More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4214 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4214  aminotransferase, class V  100 
 
 		 428 aa  885    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1642  aminotransferase, class V  76.46 
 
 		 429 aa  678    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3786  aminotransferase, class V  77.91 
 
 		 430 aa  679    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3538  aminotransferase class V  67.84 
 
 		 423 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2155  aminotransferase, class V  64.17 
 
 		 427 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0697123  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33720  PvdN  64.57 
 
 		 427 aa  570  1e-161  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000909297  hitchhiker  0.00809469 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2865  aminotransferase  64.1 
 
 		 427 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1852  twin-arginine translocation pathway signal  62.53 
 
 		 431 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.776832 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1965  twin-arginine translocation pathway signal  62.35 
 
 		 426 aa  546  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0412227  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3921  aminotransferase class V  40.83 
 
 		 445 aa  335  5.999999999999999e-91  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1687  twin-arginine translocation pathway signal  41.04 
 
 		 440 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3047  aminotransferase class V  25.63 
 
 		 428 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.500863  normal  0.146829 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3802  putative aminotransferase  28.03 
 
 		 437 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.161541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1756  aminotransferase class V  24.83 
 
 		 438 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.60376  normal  0.594036 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6132  aminotransferase class V  24.59 
 
 		 422 aa  122  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4973  putative aminotransferase  23.92 
 
 		 437 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3297  aminotransferase, class V  22.89 
 
 		 393 aa  99  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1763  class V aminotransferase  23.42 
 
 		 381 aa  99  2e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1295  aminotransferase class V  26.16 
 
 		 430 aa  98.2  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.35338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04996  cysteine desulfurase  26.46 
 
 		 476 aa  96.3  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0729  NifS protein  24.75 
 
 		 393 aa  92.4  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1413  aminotransferase, class V  26.92 
 
 		 381 aa  92.4  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.354567  normal  0.630226 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001209  aminotransferase ScrA  25.52 
 
 		 469 aa  92  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3800  aminotransferase class V  27.32 
 
 		 433 aa  91.3  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1656  aminotransferase, class V  25.09 
 
 		 377 aa  91.3  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000223228  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2039  aminotransferase class V  25.42 
 
 		 460 aa  91.3  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000739402 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0788  aminotransferase class V  26.82 
 
 		 367 aa  90.9  4e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2611  aminotransferase, class V  23.43 
 
 		 441 aa  89.7  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.189769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0008  aminotransferase, class V  24.23 
 
 		 376 aa  89  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0672811  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3648  aminotransferase class V  26.84 
 
 		 461 aa  87.4  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1533  aminotransferase class V  24.44 
 
 		 377 aa  87.4  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.172669  normal  0.519626 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1300  cysteine desulphurase-like protein  25.13 
 
 		 381 aa  87  6e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0145428  hitchhiker  0.00325394 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0737  aminotransferase, class V  24.85 
 
 		 368 aa  86.3  0.000000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5012  aminotransferase class V  24.23 
 
 		 407 aa  85.5  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12890  cysteine desulfurase  25.99 
 
 		 422 aa  85.5  0.000000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1280  hypothetical protein  26.03 
 
 		 411 aa  85.1  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.586224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2195  aminotransferase class V  23.34 
 
 		 390 aa  84  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.120355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4359  aminotransferase, class V  24.17 
 
 		 393 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5541  aminotransferase, class V  23.48 
 
 		 394 aa  83.6  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01753  putative isopenicillin N epimerase protein  26.67 
 
 		 419 aa  83.2  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.73332  normal  0.379334 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5121  cysteine desulfurase SufS  25.87 
 
 		 406 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.835968  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5118  aminotransferase, class V  25.87 
 
 		 406 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4849  aminotransferase, class V  25.87 
 
 		 406 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4705  aminotransferase, class V, cysteine desulfhydrase  25.87 
 
 		 406 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5215  aminotransferase, class V  25.87 
 
 		 406 aa  82  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1512  aminotransferase class V  21.76 
 
 		 896 aa  82  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0374099 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26810  cysteine desulfurase  24.17 
 
 		 409 aa  81.6  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1866  aminotransferase class V  24.41 
 
 		 387 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.733686  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0911  aminotransferase, class V  23.17 
 
 		 379 aa  81.3  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1637  aminotransferase, class V  24.78 
 
 		 377 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.681858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2921  cysteine desulfurase, SufS subfamily  26.4 
 
