291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0839 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4562  Beta-lactamase-like  90.11 
 
 
354 aa  671  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.809352  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0839  beta-lactamase-like  100 
 
 
354 aa  734  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.228122 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0923  beta-lactamase domain protein  82.91 
 
 
354 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.526967  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4825  beta-lactamase-like  75.92 
 
 
354 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.601465  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0864  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase superfamily protein  70.57 
 
 
352 aa  523  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.342538 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2629  Beta-lactamase-like  44.57 
 
 
342 aa  303  4e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0729  beta-lactamase domain protein  43.07 
 
 
344 aa  275  9e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0103  Beta-lactamase-like  43.27 
 
 
341 aa  275  1e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0420  metallo-beta-lactamase family protein  43.14 
 
 
359 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.611131  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3089  metallo-beta-lactamase family protein  43.14 
 
 
359 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2281  metallo-beta-lactamase family protein  43.14 
 
 
359 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.858667  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2007  metallo-beta-lactamase family protein  43.14 
 
 
359 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0093  metallo-beta-lactamase family protein  43.14 
 
 
383 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0380  beta-lactamase domain-containing protein  41.71 
 
 
359 aa  271  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.335712 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0400  metallo-beta-lactamase family protein  42.57 
 
 
359 aa  271  1e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1982  beta-lactamase domain-containing protein  41.6 
 
 
361 aa  270  4e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2925  beta-lactamase domain-containing protein  41.19 
 
 
359 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2311  beta-lactamase-like  41.19 
 
 
359 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2940  beta-lactamase domain-containing protein  40.91 
 
 
359 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.571743 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2974  beta-lactamase domain-containing protein  40.97 
 
 
384 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6268  Beta-lactamase-like  40.34 
 
 
359 aa  264  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4822  beta-lactamase domain-containing protein  41 
 
 
357 aa  263  4e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.405979  normal  0.833796 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2837  beta-lactamase domain-containing protein  40.4 
 
 
358 aa  261  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.9285 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0132  Beta-lactamase-like  41.08 
 
 
358 aa  260  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0582  metallo-beta-lactamase family protein  42.51 
 
 
331 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0465  beta-lactamase domain protein  39.6 
 
 
357 aa  254  1e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4251  putative metallo-beta-lactamase superfamily protein  39.71 
 
 
357 aa  254  2e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.342604  normal  0.241726 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0182  beta-lactamase domain-containing protein  41.31 
 
 
356 aa  253  5e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0347  metallo-beta-lactamase family protein  41.98 
 
 
326 aa  249  6e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.607947  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0253  metallo-beta-lactamase family protein  37.98 
 
 
365 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.921693 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4736  cyclic nucleotide-binding protein  38.73 
 
 
359 aa  248  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0101  beta-lactamase-like protein  40.74 
 
 
359 aa  248  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3844  beta-lactamase-like  40 
 
 
366 aa  247  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3370  hypothetical protein  40.79 
 
 
362 aa  243  5e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.499029 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0131  beta-lactamase domain protein  40 
 
 
359 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5569  beta-lactamase domain-containing protein  36.75 
 
 
363 aa  241  1e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0506555  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01454  metallo-beta-lactamase family protein  36.89 
 
 
343 aa  240  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0281  hypothetical protein  40.59 
 
 
359 aa  241  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.18209  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0139  beta-lactamase domain protein  39.71 
 
 
359 aa  239  4e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.486193  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4193  beta-lactamase-like  36.1 
 
 
394 aa  239  6e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4696  beta-lactamase domain-containing protein  36.68 
 
 
400 aa  238  1e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.750931  normal  0.0866563 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0680  beta-lactamase domain-containing protein  37.83 
 
 
365 aa  237  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2635  beta-lactamase domain protein  37.24 
 
 
349 aa  234  1e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.963581 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4274  Beta-lactamase-like  36.89 
 
 
357 aa  234  2e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0777  beta-lactamase domain-containing protein  36.96 
 
 
352 aa  233  4e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.493847  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2417  beta-lactamase domain-containing protein  37.06 
 
 
371 aa  231  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.146205  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3086  metallo-beta-lactamase family protein  36.75 
 
 
349 aa  228  2e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.825394  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0310  beta-lactamase-like  37.89 
 
 
348 aa  223  5e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2141  Beta-lactamase-like  37.17 
 
 
354 aa  220  3e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4200  beta-lactamase domain-containing protein  37.11 
 
 
363 aa  218  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.48581e-06 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3893  beta-lactamase-like  36.36 
 
 
349 aa  213  5e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.042904 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0368  beta-lactamase-like protein  38.33 
 
 
374 aa  211  1e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.967784  normal  0.392052 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4932  beta-lactamase domain-containing protein  36.65 
 
 
335 aa  206  5e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3058  beta-lactamase-like  34.27 
 
