More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3327 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3327  16S rRNA methyltransferase GidB  100 
 
 		 223 aa  444  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0247343  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3197  16S rRNA methyltransferase GidB  88.79 
 
 		 222 aa  390  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3522  16S rRNA methyltransferase GidB  87.44 
 
 		 222 aa  384  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0003474 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3356  16S rRNA methyltransferase GidB  63.51 
 
 		 235 aa  268  2.9999999999999997e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3505  16S rRNA methyltransferase GidB  63.51 
 
 		 235 aa  247  9e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.24566 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  56.94 
 
 		 228 aa  208  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.978547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3038  16S rRNA methyltransferase GidB  56.6 
 
 		 225 aa  208  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.631468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2807  16S rRNA methyltransferase GidB  57.59 
 
 		 208 aa  207  1e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.202155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4104  16S rRNA methyltransferase GidB  54.03 
 
 		 205 aa  206  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0344821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0095  16S rRNA methyltransferase GidB  56.8 
 
 		 228 aa  206  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.706349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0085  16S rRNA methyltransferase GidB  56.8 
 
 		 228 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.446759  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3319  16S rRNA methyltransferase GidB  57.89 
 
 		 231 aa  205  5e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3904  16S rRNA methyltransferase GidB  57.89 
 
 		 227 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0029  16S rRNA methyltransferase GidB  57.89 
 
 		 227 aa  203  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3276  16S rRNA methyltransferase GidB  56.67 
 
 		 228 aa  202  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606838  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2961  16S rRNA methyltransferase GidB  56.13 
 
 		 228 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  56.13 
 
 		 228 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0111  16S rRNA methyltransferase GidB  55.66 
 
 		 228 aa  198  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4055  16S rRNA methyltransferase GidB  56.46 
 
 		 213 aa  195  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3981  16S rRNA methyltransferase GidB  56.46 
 
 		 213 aa  194  7e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3004  16S rRNA methyltransferase GidB  56.46 
 
 		 230 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2945  16S rRNA methyltransferase GidB  56.46 
 
 		 213 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.373809  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0189  16S rRNA methyltransferase GidB  56.46 
 
 		 232 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3366  16S rRNA methyltransferase GidB  56.46 
 
 		 213 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1598  16S rRNA methyltransferase GidB  56.46 
 
 		 232 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.140153  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0064  16S rRNA methyltransferase GidB  48.84 
 
 		 221 aa  192  4e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.75809 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0046  16S rRNA methyltransferase GidB  50.44 
 
 		 226 aa  189  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0027  16S rRNA methyltransferase GidB  49.56 
 
 		 226 aa  189  4e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.292216 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4197  16S rRNA methyltransferase GidB  52.8 
 
 		 218 aa  187  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000264563 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0047  16S rRNA methyltransferase GidB  50.47 
 
 		 219 aa  186  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0046  16S rRNA methyltransferase GidB  52.68 
 
 		 213 aa  186  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2769  16S rRNA methyltransferase GidB  48.15 
 
 		 216 aa  185  6e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.142379  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3315  glucose-inhibited division protein B  50.95 
 
 		 210 aa  183  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.395697  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0205  16S rRNA methyltransferase GidB  49.53 
 
 		 240 aa  180  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0074  16S rRNA methyltransferase GidB  48.33 
 
 		 226 aa  178  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4124  16S rRNA methyltransferase GidB  44.06 
 
 		 207 aa  173  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000172745  normal  0.0365925 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5210  16S rRNA methyltransferase GidB  46.63 
 
 		 216 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52260  16S rRNA methyltransferase GidB  47.12 
 
 		 215 aa  172  3.9999999999999995e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3786  16S rRNA methyltransferase GidB  52.68 
 
 		 221 aa  172  5e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.393771  decreased coverage  0.000261644 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5131  16S rRNA methyltransferase GidB  43.05 
 
 		 214 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0052  16S rRNA methyltransferase GidB  48.02 
 
 		 243 aa  170  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3967  16S rRNA methyltransferase GidB  46.48 
 
 		 212 aa  169  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5609  glucose-inhibited division protein B  43.66 
 
 		 211 aa  169  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4909  16S rRNA methyltransferase GidB  44.08 
 
 		 206 aa  168  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346301  hitchhiker  0.00404661 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  45.67 
 
 		 216 aa  167  9e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113806  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5305  16S rRNA methyltransferase GidB  45.67 
 
 		 216 aa  167  9e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5441  16S rRNA methyltransferase GidB  45.67 
 
 		 216 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1064  16S rRNA methyltransferase GidB  46.29 
 
 		 239 aa  166  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.482961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  46.01 
 
 		 214 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0911  16S rRNA methyltransferase GidB  44.44 
 
 		 212 aa  165  4e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  45.07 
 
 		 214 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2176  methyltransferase GidB  43.9 
 
