More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0003 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_5305  16S rRNA methyltransferase GidB  100 
 
 		 216 aa  447  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  100 
 
 		 216 aa  447  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113806  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5441  16S rRNA methyltransferase GidB  98.61 
 
 		 216 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5210  16S rRNA methyltransferase GidB  96.76 
 
 		 216 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5740  16S rRNA methyltransferase GidB  85.65 
 
 		 214 aa  361  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0209353  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5131  16S rRNA methyltransferase GidB  76.85 
 
 		 214 aa  351  4e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5609  glucose-inhibited division protein B  76.53 
 
 		 211 aa  346  1e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4617  16S rRNA methyltransferase GidB  73.33 
 
 		 214 aa  329  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  73.36 
 
 		 214 aa  327  7e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  73.83 
 
 		 214 aa  327  8e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52260  16S rRNA methyltransferase GidB  73.58 
 
 		 215 aa  326  2.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4472  methyltransferase GidB  49.04 
 
 		 208 aa  211  4.9999999999999996e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.374397  hitchhiker  0.00000000163094 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3885  methyltransferase GidB  55.77 
 
 		 214 aa  208  4e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4156  16S rRNA methyltransferase GidB  49.74 
 
 		 207 aa  204  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00135676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4265  16S rRNA methyltransferase GidB  49.74 
 
 		 207 aa  204  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.286943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4206  16S rRNA methyltransferase GidB  49.74 
 
 		 207 aa  204  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0819041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4124  16S rRNA methyltransferase GidB  48.02 
 
 		 207 aa  204  9e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000172745  normal  0.0365925 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4100  16S rRNA methyltransferase GidB  49.74 
 
 		 207 aa  203  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205274  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4085  16S rRNA methyltransferase GidB  49.74 
 
 		 207 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0040729  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03624  glucose-inhibited division protein  46.53 
 
 		 207 aa  201  6e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0012473  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4227  methyltransferase GidB  46.53 
 
 		 207 aa  201  6e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000380789  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3956  16S rRNA methyltransferase GidB  46.53 
 
 		 207 aa  201  6e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792968  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4254  16S rRNA methyltransferase GidB  46.53 
 
 		 207 aa  201  6e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0110141  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5176  16S rRNA methyltransferase GidB  46.53 
 
 		 207 aa  201  6e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000263973  normal  0.0413042 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4181  16S rRNA methyltransferase GidB  46.53 
 
 		 207 aa  201  6e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03568  hypothetical protein  46.53 
 
 		 207 aa  201  6e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00122769  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4108  16S rRNA methyltransferase GidB  46.53 
 
 		 207 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000252823  normal  0.110996 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00432  16S rRNA methyltransferase GidB  50.75 
 
 		 211 aa  199  3e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2518  16S rRNA methyltransferase GidB  51.03 
 
 		 210 aa  199  3e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000015126  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2807  16S rRNA methyltransferase GidB  54.01 
 
 		 208 aa  198  6e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.202155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4218  16S rRNA methyltransferase GidB  49.48 
 
 		 206 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00057334  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4210  16S rRNA methyltransferase GidB  49.48 
 
 		 206 aa  196  3e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00534269  normal  0.148659 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4184  16S rRNA methyltransferase GidB  49.48 
 
 		 206 aa  196  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000958004  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4104  16S rRNA methyltransferase GidB  51.23 
 
 		 205 aa  195  5.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0344821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3084  glucose inhibited division protein  49.75 
 
 		 214 aa  193  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167506  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2176  methyltransferase GidB  47.09 
 
 		 216 aa  192  3e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000122528  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2879  methyltransferase GidB  48.99 
 
 		 220 aa  191  6e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4539  16S rRNA methyltransferase GidB  47.42 
 
 		 206 aa  191  7e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0125661  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4909  16S rRNA methyltransferase GidB  46.57 
 
 		 206 aa  191  7e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346301  hitchhiker  0.00404661 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3069  16S rRNA methyltransferase GidB  48.73 
 
 		 209 aa  191  8e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04093  glucose-inhibited division protein B  46.31 
 
 		 211 aa  191  9e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002020  ribosomal RNA small subunit methyltransferase G  49.23 
 
 		 211 aa  190  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000210084  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5046  16S rRNA methyltransferase GidB  43.69 
 
 		 209 aa  190  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2754  methyltransferase GidB  54.15 
 
 		 205 aa  188  5e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222538  normal  0.648083 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4249  16S rRNA methyltransferase GidB  45.88 
 
 		 206 aa  187  8e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3762  16S rRNA methyltransferase GidB  44.17 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.247019  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4185  methyltransferase GidB  45.59 
 
 		 206 aa  187  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0282933  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3294  methyltransferase GidB  51.43 
 
 		 208 aa  186  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0001  16S rRNA methyltransferase GidB  46.23 
 