 
329 aa  201  1e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0433  beta-lactamase domain-containing protein  33.93 
 
 
340 aa  197  2e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0151814  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0741  putative metallo-beta-lactamase family protein  33.43 
 
 
344 aa  194  3e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.844995  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2461  beta-lactamase domain-containing protein  34.38 
 
 
344 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.889355 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2397  beta-lactamase domain-containing protein  33.14 
 
 
344 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.21584  normal  0.814785 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2123  beta-lactamase domain-containing protein  33.63 
 
 
369 aa  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.747407  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1439  beta-lactamase domain protein  35.29 
 
 
329 aa  178  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000967067  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1152  beta-lactamase domain-containing protein  34.19 
 
 
321 aa  175  1e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.489043  hitchhiker  0.0056375 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3993  beta-lactamase domain-containing protein  33.95 
 
 
321 aa  174  2e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000582662 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2650  beta-lactamase domain-containing protein  33.99 
 
 
324 aa  166  7e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2834  beta-lactamase domain protein  30.89 
 
 
324 aa  148  2e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5264  beta-lactamase-like  29.45 
 
 
353 aa  134  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1745  beta-lactamase-like protein  30.96 
 
 
335 aa  132  9e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.931232  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1440  beta-lactamase domain-containing protein  27.79 
 
 
331 aa  125  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.482344  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1728  beta-lactamase domain protein  28.7 
 
 
324 aa  117  3e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0438  hypothetical protein  30.34 
 
 
328 aa  116  7e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000571233  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1013  beta-lactamase domain protein  26.99 
 
 
322 aa  108  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.151542  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1031  beta-lactamase domain protein  29.36 
 
 
323 aa  105  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0210455  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2059  beta-lactamase domain protein  25.51 
 
 
350 aa  103  6e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  2.71524e-08  normal  0.300872 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4113  beta-lactamase domain protein  27.94 
 
 
355 aa  101  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.011437  normal  0.053603 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1528  beta-lactamase-like protein  28.2 
 
 
331 aa  99.4  8e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0999562  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0322  beta-lactamase domain protein  24.37 
 
 
310 aa  95.5  1e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.933059  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1004  beta-lactamase domain-containing protein  27.13 
 
 
320 aa  95.5  1e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.217464 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3655  beta-lactamase domain protein  27.62 
 
 
332 aa  95.5  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.114597  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0158  beta-lactamase domain-containing protein  27.74 
 
 
314 aa  92.8  8e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.625085 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2556  beta-lactamase domain-containing protein  26.23 
 
 
323 aa  92.4  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0832  beta-lactamase domain protein  25.48 
 
 
324 aa  92.4  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  1.97877e-05 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4704  beta-lactamase domain protein  23.87 
 
 
325 aa  91.7  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0050  Beta-lactamase-like  27.33 
 
 
334 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0062  beta-lactamase domain-containing protein  29.67 
 
 
336 aa  90.5  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0051  beta-lactamase domain-containing protein  29.69 
 
 
334 aa  89.7  6e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.361885 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08650  Zn-dependent hydrolase, glyoxylase  26.71 
 
 
346 aa  89.4  8e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.637388  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2888  beta-lactamase domain-containing protein  27.6 
 
 
368 aa  87.8  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0784  beta-lactamase domain protein  26.92 
 
 
354 aa  87.8  3e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1879  beta-lactamase domain-containing protein  25.97 
 
 
322 aa  87.4  3e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0066  beta-lactamase domain protein  26.95 
 
 
334 aa  86.7  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.391302  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0054  beta-lactamase domain protein  26.95 
 
 
334 aa  86.3  7e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8278  Zn-dependent hydrolase including glyoxylase- like protein  26.43 
 
 
348 aa  85.5  1e-15  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0643928 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1079  beta-lactamase domain protein  24.76 
 
 
332 aa  83.6  5e-15  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0383209  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1372  beta-lactamase domain protein  28.01 
 
 
328 aa  83.2  6e-15  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.93843  normal  0.529651 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2457  beta-lactamase domain-containing protein  26.07 
 
 
327 aa  80.5  4e-14  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130811  normal  0.600713 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0390  beta-lactamase domain protein  26.44 
 
 
318 aa  79.7  7e-14  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3798  beta-lactamase domain protein  25.08 
 
 
324 aa  79  1e-13  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.273419  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3066  beta-lactamase-like  27.27 
 
 
363 aa  78.6  2e-13  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.193945  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8202  beta-lactamase domain-containing protein  25.23 
 
 
339 aa  78.6  2e-13  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3988  beta-lactamase domain protein  27.54 
 
 
351 aa  77  4e-13  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0337  beta-lactamase domain-containing protein  26.2 
 
 
336 aa  76.6  6e-13  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>