 		 216 aa  165  5e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000122528  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1035  16S rRNA methyltransferase GidB  46.19 
 
 		 238 aa  164  8e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.943257  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4184  16S rRNA methyltransferase GidB  45 
 
 		 206 aa  163  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000958004  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4210  16S rRNA methyltransferase GidB  45 
 
 		 206 aa  163  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00534269  normal  0.148659 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0050  16S rRNA methyltransferase GidB  47.71 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.368551  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5740  16S rRNA methyltransferase GidB  44.84 
 
 		 214 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0209353  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4617  16S rRNA methyltransferase GidB  44.55 
 
 		 214 aa  162  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4218  16S rRNA methyltransferase GidB  45 
 
 		 206 aa  162  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00057334  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03624  glucose-inhibited division protein  42.21 
 
 		 207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0012473  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4227  methyltransferase GidB  42.21 
 
 		 207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000380789  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03568  hypothetical protein  42.21 
 
 		 207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00122769  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4181  16S rRNA methyltransferase GidB  42.21 
 
 		 207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5176  16S rRNA methyltransferase GidB  42.21 
 
 		 207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000263973  normal  0.0413042 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3956  16S rRNA methyltransferase GidB  42.21 
 
 		 207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792968  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4254  16S rRNA methyltransferase GidB  42.21 
 
 		 207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0110141  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4108  16S rRNA methyltransferase GidB  42.21 
 
 		 207 aa  161  9e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000252823  normal  0.110996 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4206  16S rRNA methyltransferase GidB  43.72 
 
 		 207 aa  161  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0819041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4156  16S rRNA methyltransferase GidB  43.72 
 
 		 207 aa  161  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00135676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4265  16S rRNA methyltransferase GidB  43.72 
 
 		 207 aa  161  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.286943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2754  methyltransferase GidB  48.1 
 
 		 205 aa  160  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222538  normal  0.648083 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03243  16S rRNA methyltransferase GidB  43.64 
 
 		 212 aa  161  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4100  16S rRNA methyltransferase GidB  43.72 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205274  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3885  methyltransferase GidB  46.89 
 
 		 214 aa  159  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4472  methyltransferase GidB  42.31 
 
 		 208 aa  158  5e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.374397  hitchhiker  0.00000000163094 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4249  16S rRNA methyltransferase GidB  39.72 
 
 		 206 aa  158  6e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4085  16S rRNA methyltransferase GidB  43.22 
 
 		 207 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0040729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4011  glucose inhibited division protein B  40.87 
 
 		 223 aa  156  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.256555 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04093  glucose-inhibited division protein B  41.55 
 
 		 211 aa  156  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3084  glucose inhibited division protein  44.5 
 
 		 214 aa  155  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167506  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2518  16S rRNA methyltransferase GidB  41.98 
 
 		 210 aa  154  9e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000015126  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4185  methyltransferase GidB  40.89 
 
 		 206 aa  154  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0282933  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0197  16S rRNA methyltransferase GidB  39.81 
 
 		 204 aa  149  5e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4539  16S rRNA methyltransferase GidB  38.5 
 
 		 206 aa  148  6e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0125661  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2126  16S rRNA methyltransferase GidB  39.81 
 
 		 204 aa  147  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3985  methyltransferase GidB  41.38 
 
 		 206 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4305  methyltransferase GidB  37.95 
 
 		 212 aa  142  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.412707  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3654  16S rRNA methyltransferase GidB  42.7 
 
 		 206 aa  142  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.611058  hitchhiker  0.00060095 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3855  16S rRNA methyltransferase GidB  39.47 
 
 		 234 aa  142  5e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  unclonable  0.00000203867 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2879  methyltransferase GidB  41.95 
 
 		 220 aa  141  7e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3069  16S rRNA methyltransferase GidB  35.35 
 
 		 209 aa  141  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0002  glucose-inhibited division protein B  45.71 
 
 		 205 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.189717  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0001  16S rRNA methyltransferase GidB  37.2 
 
 		 206 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.895325  hitchhiker  0.000116578 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4320  16S rRNA methyltransferase GidB  36.71 
 
 		 206 aa  138  7e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000104223 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4376  16S rRNA methyltransferase GidB  36.71 
 
 		 206 aa  138  7e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000253102  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3935  16S rRNA methyltransferase GidB  37.2 
 
 		 206 aa  138  7e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.387591  hitchhiker  0.000403371 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4517  16S rRNA methyltransferase GidB  36.71 
 
 		 206 aa  138  7e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289594 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4375  16S rRNA methyltransferase GidB  36.71 
 
 		 206 aa  138  7e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.321441  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4027  16S rRNA methyltransferase GidB  36.71 
 
 		 206 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.537471  normal  0.874868 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4757  16S rRNA methyltransferase GidB  36.71 
 
 		 206 aa  135  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>