More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2814 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  93.15 
 
 		 343 aa  640    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 335 aa  685    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  58.31 
 
 		 365 aa  397  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  59.27 
 
 		 375 aa  394  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3901  helix-turn-helix, AraC type  53.8 
 
 		 366 aa  374  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  50.45 
 
 		 335 aa  327  2.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  44.51 
 
 		 358 aa  289  4e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  44.51 
 
 		 358 aa  289  4e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  43.11 
 
 		 339 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 333 aa  282  7.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 335 aa  280  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 340 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 345 aa  270  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  43.03 
 
 		 358 aa  268  7e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 347 aa  265  7e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 351 aa  265  8.999999999999999e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 337 aa  262  6e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 360 aa  252  6e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 338 aa  249  6e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 363 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  37.88 
 
 		 352 aa  232  6e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 337 aa  155  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  30.75 
 
 		 353 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 353 aa  152  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 353 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  30.61 
 
 		 353 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 353 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  30.65 
 
 		 390 aa  147  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1198  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 348 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.462338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  29.65 
 
 		 337 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 350 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 337 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13099  virulence-regulating transcriptional regulator VirS  30.15 
 
 		 340 aa  136  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 334 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13768  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 353 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 342 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 349 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0307  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3717  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0302  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847294 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 		 358 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  28.02 
 
 		 335 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 347 aa  122  9e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0421  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 350 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 359 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  28.92 
 
 		 356 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 		 337 aa  119  6e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 347 aa  119  6e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 330 aa  119  9e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3048  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 342 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.428431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 345 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 343 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 352 aa  117  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 362 aa  116  3.9999999999999997e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  28.79 
 
 		 356 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 344 aa  116  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 327 aa  115  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3669  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  27.56 
 
 		 372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  27.5 
 
 		 348 aa  114  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 365 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 348 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  24.68 
 
 		 365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 376 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 347 aa  109  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 338 aa  110  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1176  AraC family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 345 aa  109  7.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.214328 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5229  AraC family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 339 aa  109  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0958531  normal  0.127084 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.18 
 
 		 345 aa  108  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 369 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  28.61 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4253  helix-turn-helix domain-containing protein  27.88 
 
 		 362 aa  108  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  24.92 
 
 		 344 aa  107  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1284  helix-turn-helix domain-containing protein  27.16 
 
 		 337 aa  105  8e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5154  AraC family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 339 aa  105  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 367 aa  105  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  25.56 
 
 		 366 aa  104  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 381 aa  104  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  27.99 
 
 		 338 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  27.04 
 
 		 333 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  24.18 
 
 		 334 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 366 aa  104  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  27.44 
 
 		 339 aa  103  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  25.47 
 
 		 335 aa  103  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2269  transcriptional regulator, AraC family  25.63 
 
 		 362 aa  103  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  26.84 
 
 		 346 aa  103  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0267  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 335 aa  103  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.128312  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000628  putative transcription regulator  25.38 
 
 		 333 aa  102  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  23.9 
 
 		 345 aa  102  9e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 342 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  24.76 
 
 		 330 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2143  transcriptional regulator, AraC family  25.23 
 
 		 338 aa  99.4  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.344759  normal  0.883029 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  24.38 
 
 		 343 aa  99.4  7e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  28.88 
 
 		 333 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 333 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>