90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1738 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_1969  extracellular solute-binding protein  69.64 
 
 		 588 aa  803    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.386461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2317  extracellular solute-binding protein  71.56 
 
 		 577 aa  835    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000660046  normal  0.503814 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1321  extracellular solute-binding protein  68.13 
 
 		 574 aa  798    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00160153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1201  extracellular solute-binding protein  67.78 
 
 		 572 aa  789    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.487559  normal  0.842714 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2047  extracellular solute-binding protein  85.49 
 
 		 580 aa  1011    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.120072  normal  0.523187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2227  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  72.38 
 
 		 580 aa  855    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272484  normal  0.0425945 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3473  extracellular solute-binding protein  97.75 
 
 		 579 aa  1152    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.971584  hitchhiker  0.00076059 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2909  extracellular solute-binding protein  66.78 
 
 		 574 aa  787    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.175958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0375  extracellular solute-binding protein  75.17 
 
 		 574 aa  915    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.812044  normal  0.244045 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3982  extracellular solute-binding protein  68 
 
 		 573 aa  805    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.227864  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1918  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  61.25 
 
 		 573 aa  716    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000332483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3127  sugar ABC transporter  65.16 
 
 		 579 aa  756    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1030  extracellular solute-binding protein  73.35 
 
 		 577 aa  855    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1898  extracellular solute-binding protein  98.27 
 
 		 579 aa  1182    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.477877  normal  0.0669246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1738  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 579 aa  1200    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.217891 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3051  putative signal peptide protein  71.01 
 
 		 580 aa  811    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0886733 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5372  extracellular solute-binding protein  69.58 
 
 		 580 aa  803    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.737373 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6724  extracellular solute-binding protein family 1  67.01 
 
 		 580 aa  806    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3333  conserved hypothetical signal peptide protein  71.01 
 
 		 578 aa  821    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.577812 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4889  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  72.22 
 
 		 596 aa  865    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6464  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  66.32 
 
 		 574 aa  785    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9075  hypothetical protein  66.54 
 
 		 558 aa  749    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.979947  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0100  hypothetical protein  67.65 
 
 		 574 aa  796    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0356789  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0381  extracellular solute-binding protein  73.01 
 
 		 577 aa  840    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000205955  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3391  extracellular solute-binding protein  69.29 
 
 		 577 aa  802    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.285234  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5977  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  66.49 
 
 		 574 aa  791    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2986  putative signal peptide protein  70.99 
 
 		 581 aa  818    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1445  extracellular solute-binding protein family 1  68.99 
 
 		 579 aa  843    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779886  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5939  extracellular solute-binding protein family 1  72.32 
 
 		 610 aa  833    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4211  extracellular solute-binding protein  74.36 
 
 		 598 aa  863    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.64235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2229  extracellular solute-binding protein  69.3 
 
 		 580 aa  818    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0301867  normal  0.190368 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2089  extracellular solute-binding protein  63.51 
 
 		 593 aa  783    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115344  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4063  extracellular solute-binding protein  74.73 
 
 		 599 aa  861    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.159076  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2416  extracellular solute-binding protein  62.63 
 
 		 577 aa  746    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000012875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0483  twin-arginine translocation pathway signal  73.04 
 
 		 579 aa  846    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00131469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1742  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  80 
 
 		 590 aa  993    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.284147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1597  extracellular solute-binding protein  68.58 
 
 		 573 aa  795    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3735  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  78.98 
 
 		 590 aa  987    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.217509  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1367  extracellular solute-binding protein  69.61 
 
 		 595 aa  854    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3671  extracellular solute-binding protein  69.04 
 
 		 577 aa  822    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00462233  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4098  extracellular solute-binding protein  64.4 
 
 		 569 aa  737    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00991271  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2663  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  67.95 
 
 		 574 aa  797    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716249  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3630  extracellular solute-binding protein  89.48 
 
 		 580 aa  1093    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2204  extracellular solute-binding protein  69.57 
 
 		 579 aa  815    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2264  extracellular solute-binding protein, family 1  97.75 
 
 		 579 aa  1152    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.864304  decreased coverage  0.00109234 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4387  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  66.61 
 
 		 573 aa  770    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.136814 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3169  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  76.05 
 
 		 573 aa  914    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.0000122164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0609  extracellular solute-binding protein  73.17 
 
 		 577 aa  849    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.348028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0389  extracellular solute-binding protein  73.19 
 
 		 577 aa  840    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.83487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2095  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  54.62 
 
 		 569 aa  624  1e-177  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.105917 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3584  hypothetical protein  24.95 
 
 		 484 aa  112  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.638591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2051  extracellular solute-binding protein family 1  25.41 
 
 		 536 aa  105  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0287  extracellular solute-binding protein family 1  23.18 
 
 		 477 aa  94.4  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.635572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0258  extracellular solute-binding protein family 1  22.82 
 
 		 477 aa  92.4  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0699  extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 		 443 aa  91.3  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2426  extracellular solute-binding protein family 1  23.62 
 
 		 441 aa  84  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.741734 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  23.91 
 
 		 484 aa  76.3  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7822  putative ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.38 
 
 		 486 aa  71.2  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5638  extracellular solute-binding protein family 1  25.5 
 
 		 443 aa  67  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 		 428 aa  65.5  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  22.3 
 
 		 424 aa  66.2  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6371  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 443 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.970426 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  22.78 
 
 		 435 aa  64.7  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  22.78 
 
 		 436 aa  63.5  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 		 436 aa  63.5  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  22.92 
 
 		 433 aa  63.2  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  27.57 
 
 		 419 aa  62.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  30.2 
 
 		 513 aa  62.4  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  22.78 
 
 		 439 aa  60.5  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.5 
 
 		 326 aa  60.5  0.00000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  28.32 
 
 		 419 aa  60.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  22.79 
 
 		 447 aa  57  0.0000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  34.41 
 
 		 425 aa  56.6  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1533  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 		 478 aa  56.2  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.219593 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 		 439 aa  55.8  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  36.14 
 
 		 451 aa  54.7  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  22.19 
 
 		 438 aa  52.8  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.43 
 
 		 439 aa  50.8  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.86 
 
 		 439 aa  50.1  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2278  extracellular solute-binding protein  22.38 
 
 		 448 aa  48.5  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2375  transporter, putative  23.65 
 
 		 479 aa  48.1  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.229304 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0758  extracellular solute-binding protein family 1  30.67 
 
 		 443 aa  48.1  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2539  putative ABC transporter, substrate binding protein  23.59 
 
 		 437 aa  47.8  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2090  extracellular solute-binding protein family 1  21.69 
 
 		 480 aa  47.4  0.0007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  35.38 
 
 		 408 aa  46.6  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2488  extracellular solute-binding protein family 1  20.65 
 
 		 495 aa  47  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.56273  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2610  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 		 477 aa  45.8  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3399  extracellular solute-binding protein  23.3 
 
 		 440 aa  44.7  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1212  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 		 497 aa  44.7  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1283  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 		 497 aa  44.3  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>