More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1647 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 466 aa  963    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.98 
 
 		 453 aa  460  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.85 
 
 		 502 aa  426  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.9 
 
 		 470 aa  416  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.23 
 
 		 481 aa  389  1e-107  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.05 
 
 		 462 aa  382  1e-105  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.95 
 
 		 530 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  42.12 
 
 		 530 aa  378  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.74 
 
 		 463 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.87 
 
 		 476 aa  341  2e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.02 
 
 		 482 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.24 
 
 		 392 aa  256  7e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  45.49 
 
 		 379 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.88 
 
 		 383 aa  252  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.42 
 
 		 378 aa  251  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.05 
 
 		 398 aa  249  8e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.65 
 
 		 395 aa  248  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.33 
 
 		 375 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  46.21 
 
 		 381 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.69 
 
 		 375 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.69 
 
 		 375 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.33 
 
 		 375 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.69 
 
 		 375 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  46.57 
 
 		 381 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  46.57 
 
 		 381 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.34 
 
 		 456 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.07 
 
 		 453 aa  202  9.999999999999999e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.98 
 
 		 456 aa  193  7e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1422  nucleotide excision repair endonuclease  38.6 
 
 		 293 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2036  nucleotide excision repair endonuclease  38.27 
 
 		 293 aa  183  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.362279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2460  nucleotide excision repair endonuclease  40.07 
 
 		 295 aa  183  6e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.41654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1437  nucleotide excision repair endonuclease  38.27 
 
 		 293 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1405  nucleotide excision repair endonuclease  38.27 
 
 		 293 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.115833 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1863  nucleotide excision repair endonuclease  37.91 
 
 		 293 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1449  nucleotide excision repair endonuclease  40.44 
 
 		 295 aa  180  4.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.432222 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01710  endonuclease of nucleotide excision repair  39.71 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1901  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.71 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.195835  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1823  nucleotide excision repair endonuclease  39.71 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1891  nucleotide excision repair endonuclease  39.71 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0501575 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01698  hypothetical protein  39.71 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1986  nucleotide excision repair endonuclease  40.07 
 
 		 295 aa  179  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.282045  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1963  nucleotide excision repair endonuclease  40.07 
 
 		 295 aa  179  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  27.38 
 
 		 457 aa  176  8e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4261  excinuclease ABC subunit C  37.4 
 
 		 275 aa  175  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1703  nucleotide excision repair endonuclease  37.5 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.58 
 
 		 459 aa  174  3.9999999999999995e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29310  nucleotide excision repair endonuclease  37.59 
 
 		 282 aa  167  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.525257  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.12 
 
 		 449 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.29 
 
 		 584 aa  157  3e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  32.4 
 
 		 578 aa  153  5.9999999999999996e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.36 
 
 		 565 aa  151  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  29.1 
 
 		 570 aa  151  3e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.22 
 
 		 595 aa  151  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  30.57 
 
 		 590 aa  149  9e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.95 
 
 		 631 aa  144  3e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  28.83 
 
 		 616 aa  144  4e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  30.71 
 
 		 617 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.95 
 
 		 595 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  29.77 
 
 		 630 aa  139  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.24 
 
 		 610 aa  138  2e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  29.46 
 
 		 645 aa  139  2e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  29.5 
 
 		 630 aa  137  5e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  29.5 
 
 		 630 aa  137  5e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  29.35 
 
 		 585 aa  137  6.0000000000000005e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  28.65 
 
 		 613 aa  134  3e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  28.61 
 
 		 574 aa  133  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  29.73 
 
 		 578 aa  129  8.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.71 
 
 		 442 aa  129  1.0000000000000001e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  29.95 
 
 		 566 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  32.76 
 
 		 560 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.79 
 
 		 609 aa  126  7e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  31.45 
 
 		 584 aa  122  1.9999999999999998e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3286  hypothetical protein  29.35 
 
 		 607 aa  121  3e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.94891 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1027  hypothetical protein  29.2 
 
 		 590 aa  118  3e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  28.23 
 
 		 584 aa  116  6.9999999999999995e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.15 
 
 		 769 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  27.27 
 
 		 601 aa  116  7.999999999999999e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  30.54 
 
 		 601 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  31.05 
 
 		 551 aa  115  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.78 
 
 		 715 aa  113  6e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.76 
 
 		 174 aa  113  7.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.68 
 
 		 605 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  24.35 
 
 		 603 aa  112  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1514  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  38.1 
 
 		 897 aa  110  5e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.103927  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1543  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  38.1 
 
 		 897 aa  110  5e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.959984  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  41.33 
 
 		 720 aa  109  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  29.17 
 
 		 574 aa  109  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.89 
 
 		 180 aa  108  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  34.59 
 
 		 1433 aa  107  4e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  35.62 
 
 		 1442 aa  107  6e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1025  DNA polymerase III, epsilon subunit/ATP-dependent helicase DinG  38 
 
 		 902 aa  104  3e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  34.27 
 
 		 1449 aa  100  6e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  34.27 
 
 		 1449 aa  100  7e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  31.89 
 
 		 1465 aa  99.4  1e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  38.51 
 
 		 203 aa  99  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.06 
 
 		 547 aa  98.6  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1099  Rad3-related DNA helicase  32.43 
 
 		 489 aa  98.6  2e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.829267  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  36.73 
 
 		 1402 aa  97.4  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  35.48 
 
 		 1447 aa  97.1  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.96 
 
 		 203 aa  96.7  7e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>