131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0099 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0099  RNA methyltransferase, TrmH family  100 
 
 		 268 aa  558  1e-158  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.167605 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1208  rRNA methylase  67.63 
 
 		 282 aa  357  9.999999999999999e-98  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0504  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.86 
 
 		 232 aa  212  4.9999999999999996e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3982  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.86 
 
 		 213 aa  206  4e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.549052  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02030  rRNA methylase  43.14 
 
 		 234 aa  202  3e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.03 
 
 		 205 aa  199  3.9999999999999996e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0517  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.68 
 
 		 224 aa  193  3e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4068  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.44 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5159  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.62 
 
 		 224 aa  188  5.999999999999999e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0657  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.44 
 
 		 229 aa  188  9e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.63 
 
 		 207 aa  187  2e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.435122  normal  0.171519 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35250  rRNA methylase  43.22 
 
 		 237 aa  187  2e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.925094 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2449  tRNA/rRNA methyltransferase  46.5 
 
 		 227 aa  186  3e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38470  rRNA methylase  42.39 
 
 		 238 aa  186  4e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4352  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.03 
 
 		 219 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0733  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.82 
 
 		 207 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.329217 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3914  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.85 
 
 		 250 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0187406  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2423  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.98 
 
 		 254 aa  182  6e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.217183 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10385  RNA methyltransferase  41.74 
 
 		 220 aa  180  2e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.85641e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0482  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.74 
 
 		 214 aa  176  3e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0493  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.74 
 
 		 214 aa  176  3e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.490005 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.37 
 
 		 222 aa  176  3e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.89326 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0471  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.32 
 
 		 214 aa  176  5e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2970  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.53 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.81928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4172  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.21 
 
 		 212 aa  169  5e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.541165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3143  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.75 
 
 		 283 aa  168  9e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.343302  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05640  rRNA methylase  43.85 
 
 		 235 aa  167  2e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.480906  normal  0.641593 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.45 
 
 		 215 aa  165  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0663  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.5 
 
 		 214 aa  163  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509405 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25750  rRNA methylase  41.22 
 
 		 208 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2375  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.12 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00412579  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0125  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.32 
 
 		 268 aa  57  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.903054  normal  0.365569 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0183  RNA methyltransferase  28.32 
 
 		 268 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0208  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.32 
 
 		 269 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.335988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3896  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.44 
 
 		 152 aa  55.8  0.0000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28928  predicted protein  24.85 
 
 		 207 aa  55.1  0.000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.145159  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.7 
 
 		 316 aa  53.1  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3469  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein  21.71 
 
 		 161 aa  52.4  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.029361 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1568  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  20.22 
 
 		 176 aa  51.6  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000175269 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.42 
 
 		 321 aa  51.6  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05145  putative SpoU rRNA methylase family protein  25.5 
 
 		 178 aa  51.6  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5505  putative tRNA/rRNA methyltransferase  24.46 
 
 		 186 aa  50.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121467  normal  0.0712484 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.94 
 
 		 272 aa  51.2  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01575  hypothetical protein  29.33 
 
 		 153 aa  51.2  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1254  RNA methyltransferase  26.9 
 
 		 286 aa  50.4  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.159804  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1411  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.27 
 
 		 180 aa  50.4  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000159184  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_82718  predicted protein  33.33 
 
 		 1408 aa  50.1  0.00004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.291981 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1216  RNA methyltransferase  26.9 
 
 		 303 aa  49.7  0.00005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4924  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.04 
 
 		 326 aa  48.1  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1939  RNA methyltransferase  26.9 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0491  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.48 
 
 		 180 aa  48.5  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2905  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.42 
 
 		 268 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0712  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  24 
 
 		 306 aa  48.1  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1443  RNA methyltransferase  35.59 
 
 		 258 aa  47.4  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1684  tRNA/rRNA methyltransferase  25.45 
 
 		 184 aa  47.8  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1205  SpoU rRNA methylase family protein  25.27 
 
 		 182 aa  47.4  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000205197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2719  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30 
 
 		 175 aa  47.8  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.159423 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1721  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25 
 
 		 178 aa  47.8  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.38 
 
 		 176 aa  47.8  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482713  normal  0.100378 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  24.63 
 
 		 246 aa  47  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3388  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.25 
 
 		 237 aa  47.4  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12700  rRNA methylase, putative, group 3  25.37 
 
 		 320 aa  46.6  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1087  SpoU rRNA methylase family protein  28.73 
 
 		 184 aa  46.2  0.0005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2203  RNA methyltransferase TrmH, group 3  20.45 
 
 		 273 aa  46.2  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.524372  normal  0.0758016 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  24.75 
 
 		 324 aa  46.2  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.158472  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  36.59 
 
 		 271 aa  46.6  0.0005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0784  RNA methyltransferase  20.71 
 
 		 180 aa  46.2  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.632748  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1799  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  28.83 
 
 		 184 aa  46.2  0.0006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.823319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.08 
 
 		 239 aa  45.8  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.282082 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00157  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  22.4 
 
 		 235 aa  46.2  0.0006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0597  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  26.44 
 
 		 250 aa  45.8  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00512531  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4113  RNA methyltransferase  26.67 
 
 		 194 aa  45.8  0.0007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1810  tRNA/rRNA metyltransferase  24.71 
 
 		 293 aa  45.8  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1942  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  22.97 
 
 		 221 aa  45.8  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0337713  normal  0.0831069 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0418  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.17 
 
 		 223 aa  45.8  0.0008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4596  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.6 
 
 		 165 aa  45.8  0.0008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362437  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3354  RNA methyltransferase  22.91 
 
 		 288 aa  45.4  0.0008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4975  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  31.91 
 
 		 235 aa  45.4  0.0009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0851  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.43 
 
 		 256 aa  45.4  0.0009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0735574  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1757  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.67 
 
 		 255 aa  45.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1055  tyrosyl-tRNA synthetase, class Ib  26.6 
 
 		 248 aa  45.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.932424 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3524  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.5 
 
 		 247 aa  44.7  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2584  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.88 
 
 		 174 aa  45.4  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  22.22 
 
 		 247 aa  45.4  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0411  RNA methyltransferase  22.69 
 
 		 249 aa  45.1  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4148  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  29.58 
 
 		 230 aa  45.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3372  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.86 
 
 		 203 aa  44.7  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4020  RNA methyltransferase  25.86 
 
 		 314 aa  43.9  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.980605  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0082  RNA methyltransferase  23.73 
 
 		 276 aa  44.3  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0766  hypothetical protein  21.59 
 
 		 177 aa  44.3  0.002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0754  rRNA methylase (SpoU_methylase)  23.53 
 
 		 171 aa  44.7  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0053  tRNA/rRNA methyltransferase  29.17 
 
 		 218 aa  44.3  0.002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4216  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  21.65 
 
 		 259 aa  44.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1027  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3951  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  21.47 
 
 		 230 aa  44.3  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.545722  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2703  RNA methyltransferase TrmH, group 3  23.39 
 
 		 348 aa  43.9  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.224688  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3230  RNA methyltransferase TrmH, group 3  22.27 
 
 		 273 aa  43.9  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.736956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0536  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  33.33 
 
 		 220 aa  43.5  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.528971  normal  0.0365793 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4870  tRNA guanosine-2'-O-methyltransferase  20.81 
 
 		 231 aa  43.5  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0115429 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1381  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.42 
 
 		 181 aa  43.9  0.003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.72 
 
 		 256 aa  43.5  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>