-inhibited division protein B  32.02 
 
 		 225 aa  71.2  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.201257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6482  methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 213 aa  71.6  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0936076 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3932  16S rRNA methyltransferase GidB  32.28 
 
 		 216 aa  72  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000765398 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3327  16S rRNA methyltransferase GidB  30.5 
 
 		 223 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0247343  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5944  methyltransferase GidB  43.09 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2126  16S rRNA methyltransferase GidB  30.49 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3140  methyltransferase GidB  30.3 
 
 		 217 aa  70.5  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6920  methyltransferase GidB  29.34 
 
 		 207 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.884506 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0833  16S rRNA methyltransferase GidB  30.97 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.885711 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3322  methyltransferase GidB  28.92 
 
 		 240 aa  70.5  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2667  16S rRNA methyltransferase GidB  31.87 
 
 		 239 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl662  16S rRNA methyltransferase GidB  27.08 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0197  16S rRNA methyltransferase GidB  30.49 
 
 		 204 aa  70.1  0.00000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0046  16S rRNA methyltransferase GidB  30.65 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3522  16S rRNA methyltransferase GidB  31.43 
 
 		 222 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0003474 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3427  16S rRNA methyltransferase GidB  29.05 
 
 		 238 aa  69.7  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3119  methyltransferase GidB  31.88 
 
 		 213 aa  69.7  0.00000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.101436  hitchhiker  0.000000233712 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  28.57 
 
 		 214 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3555  16S rRNA methyltransferase GidB  29.08 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  28.65 
 
 		 214 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2756  methyltransferase GidB  32.52 
 
 		 238 aa  68.9  0.00000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>