More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4788 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_4788  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 402 aa  792    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.182226  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3609  DNA-directed DNA polymerase  68.24 
 
 		 405 aa  531  1e-149  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.448364  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1654  DNA polymerase IV  63.28 
 
 		 407 aa  471  1e-132  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.263851  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5685  DNA polymerase IV  64.32 
 
 		 424 aa  466  9.999999999999999e-131  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273553 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4549  DNA polymerase IV  62.81 
 
 		 419 aa  463  1e-129  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.849423  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1021  DNA polymerase IV  62.63 
 
 		 401 aa  445  1.0000000000000001e-124  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.6656  normal  0.0517924 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5438  DNA polymerase IV  62.75 
 
 		 407 aa  441  9.999999999999999e-123  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.151264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1122  DNA polymerase IV  61.31 
 
 		 413 aa  439  9.999999999999999e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.36327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5059  DNA polymerase IV  63.25 
 
 		 407 aa  440  9.999999999999999e-123  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.315945  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5147  DNA polymerase IV  63.25 
 
 		 407 aa  440  9.999999999999999e-123  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3810  DNA polymerase IV  48.6 
 
 		 428 aa  324  1e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0803828  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2023  DNA-directed DNA polymerase  45.29 
 
 		 421 aa  293  5e-78  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0380  DNA-directed DNA polymerase  51.15 
 
 		 358 aa  285  8e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.154021  decreased coverage  0.00759765 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  45.22 
 
 		 420 aa  277  2e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  47.65 
 
 		 399 aa  273  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  41.58 
 
 		 408 aa  272  7e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  43.81 
 
 		 409 aa  268  1e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  43.59 
 
 		 414 aa  267  2e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  47.37 
 
 		 419 aa  265  1e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  44.64 
 
 		 418 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  44.64 
 
 		 418 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  44.64 
 
 		 418 aa  260  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  39.07 
 
 		 393 aa  260  4e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  43.19 
 
 		 415 aa  259  5.0000000000000005e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  47.04 
 
 		 419 aa  259  7e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  42.01 
 
 		 408 aa  258  1e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  43.31 
 
 		 430 aa  256  7e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  46.57 
 
 		 402 aa  254  3e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  40.83 
 
 		 399 aa  251  2e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  43.56 
 
 		 410 aa  250  3e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  41.39 
 
 		 410 aa  250  3e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  46.09 
 
 		 407 aa  249  7e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  37.89 
 
 		 385 aa  249  8e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  42.9 
 
 		 466 aa  247  3e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  42.05 
 
 		 430 aa  246  4e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  42.01 
 
 		 422 aa  241  1e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  44.27 
 
 		 406 aa  241  2e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0963  DNA polymerase IV  36.25 
 
 		 395 aa  240  2.9999999999999997e-62  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  38.96 
 
 		 426 aa  238  2e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  44.27 
 
 		 407 aa  237  3e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  39.36 
 
 		 415 aa  237  3e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13710  DNA polymerase IV involved in DNA repair  42.94 
 
 		 431 aa  236  5.0000000000000005e-61  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  37.96 
 
 		 445 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  40.39 
 
 		 834 aa  234  2.0000000000000002e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  39.18 
 
 		 397 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  37.03 
 
 		 453 aa  233  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  39.64 
 
 		 400 aa  233  5e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  41.23 
 
 		 378 aa  233  6e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  41.23 
 
 		 378 aa  233  6e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  35.16 
 
 		 408 aa  232  9e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  37.7 
 
 		 445 aa  231  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  40.41 
 
 		 395 aa  231  2e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  43.92 
 
 		 356 aa  231  2e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  36.39 
 
 		 385 aa  230  3e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  40.22 
 
 		 380 aa  228  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  41.07 
 
 		 417 aa  228  1e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  39.9 
 
 		 424 aa  228  2e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  39.2 
 
 		 359 aa  228  2e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  37.47 
 
 		 371 aa  227  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  39.01 
 
 		 412 aa  226  7e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  35.65 
 
 		 359 aa  224  2e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  40.41 
 
 		 378 aa  224  3e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  39.94 
 
 		 374 aa  222  7e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  35.03 
 
 		 359 aa  222  8e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  36.79 
 
 		 384 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  36.39 
 
 		 389 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  38.84 
 
 		 373 aa  220  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  39.77 
 
 		 363 aa  219  6e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  39.47 
 
 		 425 aa  219  7e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  36.72 
 
 		 417 aa  217  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  38.44 
 
 		 375 aa  216  5e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  35.67 
 
 		 360 aa  216  7e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  39.71 
 
 		 396 aa  216  7e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  39.27 
 
 		 354 aa  216  7e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  34.78 
 
 		 425 aa  215  9e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2772  DNA polymerase IV  35.79 
 
 		 395 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.317028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  36.89 
 
 		 369 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  35.55 
 
 		 385 aa  213  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  36.26 
 
 		 372 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  36.79 
 
 		 413 aa  213  3.9999999999999995e-54  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  36.95 
 
 		 358 aa  212  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1285  DNA polymerase IV  36.77 
 
 		 431 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25949  normal  0.0407739 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  40.96 
 
 		 481 aa  211  2e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  34.79 
 
 		 409 aa  211  2e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  36.71 
 
 		 363 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2809  DNA polymerase IV  37.11 
 
 		 423 aa  211  3e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.436092 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  36.77 
 
 		 431 aa  211  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  37.27 
 
 		 385 aa  211  3e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  36.44 
 
 		 359 aa  210  4e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  35.14 
 
 		 409 aa  209  7e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  38.6 
 
 		 385 aa  209  7e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  37.56 
 
 		 436 aa  209  7e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1274  DNA polymerase IV  35.77 
 
 		 436 aa  208  1e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0719979  normal  0.0370886 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  39.8 
 
 		 386 aa  208  1e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20590  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  39.78 
 
 		 489 aa  208  2e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  35.76 
 
 		 368 aa  208  2e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  36.99 
 
 		 365 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  39.77 
 
 		 360 aa  206  5e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3235  DNA-directed DNA polymerase  34.29 
 
 		 380 aa  206  6e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  33.5 
 
 		 409 aa  205  9e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>