211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2124 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  100 
 
 		 301 aa  612  9.999999999999999e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  36.82 
 
 		 279 aa  144  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  32.73 
 
 		 329 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  31.05 
 
 		 328 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  30.28 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  32.12 
 
 		 333 aa  129  7.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  30.1 
 
 		 345 aa  123  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3169  tetratricopeptide TPR_2  27.59 
 
 		 334 aa  118  9e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4747  hypothetical protein  38.3 
 
 		 323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1315  tol-pal system protein YbgF  41.86 
 
 		 345 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6876  hypothetical protein  39.53 
 
 		 348 aa  112  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.617207  normal  0.0553562 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2713  TPR repeat-containing protein  35.8 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0957329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  39.84 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4143  hypothetical protein  38.64 
 
 		 345 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  37.88 
 
 		 321 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3508  TPR repeat-containing protein  38.64 
 
 		 336 aa  107  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.024508  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2414  hypothetical protein  28.1 
 
 		 291 aa  103  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  40.62 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  29.82 
 
 		 283 aa  103  5e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  28.9 
 
 		 283 aa  102  7e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  26.03 
 
 		 271 aa  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1221  Tol-Pal system YbgF  33.11 
 
 		 505 aa  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  32.72 
 
 		 395 aa  100  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  32.61 
 
 		 488 aa  99  9e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  32.61 
 
 		 488 aa  99  9e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  37.5 
 
 		 341 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  37.5 
 
 		 339 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  37.5 
 
 		 341 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  28.09 
 
 		 386 aa  95.1  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1597  hypothetical protein  27.67 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.214914 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0201  TPR repeat-containing protein  25.75 
 
 		 275 aa  94.4  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000441439  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  26.81 
 
 		 278 aa  93.2  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  28.38 
 
 		 271 aa  93.6  4e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  31.05 
 
 		 270 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1113  Tol-Pal system YbgF  28.83 
 
 		 272 aa  92  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.636864  normal  0.58924 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  29.73 
 
 		 232 aa  91.3  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000302592  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  27.93 
 
 		 271 aa  89  1e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  28.42 
 
 		 265 aa  88.2  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  26.1 
 
 		 307 aa  87  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2363  tetratricopeptide TPR_2  25.63 
 
 		 283 aa  86.7  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.574477 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  26.91 
 
 		 271 aa  86.7  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000523116  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  31.05 
 
 		 274 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  28.7 
 
 		 239 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  29.84 
 
 		 272 aa  85.1  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  27.83 
 
 		 257 aa  84  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  34.45 
 
 		 343 aa  83.6  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  27.6 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  28.88 
 
 		 262 aa  83.2  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  29.2 
 
 		 268 aa  82.8  0.000000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  31.56 
 
 		 274 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  39.13 
 
 		 273 aa  82  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3038  TPR domain-containing protein  25 
 
 		 272 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000166415  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  30.31 
 
 		 279 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4425  tol-pal system protein YbgF  28.89 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.667598 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  30.8 
 
 		 272 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  30.8 
 
 		 248 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  27.34 
 
 		 269 aa  79  0.00000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011862  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  36.21 
 
 		 268 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  36.21 
 
 		 268 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  36.92 
 
 		 377 aa  79  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  36.21 
 
 		 271 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  25.64 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  27.84 
 
 		 257 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2973  TPR domain-containing protein  26.24 
 
 		 266 aa  77.4  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.485874  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  36.21 
 
 		 268 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  27.23 
 
 		 322 aa  76.6  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2208  Tol-Pal system YbgF  27.24 
 
 		 275 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00178877  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  26.55 
 
 		 261 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000108782  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  26.45 
 
 		 258 aa  75.9  0.0000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000000538849  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  35.59 
 
 		 242 aa  75.9  0.0000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  27.23 
 
 		 322 aa  74.7  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  34.51 
 
 		 487 aa  75.1  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  24.55 
 
 		 263 aa  74.3  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  32.23 
 
 		 264 aa  73.2  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0240  hypothetical protein  29.67 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  29.49 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1859  TPR repeat-containing protein  26.94 
 
 		 242 aa  72  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000136736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0977  hypothetical protein  25.44 
 
 		 281 aa  71.6  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0268883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2937  tetratricopeptide TPR_2  24.77 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0022329  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0537  tol-pal system protein YbgF  24.3 
 
 		 321 aa  70.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0161881  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1529  TPR repeat-containing protein  26.48 
 
 		 240 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000257088  normal  0.395847 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  29.51 
 
 		 266 aa  70.9  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  26.25 
 
 		 263 aa  69.3  0.00000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  26.25 
 
 		 263 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  26.25 
 
 		 263 aa  69.3  0.00000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  26.25 
 
 		 263 aa  69.3  0.00000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  26.25 
 
 		 263 aa  69.3  0.00000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  26.25 
 
 		 263 aa  69.3  0.00000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  26.25 
 
 		 263 aa  69.3  0.00000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1114  tol-pal system protein YbgF  32.88 
 
 		 292 aa  68.9  0.00000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.875403  normal  0.0458265 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  26.03 
 
 		 254 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000361839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  26.25 
 
 		 263 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  31.58 
 
 		 304 aa  68.9  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0473  tol-pal system protein YbgF  32.54 
 
 		 350 aa  67.8  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0955872  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2694  tol-pal system protein YbgF  30.4 
 
 		 249 aa  67.8  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  26.58 
 
 		 262 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  27.41 
 
 		 263 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  26.58 
 
 		 262 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  26.58 
 
 		 262 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  26.58 
 
 		 262 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>