 		 206 aa  186  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.895325  hitchhiker  0.000116578 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4011  glucose inhibited division protein B  47.55 
 
 		 223 aa  185  5e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.256555 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4055  16S rRNA methyltransferase GidB  42.72 
 
 		 213 aa  185  6e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3935  16S rRNA methyltransferase GidB  45.73 
 
 		 206 aa  184  8e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.387591  hitchhiker  0.000403371 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4757  16S rRNA methyltransferase GidB  45.73 
 
 		 206 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4320  16S rRNA methyltransferase GidB  44.22 
 
 		 206 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000104223 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4517  16S rRNA methyltransferase GidB  44.22 
 
 		 206 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289594 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4375  16S rRNA methyltransferase GidB  44.22 
 
 		 206 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.321441  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4376  16S rRNA methyltransferase GidB  44.22 
 
 		 206 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000253102  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3315  glucose-inhibited division protein B  47.78 
 
 		 210 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.395697  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4027  16S rRNA methyltransferase GidB  45.73 
 
 		 206 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.537471  normal  0.874868 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4496  16S rRNA methyltransferase GidB  44.16 
 
 		 206 aa  182  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.227983  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0205  16S rRNA methyltransferase GidB  45.24 
 
 		 240 aa  182  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3855  16S rRNA methyltransferase GidB  42.18 
 
 		 234 aa  182  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  unclonable  0.00000203867 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4250  16S rRNA methyltransferase GidB  43.28 
 
 		 207 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3966  16S rRNA methyltransferase GidB  44.27 
 
 		 206 aa  180  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.181169  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4908  16S rRNA methyltransferase GidB  43.15 
 
 		 206 aa  179  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.127096  normal  0.165929 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0027  16S rRNA methyltransferase GidB  45.33 
 
 		 226 aa  178  4e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.292216 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0047  16S rRNA methyltransferase GidB  46.67 
 
 		 219 aa  179  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0046  16S rRNA methyltransferase GidB  47.42 
 
 		 226 aa  178  7e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0046  16S rRNA methyltransferase GidB  45.45 
 
 		 213 aa  178  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3522  16S rRNA methyltransferase GidB  47.03 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0003474 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3197  16S rRNA methyltransferase GidB  48.08 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3276  16S rRNA methyltransferase GidB  46.8 
 
 		 228 aa  176  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606838  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2769  16S rRNA methyltransferase GidB  42.45 
 
 		 216 aa  177  2e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.142379  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3654  16S rRNA methyltransferase GidB  45.85 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.611058  hitchhiker  0.00060095 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3985  methyltransferase GidB  44.33 
 
 		 206 aa  176  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3038  16S rRNA methyltransferase GidB  47.55 
 
 		 225 aa  174  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.631468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0095  16S rRNA methyltransferase GidB  47.06 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.706349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0085  16S rRNA methyltransferase GidB  47.06 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.446759  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4305  methyltransferase GidB  43.22 
 
 		 212 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.412707  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2126  16S rRNA methyltransferase GidB  43.5 
 
 		 204 aa  172  2.9999999999999996e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  45.81 
 
 		 228 aa  172  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.978547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1704  16S rRNA methyltransferase GidB  43.68 
 
 		 212 aa  171  1e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0111  16S rRNA methyltransferase GidB  46.31 
 
 		 228 aa  170  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3740  16S rRNA methyltransferase GidB  42.16 
 
 		 207 aa  170  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.258045  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0197  16S rRNA methyltransferase GidB  43 
 
 		 204 aa  169  2e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2961  16S rRNA methyltransferase GidB  46.31 
 
 		 228 aa  169  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  46.31 
 
 		 228 aa  169  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0064  16S rRNA methyltransferase GidB  42.58 
 
 		 221 aa  169  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.75809 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0029  16S rRNA methyltransferase GidB  48.04 
 
 		 227 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4197  16S rRNA methyltransferase GidB  42.38 
 
 		 218 aa  169  4e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000264563 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3319  16S rRNA methyltransferase GidB  46.57 
 
 		 231 aa  168  7e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3327  16S rRNA methyltransferase GidB  45.67 
 
 		 223 aa  167  9e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0247343  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3904  16S rRNA methyltransferase GidB  47.06 
 
 		 227 aa  166  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4055  16S rRNA methyltransferase GidB  47.06 
 
 		 213 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03243  16S rRNA methyltransferase GidB  45.36 
 
 		 212 aa  166  4e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0189  16S rRNA methyltransferase GidB  47.06 
 
 		 232 aa  165  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1598  16S rRNA methyltransferase GidB  47.06 
 
 		 232 aa  165  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.140153  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3004  16S rRNA methyltransferase GidB  47.06 
 
 		 230 aa  165  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2945  16S rRNA methyltransferase GidB  47.06 
 
 		 213 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.373809  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3366  16S rRNA methyltransferase GidB  47.06 
 
 		 213 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>