112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2986 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2264  extracellular solute-binding protein, family 1  70.34 
 
 
579 aa  820    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.864304  decreased coverage  0.00109234 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3051  putative signal peptide protein  95.2 
 
 
580 aa  1106    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0886733 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3735  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  67.01 
 
 
590 aa  816    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.217509  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1742  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  66.84 
 
 
590 aa  809    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.284147  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2204  extracellular solute-binding protein  87.21 
 
 
579 aa  1016    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3630  extracellular solute-binding protein  68.33 
 
 
580 aa  826    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2663  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  62.76 
 
 
574 aa  737    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716249  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1445  extracellular solute-binding protein family 1  65.91 
 
 
579 aa  785    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779886  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4211  extracellular solute-binding protein  69.2 
 
 
598 aa  796    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.64235  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4098  extracellular solute-binding protein  58.2 
 
 
569 aa  698    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00991271  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3671  extracellular solute-binding protein  83.22 
 
 
577 aa  986    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00462233  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1367  extracellular solute-binding protein  66.67 
 
 
595 aa  800    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15999  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0483  twin-arginine translocation pathway signal  79.2 
 
 
579 aa  939    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00131469  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4063  extracellular solute-binding protein  68.48 
 
 
599 aa  790    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.159076  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2089  extracellular solute-binding protein  57.93 
 
 
593 aa  707    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115344  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2229  extracellular solute-binding protein  87.59 
 
 
580 aa  1021    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0301867  normal  0.190368 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2416  extracellular solute-binding protein  60.5 
 
 
577 aa  709    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000012875  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1597  extracellular solute-binding protein  63.19 
 
 
573 aa  727    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5977  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  62.93 
 
 
574 aa  743    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4387  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  61.87 
 
 
573 aa  727    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.136814 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3169  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  67.6 
 
 
573 aa  808    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.0000122164  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0609  extracellular solute-binding protein  81.75 
 
 
577 aa  953    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.348028  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0389  extracellular solute-binding protein  81.98 
 
 
577 aa  944    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.83487  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2317  extracellular solute-binding protein  80.86 
 
 
577 aa  942    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000660046  normal  0.503814 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5939  extracellular solute-binding protein family 1  69.95 
 
 
610 aa  827    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1321  extracellular solute-binding protein  62.46 
 
 
574 aa  736    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00160153  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1201  extracellular solute-binding protein  61.42 
 
 
572 aa  723    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.487559  normal  0.842714 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2047  extracellular solute-binding protein  68.76 
 
 
580 aa  800    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.120072  normal  0.523187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2227  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  68.35 
 
 
580 aa  791    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272484  normal  0.0425945 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3473  extracellular solute-binding protein  70.34 
 
 
579 aa  820    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.971584  hitchhiker  0.00076059 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2909  extracellular solute-binding protein  62.18 
 
 
574 aa  711    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.175958  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0375  extracellular solute-binding protein  66.25 
 
 
574 aa  781    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.812044  normal  0.244045 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3982  extracellular solute-binding protein  63.94 
 
 
573 aa  743    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.227864  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1918  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  56.29 
 
 
573 aa  665    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000332483  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3127  sugar ABC transporter  59.68 
 
 
579 aa  701    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1030  extracellular solute-binding protein  83.18 
 
 
577 aa  966    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2986  putative signal peptide protein  100 
 
 
581 aa  1200    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1898  extracellular solute-binding protein  70.71 
 
 
579 aa  823    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.477877  normal  0.0669246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1738  extracellular solute-binding protein  68.82 
 
 
579 aa  825    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.217891 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1969  extracellular solute-binding protein  67.85 
 
 
588 aa  783    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.386461  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5372  extracellular solute-binding protein  86.2 
 
 
580 aa  1011    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.737373 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6724  extracellular solute-binding protein family 1  84.03 
 
 
580 aa  1012    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3333  conserved hypothetical signal peptide protein  98.11 
 
 
578 aa  1132    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.577812 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4889  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  67.01 
 
 
596 aa  804    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6464  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  63.28 
 
 
574 aa  742    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9075  hypothetical protein  62.19 
 
 
558 aa  699    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.979947  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0100  hypothetical protein  62.69 
 
 
574 aa  731    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0356789  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0381  extracellular solute-binding protein  81.8 
 
 
577 aa  944    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000205955  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3391  extracellular solute-binding protein  82.91 
 
 
577 aa  954    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.285234  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2095  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  54.19 
 
 
569 aa  607  9.999999999999999e-173  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.105917 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3584  hypothetical protein  25.56 
 
 
484 aa  107  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.638591  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2051  extracellular solute-binding protein family 1  28.28 
 
 
536 aa  99.4  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0287  extracellular solute-binding protein family 1  24.64 
 
 
477 aa  86.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.635572  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0258  extracellular solute-binding protein family 1  24.44 
 
 
477 aa  84.3  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0699  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 
443 aa  82  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  24.72 
 
 
424 aa  80.9  0.00000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  25.83 
 
 
484 aa  79  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2426  extracellular solute-binding protein family 1  23.58 
 
 
441 aa  76.3  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.741734 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7822  putative ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.54 
 
 
486 aa  72  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6371  extracellular solute-binding protein  24.91 
 
 
443 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.970426 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5638  extracellular solute-binding protein family 1  24.21 
 
 
443 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2610  extracellular solute-binding protein  22.9 
 
 
477 aa  58.9  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 
435 aa  58.9  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  28.71 
 
 
419 aa  58.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0572  extracellular solute-binding protein family 1  24.46 
 
 
470 aa  58.5  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  27.71 
 
 
436 aa  58.9  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3495  extracellular solute-binding protein, family 1  23.55 
 
 
487 aa  58.2  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.413396  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2488  extracellular solute-binding protein family 1  22.15 
 
 
495 aa  57.8  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.56273  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  27.22 
 
 
433 aa  58.2  0.0000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 
513 aa  57.4  0.0000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 
451 aa  57.4  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 
439 aa  57.4  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  22.31 
 
 
439 aa  56.6  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  26.76 
 
 
419 aa  56.2  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 
428 aa  55.1  0.000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2375  transporter, putative  25.74 
 
 
479 aa  53.1  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.229304 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3399  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 
440 aa  52.4  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  23.04 
 
 
438 aa  52  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 
428 aa  51.6  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  29.84 
 
 
436 aa  52  0.00003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  25.29 
 
 
425 aa  51.2  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4940  extracellular solute-binding protein family 1  22.61 
 
 
484 aa  51.2  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  24.04 
 
 
411 aa  50.4  0.00008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  24.04 
 
 
411 aa  50.1  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5738  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  21.91 
 
 
452 aa  48.9  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.599702  normal  0.0824986 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  28.93 
 
 
449 aa  48.9  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 
422 aa  47.8  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  22.28 
 
 
447 aa  47.8  0.0005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.5 
 
 
439 aa  47  0.0008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1533  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 
478 aa  47.4  0.0008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.219593 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  34.72 
 
 
326 aa  47  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.01 
 
 
439 aa  46.6  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  23.38 
 
 
422 aa  46.6  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  23.38 
 
 
422 aa  46.6  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1283  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 
497 aa  45.8  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2164  extracellular solute-binding protein  29.25 
 
 
481 aa  45.8  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 
414 aa  45.8  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20870  extracellular solute-binding protein family 1  22.13 
 
 
430 aa  46.2  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 
442 aa  45.4  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1213  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 
497 aa  45.4  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>