More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4602 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
591 aa  1141    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.87 
 
 
596 aa  836    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
593 aa  310  6.999999999999999e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
587 aa  305  2.0000000000000002e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
606 aa  300  5e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.77 
 
 
597 aa  283  7.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
588 aa  276  5e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
593 aa  258  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.12 
 
 
591 aa  246  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.184868  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37 
 
 
588 aa  230  6e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0237049  normal  0.467133 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.32 
 
 
669 aa  224  3e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  43.93 
 
 
282 aa  208  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  43.93 
 
 
282 aa  207  4e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.85 
 
 
272 aa  207  4e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.93 
 
 
282 aa  207  4e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.41 
 
 
272 aa  206  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
278 aa  203  7e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.06 
 
 
275 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
269 aa  196  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.29 
 
 
275 aa  191  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.08 
 
 
283 aa  191  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.783769  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.42 
 
 
269 aa  187  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.54 
 
 
268 aa  187  5e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.56 
 
 
274 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  37.85 
 
 
266 aa  185  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
275 aa  183  6e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
275 aa  183  7e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.3 
 
 
266 aa  182  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
275 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
269 aa  182  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
268 aa  182  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
268 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  38.13 
 
 
282 aa  181  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.3 
 
 
266 aa  181  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.87 
 
 
272 aa  181  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.23 
 
 
275 aa  180  8e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
391 aa  180  8e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.82 
 
 
269 aa  180  8e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  40.17 
 
 
271 aa  178  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.66 
 
 
271 aa  178  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  41.2 
 
 
276 aa  177  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.62 
 
 
274 aa  177  5e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1106  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  42.8 
 
 
271 aa  176  7e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.91 
 
 
275 aa  176  7e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.92 
 
 
264 aa  176  8e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
284 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
261 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  40.77 
 
 
276 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2209  putrescine ABC transporter permease  39.44 
 
 
264 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.052298  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.83 
 
 
270 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
266 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  44.7 
 
 
279 aa  174  5e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.54 
 
 
284 aa  172  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
268 aa  172  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0758947  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.35 
 
 
275 aa  172  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 
266 aa  171  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.575148  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  40.5 
 
 
289 aa  171  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  40.5 
 
 
289 aa  171  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
279 aa  171  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  40.5 
 
 
279 aa  171  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  40.5 
 
 
279 aa  170  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  39.75 
 
 
279 aa  170  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.38 
 
 
421 aa  169  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.356927  normal  0.017991 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
281 aa  169  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
274 aa  168  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
281 aa  169  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
281 aa  169  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
279 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4612  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.63 
 
 
273 aa  167  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.950111 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
278 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0565  polyamine ABC transporter, permease protein  40.77 
 
 
273 aa  167  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
281 aa  167  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.94 
 
 
278 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.708074  normal  0.0941502 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.19 
 
 
302 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.61 
 
 
272 aa  165  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1886  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  34.19 
 
 
302 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0261044  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  40.72 
 
 
278 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.94 
 
 
278 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445054  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
413 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.83 
 
 
278 aa  164  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.6 
 
 
264 aa  164  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
417 aa  165  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3471  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  42.92 
 
 
417 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60984 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
263 aa  162  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
290 aa  162  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
416 aa  163  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.15 
 
 
264 aa  162  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  38.15 
 
 
264 aa  162  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.45 
 
 
279 aa  162  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
276 aa  161  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2634  Fis family transcriptional regulator  42.47 
 
 
275 aa  161  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0329  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.56 
 
 
258 aa  160  6e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0303  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.56 
 
 
242 aa  160  6e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.102873  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  38.7 
 
 
267 aa  160  7e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.97 
 
 
264 aa  160  8e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.88 
 
 
288 aa  159  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.55 
 
 
276 aa  159  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.68 
 
 
261 aa  159  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
283 aa  159  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.153195  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.28 
 
 
261 aa  158  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.367092  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>