 		 406 aa  80.9  0.00000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1377  aminotransferase, class V  21.93 
 
 		 390 aa  80.5  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446242 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5123  cysteine desulfurase SufS  25.87 
 
 		 406 aa  80.5  0.00000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0415456  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2318  aminotransferase, class V  24.27 
 
 		 394 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.698487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0117  cysteine desulfurase SufS  25.87 
 
 		 406 aa  80.5  0.00000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4690  aminotransferase, class V; cysteine desulfhydrase  25.87 
 
 		 406 aa  80.5  0.00000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5086  cysteine desulfurase SufS  25.87 
 
 		 406 aa  80.5  0.00000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4279  aminotransferase class V  22.73 
 
 		 462 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0185  aminotransferase, class V  24.77 
 
 		 392 aa  80.1  0.00000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.119153 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4803  SufS subfamily cysteine desulfurase  24.71 
 
 		 406 aa  79.7  0.00000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0721  aminotransferase class V  24.1 
 
 		 389 aa  79.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0087  SufS subfamily cysteine desulfurase  24.93 
 
 		 420 aa  79.7  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.595541  normal  0.828259 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4272  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.9 
 
 		 451 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2068  aminotransferase, class V  24.5 
 
 		 392 aa  79  0.0000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1746  aminotransferase class V  24.83 
 
 		 407 aa  79.3  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.676598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1912  selenocysteine lyase  23.16 
 
 		 382 aa  78.6  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5559  aminotransferase class V  21.88 
 
 		 388 aa  78.2  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  0.949284 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1257  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  25.45 
 
 		 403 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3088  aminotransferase class V  26.9 
 
 		 374 aa  77.8  0.0000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3577  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.29 
 
 		 406 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1215  selenocysteine lyase  22.06 
 
 		 385 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00299865  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1213  aminotransferase class V  22.89 
 
 		 393 aa  78.2  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.145189  normal  0.43356 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4777  aminotransferase, class V  24.79 
 
 		 391 aa  77.4  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0469336 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1607  aminotransferase class V  25.81 
 
 		 399 aa  77.8  0.0000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3537  putative acetyltransferase  24.31 
 
 		 413 aa  77.8  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0767  aminotransferase class V  23.53 
 
 		 404 aa  77  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.815381 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6148  aminotransferase class V  25.19 
 
 		 416 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2502  aminotransferase class V  21.78 
 
 		 399 aa  76.6  0.0000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.207929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1549  cysteine desulfurase, SufS subfamily  24.71 
 
 		 673 aa  76.6  0.0000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0186902 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0775  putative isopenicillin N epimerase  21.61 
 
 		 464 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3348  aminotransferase class V  24.29 
 
 		 415 aa  76.3  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.779513  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0224  cysteine desulfurase, SufS subfamily  23.47 
 
 		 414 aa  76.3  0.0000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0692  putative isopenicillin N epimerase  21.61 
 
 		 385 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.258994  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2054  aminotransferase, class V  24.14 
 
 		 880 aa  76.3  0.000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.754406 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2990  SufS subfamily cysteine desulfurase  23.49 
 
 		 428 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.104458 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1623  cysteine desulfurase  24.8 
 
 		 406 aa  75.9  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0344832 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1140  isopenicillin N epimerase  21.61 
 
 		 385 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25790  hypothetical protein  23.69 
 
 		 377 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.226944 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1720  hypothetical protein  24.05 
 
 		 401 aa  76.3  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0138813  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4268  class-V aminotransferase  24.92 
 
 		 430 aa  76.3  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.51395 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1739  putative isopenicillin N epimerase  21.61 
 
 		 385 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0431  putative selenocysteine lyase  25.85 
 
 		 406 aa  75.1  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0665  aminotransferase class V  23.65 
 
 		 393 aa  75.5  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2495  cysteine desulfurase family protein  25.26 
 
 		 385 aa  75.1  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.123711  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4543  aminotransferase class V  23.96 
 
 		 391 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.119486 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3723  aminotransferase class V  25.53 
 
 		 372 aa  74.3  0.000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.15701  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2207  aminotransferase, class V  22.48 
 
 		 381 aa  74.3  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2088  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.85 
 
 		 406 aa  74.3  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.519115 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1427  SufS subfamily cysteine desulfurase  24.42 
 
 		 664 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000769952 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4955  aminotransferase class V  23.19 
 
 		 387 aa  73.2  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38029  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>