More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0002 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_0001  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
365 aa  749  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.336764  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
365 aa  749  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  3.18907e-05  decreased coverage  0.000394754 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.21 
 
 
367 aa  265  1e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.05958e-08  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.98 
 
 
367 aa  255  8e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  3.48538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.02 
 
 
367 aa  253  3e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.02 
 
 
367 aa  252  9e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.59 
 
 
367 aa  251  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.75 
 
 
367 aa  249  4e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  38.48 
 
 
367 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  2.839e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.48 
 
 
367 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  38.81 
 
 
367 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.68 
 
 
367 aa  245  9e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.4 
 
 
366 aa  244  2e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  7.90466e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.21 
 
 
367 aa  244  2e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.96971e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.59 
 
 
365 aa  244  2e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  5.90568e-08  unclonable  5.12174e-12 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.32 
 
 
369 aa  244  2e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  37.5 
 
 
366 aa  244  2e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  7.33559e-07  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.59 
 
 
366 aa  243  4e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  36.59 
 
 
366 aa  243  4e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  36.59 
 
 
366 aa  243  4e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.33889e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  36.59 
 
 
366 aa  243  4e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  36.59 
 
 
366 aa  243  4e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.59 
 
 
366 aa  243  4e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  36.59 
 
 
366 aa  243  4e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.99842e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  36.59 
 
 
366 aa  243  4e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.4 
 
 
366 aa  243  4e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  36.59 
 
 
366 aa  243  4e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.53421e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  35.6 
 
 
366 aa  243  5e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.18658e-07  unclonable  1.21971e-10 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  34.22 
 
 
367 aa  242  9e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.86 
 
 
367 aa  241  1e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  38.59 
 
 
367 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  35.77 
 
 
366 aa  239  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  35.77 
 
 
366 aa  239  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  35.77 
 
 
366 aa  239  6e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  35.77 
 
 
366 aa  239  6e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.33 
 
 
366 aa  239  6e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.67756e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  35.77 
 
 
366 aa  239  7e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  38.65 
 
 
367 aa  238  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.31 
 
 
366 aa  238  2e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  36.31 
 
 
366 aa  237  3e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  2.34864e-08  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  35.6 
 
 
366 aa  236  4e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.05 
 
 
366 aa  236  5e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.37071e-08  unclonable  3.26658e-12 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.33 
 
 
366 aa  236  5e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.72427e-06  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.05 
 
 
366 aa  236  5e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.34429e-07  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.05 
 
 
366 aa  236  5e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.03765e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.05 
 
 
366 aa  236  5e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  8.48773e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  36.51 
 
 
366 aa  236  5e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  35.33 
 
 
366 aa  236  6e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  6.42144e-08  hitchhiker  1.34313e-09 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.5 
 
 
366 aa  236  6e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.43561e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.33 
 
 
366 aa  236  6e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  5.77304e-08  unclonable  2.3362e-11 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  35.87 
 
 
366 aa  235  8e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.17824e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  35.87 
 
 
366 aa  235  8e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.87 
 
 
366 aa  235  8e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.87 
 
 
367 aa  235  9e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  7.44787e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.24 
 
 
366 aa  234  2e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.36085e-07  unclonable  9.17615e-09 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.78 
 
 
366 aa  234  2e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  4.90932e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.03 
 
 
368 aa  234  2e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.23 
 
 
366 aa  233  3e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.58001e-07  unclonable  3.41195e-06 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.5 
 
 
366 aa  233  5e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  5.44098e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.9 
 
 
366 aa  232  7e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  4.66477e-06  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  37.07 
 
 
368 aa  232  7e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.48 
 
 
368 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  36.9 
 
 
368 aa  231  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.63 
 
 
372 aa  231  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.17 
 
 
372 aa  230  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.9 
 
 
368 aa  231  2e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.64 
 
 
372 aa  229  5e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  35.23 
 
 
366 aa  229  7e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  1.12219e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.77 
 
 
367 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201514  hitchhiker  0.00206466 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.23 
 
 
366 aa  228  1e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  34.86 
 
 
367 aa  228  1e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.31 
 
 
367 aa  227  2e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  1.46926e-09  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.78 
 
 
366 aa  227  2e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.00886e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  35.12 
 
 
367 aa  226  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.12 
 
 
367 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.59 
 
 
367 aa  225  8e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  4.85336e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.06 
 
 
366 aa  225  8e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  36.1 
 
 
366 aa  225  1e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  34.24 
 
 
366 aa  224  2e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  1.08126e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.88 
 
 
371 aa  223  4e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  32.34 
 
 
366 aa  223  4e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  9.97729e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.88 
 
 
371 aa  223  5e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  34.58 
 
 
371 aa  223  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  34.69 
 
 
367 aa  223  6e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  34.69 
 
 
367 aa  222  8e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  34.69 
 
 
367 aa  222  8e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  34.69 
 
 
367 aa  222  8e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.32 
 
 
368 aa  222  8e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0846842  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.69 
 
 
367 aa  222  8e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  34.69 
 
 
367 aa  222  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.32 
 
 
368 aa  222  8e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.481367  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  34.69 
 
 
367 aa  222  8e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2554  DNA polymerase III subunit beta  34.32 
 
 
368 aa  222  8e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.376427  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3183  DNA polymerase III subunit beta  34.32 
 
 
368 aa  222  9e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00267181  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.32 
 
 
368 aa  222  9e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.011531  normal  0.38726 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.32 
 
 
368 aa  222  9e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  33.6 
 
 
371 aa  222  9e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.06 
 
 
368 aa  221  2e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  5.83688e-05 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.49 
 
 
371 aa  220  3e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.157006  normal  0.0483245 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  34.95 
 
 
367 aa  219  5e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>