More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1634 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 330 aa  660    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  78.66 
 
 		 328 aa  528  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  78.35 
 
 		 328 aa  524  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  79.08 
 
 		 328 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  79.38 
 
 		 328 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  79.08 
 
 		 328 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  78.15 
 
 		 328 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  76.22 
 
 		 328 aa  506  9.999999999999999e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  79.51 
 
 		 327 aa  502  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  77.74 
 
 		 328 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  77.74 
 
 		 328 aa  500  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.27 
 
 		 331 aa  204  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  36 
 
 		 323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  38.62 
 
 		 319 aa  183  3e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  38.62 
 
 		 319 aa  181  1e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  35.28 
 
 		 337 aa  172  5e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  35.4 
 
 		 334 aa  166  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  35.81 
 
 		 336 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.81 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  38.51 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  36.21 
 
 		 325 aa  161  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  35.57 
 
 		 343 aa  159  8e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  35.39 
 
 		 336 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  36.36 
 
 		 335 aa  156  4e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.73 
 
 		 336 aa  155  8e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.99 
 
 		 334 aa  152  5e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  36.12 
 
 		 340 aa  152  5.9999999999999996e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.28 
 
 		 335 aa  152  7e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  36.12 
 
 		 340 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  45.86 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.46 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  43 
 
 		 339 aa  143  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  41.01 
 
 		 337 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  37.97 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 		 352 aa  143  4e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  46.86 
 
 		 304 aa  143  4e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  44.1 
 
 		 295 aa  143  5e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  34.27 
 
 		 344 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.96 
 
 		 337 aa  142  8e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.69 
 
 		 312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.69 
 
 		 336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  42.21 
 
 		 342 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  40.22 
 
 		 320 aa  139  6e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.17 
 
 		 351 aa  139  6e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  41.5 
 
 		 342 aa  139  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  41.21 
 
 		 342 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  36.57 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.53 
 
 		 368 aa  138  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  36.09 
 
 		 335 aa  136  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  42.23 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  39.37 
 
 		 337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  41.18 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  37.98 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  41.75 
 
 		 334 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1065  DNA-directed DNA polymerase  39.18 
 
 		 372 aa  134  3e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.910858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  41.75 
 
 		 334 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  41.58 
 
 		 342 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  41.58 
 
 		 342 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  41.58 
 
 		 342 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0504294 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.05 
 
 		 334 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000249721  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1478  DNA polymerase III subunit delta'  33.74 
 
 		 334 aa  133  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000175371  hitchhiker  0.00000000166006 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2225  DNA polymerase III subunit delta'  33.74 
 
 		 334 aa  133  5e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000129004  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  33.74 
 
 		 334 aa  133  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01095  DNA polymerase III subunit delta'  33.74 
 
 		 334 aa  132  6e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0362811  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2502  DNA polymerase III subunit delta'  33.74 
 
 		 334 aa  132  6e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0601626  unclonable  0.0000000133067 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  41.58 
 
 		 342 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1221  DNA polymerase III subunit delta'  33.74 
 
 		 334 aa  132  6e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000113333  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01103  hypothetical protein  33.74 
 
 		 334 aa  132  6e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0380971  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1220  DNA polymerase III subunit delta'  33.74 
 
 		 334 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000429274  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3411  DNA-directed DNA polymerase  37.87 
 
 		 333 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  49.64 
 
 		 331 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  38.82 
 
 		 323 aa  132  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  41.18 
 
 		 334 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.39 
 
 		 342 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1313  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.96 
 
 		 366 aa  130  3e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.44 
 
 		 321 aa  129  6e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1986  DNA-directed DNA polymerase  38.03 
 
 		 332 aa  129  6e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.5 
 
 		 357 aa  129  6e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  35.85 
 
 		 374 aa  129  7.000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.05 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2518  DNA-directed DNA polymerase  35.36 
 
 		 379 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129447  hitchhiker  0.00407989 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 377 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  37.02 
 
 		 331 aa  127  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  41.34 
 
 		 349 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2256  DNA-directed DNA polymerase  37.93 
 
 		 336 aa  127  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  39.58 
 
 		 336 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2857  DNA-directed DNA polymerase  39.83 
 
 		 340 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0430  DNA polymerase III, delta' subunit  38.05 
 
 		 332 aa  126  5e-28  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  39 
 
 		 336 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.86 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  39.66 
 
 		 324 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.62 
 
 		 318 aa  123  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.44 
 
 		 318 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.13 
 
 		 320 aa  122  7e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1044  DNA polymerase III subunit delta'  41.33 
 
 		 349 aa  122  9e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211523  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.62 
 
 		 318 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.44 
 
 		 318 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.09 
 
 		 318 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1737  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.62 
 
 		 318 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.5 
 
 		 343 aa  121  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>