84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1918 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6724  extracellular solute-binding protein family 1  54.34 
 
 		 580 aa  647    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0381  extracellular solute-binding protein  57.8 
 
 		 577 aa  661    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000205955  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3169  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  62.74 
 
 		 573 aa  747    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.0000122164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0609  extracellular solute-binding protein  58.72 
 
 		 577 aa  675    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.348028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0389  extracellular solute-binding protein  57.98 
 
 		 577 aa  661    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.83487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2317  extracellular solute-binding protein  57.43 
 
 		 577 aa  657    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000660046  normal  0.503814 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1321  extracellular solute-binding protein  58.5 
 
 		 574 aa  634    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00160153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2047  extracellular solute-binding protein  60.77 
 
 		 580 aa  702    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.120072  normal  0.523187 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4889  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  58.12 
 
 		 596 aa  671    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2227  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  59.41 
 
 		 580 aa  666    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272484  normal  0.0425945 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3333  conserved hypothetical signal peptide protein  58.41 
 
 		 578 aa  667    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.577812 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3051  putative signal peptide protein  58.6 
 
 		 580 aa  663    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0886733 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5372  extracellular solute-binding protein  56.23 
 
 		 580 aa  639    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.737373 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3473  extracellular solute-binding protein  58.96 
 
 		 579 aa  721    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.971584  hitchhiker  0.00076059 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1969  extracellular solute-binding protein  58.58 
 
 		 588 aa  658    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.386461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1738  extracellular solute-binding protein  61.25 
 
 		 579 aa  716    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.217891 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1898  extracellular solute-binding protein  58.61 
 
 		 579 aa  716    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.477877  normal  0.0669246 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2264  extracellular solute-binding protein, family 1  58.96 
 
 		 579 aa  721    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.864304  decreased coverage  0.00109234 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0375  extracellular solute-binding protein  60.11 
 
 		 574 aa  695    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.812044  normal  0.244045 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1030  extracellular solute-binding protein  57.98 
 
 		 577 aa  671    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3982  extracellular solute-binding protein  55.94 
 
 		 573 aa  637    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.227864  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1918  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  100 
 
 		 573 aa  1187    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000332483  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3391  extracellular solute-binding protein  55.17 
 
 		 577 aa  639    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.285234  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5939  extracellular solute-binding protein family 1  61.61 
 
 		 610 aa  711    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3735  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  56.85 
 
 		 590 aa  693    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.217509  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1742  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  57.12 
 
 		 590 aa  694    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.284147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2204  extracellular solute-binding protein  57.43 
 
 		 579 aa  667    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3630  extracellular solute-binding protein  57.77 
 
 		 580 aa  706    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2663  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  58.5 
 
 		 574 aa  635    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716249  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1445  extracellular solute-binding protein family 1  60.48 
 
 		 579 aa  696    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779886  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4211  extracellular solute-binding protein  57.93 
 
 		 598 aa  669    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.64235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3671  extracellular solute-binding protein  53.68 
 
 		 577 aa  638    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00462233  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1367  extracellular solute-binding protein  57.33 
 
 		 595 aa  671    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0483  twin-arginine translocation pathway signal  57.69 
 
 		 579 aa  662    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00131469  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2986  putative signal peptide protein  58.09 
 
 		 581 aa  661    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4063  extracellular solute-binding protein  59.04 
 
 		 599 aa  681    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.159076  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2089  extracellular solute-binding protein  53.89 
 
 		 593 aa  639    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115344  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2229  extracellular solute-binding protein  57.14 
 
 		 580 aa  664    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0301867  normal  0.190368 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2416  extracellular solute-binding protein  57.17 
 
 		 577 aa  635    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000012875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4098  extracellular solute-binding protein  55.15 
 
 		 569 aa  631  1e-179  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00991271  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3127  sugar ABC transporter  55.43 
 
 		 579 aa  630  1e-179  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1201  extracellular solute-binding protein  57.94 
 
 		 572 aa  625  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.487559  normal  0.842714 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1597  extracellular solute-binding protein  57.62 
 
 		 573 aa  625  1e-178  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6464  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  56.98 
 
 		 574 aa  622  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5977  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  56.8 
 
 		 574 aa  622  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4387  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  57.46 
 
 		 573 aa  622  1e-177  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.136814 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9075  hypothetical protein  54.84 
 
 		 558 aa  618  1e-176  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.979947  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2909  extracellular solute-binding protein  56.96 
 
 		 574 aa  621  1e-176  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.175958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0100  hypothetical protein  53.33 
 
 		 574 aa  608  1e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0356789  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2095  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  51.85 
 
 		 569 aa  565  1.0000000000000001e-159  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.105917 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3584  hypothetical protein  26.39 
 
 		 484 aa  114  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.638591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2051  extracellular solute-binding protein family 1  28.09 
 
 		 536 aa  95.5  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0258  extracellular solute-binding protein family 1  23.46 
 
 		 477 aa  95.1  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0287  extracellular solute-binding protein family 1  23.16 
 
 		 477 aa  92  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.635572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1658  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 		 449 aa  72  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.521221  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0699  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 443 aa  72  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  22.91 
 
 		 484 aa  69.3  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2426  extracellular solute-binding protein family 1  26.9 
 
 		 441 aa  68.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.741734 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 		 513 aa  63.5  0.000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 		 435 aa  59.3  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  27.91 
 
 		 425 aa  58.9  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 		 419 aa  59.3  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  25.55 
 
 		 419 aa  58.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  26.28 
 
 		 436 aa  58.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  33.87 
 
 		 436 aa  57.4  0.0000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5638  extracellular solute-binding protein family 1  27.71 
 
 		 443 aa  56.2  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6371  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 443 aa  55.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.970426 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 439 aa  55.5  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 451 aa  53.9  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  40.85 
 
 		 428 aa  52  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  28.76 
 
 		 449 aa  51.2  0.00005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7822  putative ABC-type sugar transport system, periplasmic component  20.73 
 
 		 486 aa  51.2  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  20.37 
 
 		 447 aa  50.8  0.00006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  42.86 
 
 		 326 aa  50.4  0.00009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  20.88 
 
 		 424 aa  48.5  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 		 408 aa  48.1  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3399  extracellular solute-binding protein  22.25 
 
 		 440 aa  47.4  0.0007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  37.29 
 
 		 439 aa  45.8  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  37.29 
 
 		 439 aa  45.8  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4979  extracellular solute-binding protein  37.93 
 
 		 439 aa  45.8  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.336131  normal  0.060129 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  21.05 
 
 		 438 aa  46.2  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  21.75 
 
 		 433 aa  45.4  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2488  extracellular solute-binding protein family 1  21.94 
 
 		 495 aa  45.1  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.56273  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2375  transporter, putative  21.7 
 
 		 479 aa  43.5  0.01  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.229304 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>