More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0058 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  100 
 
 
241 aa  494  1e-139  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  47.35 
 
 
238 aa  189  3e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  43.36 
 
 
384 aa  186  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  42.48 
 
 
228 aa  186  3e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  43.81 
 
 
385 aa  186  3e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  44.1 
 
 
314 aa  186  3e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.76 
 
 
237 aa  186  4e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.0493e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  49.12 
 
 
624 aa  183  2e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.75 
 
 
247 aa  182  4e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  46.81 
 
 
556 aa  182  5e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  44.44 
 
 
271 aa  181  7e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  40.71 
 
 
228 aa  181  1e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  43.61 
 
 
235 aa  180  2e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  41.33 
 
 
298 aa  180  2e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  43.42 
 
 
238 aa  180  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.7 
 
 
239 aa  179  2e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  43.61 
 
 
235 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  43.61 
 
 
235 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  43.42 
 
 
238 aa  180  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  43.42 
 
 
238 aa  180  2e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  43.42 
 
 
238 aa  180  2e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  43.42 
 
 
238 aa  180  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  40.87 
 
 
229 aa  179  3e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  43.61 
 
 
235 aa  179  3e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  44.93 
 
 
266 aa  179  4e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.80053e-32 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  42.04 
 
 
340 aa  179  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  44.93 
 
 
266 aa  178  6e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  2.12991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  46.55 
 
 
309 aa  178  8e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  41.33 
 
 
298 aa  177  9e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  40.87 
 
 
229 aa  177  1e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  40.43 
 
 
229 aa  177  1e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  3.10773e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1616  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.38 
 
 
250 aa  176  2e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  0.0569453 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.17 
 
 
235 aa  176  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  47.39 
 
 
567 aa  176  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  40.87 
 
 
229 aa  176  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  42.92 
 
 
236 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 
229 aa  176  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  45.89 
 
 
274 aa  175  7e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  40 
 
 
229 aa  174  8e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  40 
 
 
229 aa  174  9e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  46.32 
 
 
251 aa  174  1e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  42.98 
 
 
240 aa  173  2e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.78 
 
 
249 aa  174  2e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  40.43 
 
 
229 aa  173  3e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  40.43 
 
 
229 aa  173  3e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  43.88 
 
 
240 aa  173  3e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  42.86 
 
 
389 aa  172  4e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  45.38 
 
 
274 aa  172  4e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 
243 aa  172  5e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  42.79 
 
 
230 aa  172  5e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  41.07 
 
 
240 aa  172  6e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  40.95 
 
 
318 aa  172  6e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  40.99 
 
 
248 aa  171  7e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  43.04 
 
 
472 aa  171  8e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  46.98 
 
 
238 aa  171  1e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  40 
 
 
229 aa  171  1e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  41.92 
 
 
248 aa  170  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  40.59 
 
 
251 aa  169  2e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  40.79 
 
 
244 aa  169  5e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  42.24 
 
 
254 aa  169  5e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0236  pseudouridine synthase  41.67 
 
 
272 aa  168  6e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  41.41 
 
 
229 aa  168  8e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14081  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  41.44 
 
 
240 aa  168  8e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.484902  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0601  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  41.44 
 
 
240 aa  168  8e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.624758  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.45 
 
 
258 aa  168  9e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  8.97909e-06  hitchhiker  2.06079e-07 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11041  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  40.95 
 
 
237 aa  167  1e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0249401  normal  0.321161 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  41.89 
 
 
314 aa  167  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  42.55 
 
 
239 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.24724e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0952  pseudouridine synthase, Rsu  41.3 
 
 
236 aa  166  3e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.823269  normal  0.19606 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12611  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  42.4 
 
 
240 aa  166  3e-40  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.594453  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  42.13 
 
 
562 aa  166  4e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  40.76 
 
 
317 aa  165  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  40.42 
 
 
248 aa  165  6e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  39.06 
 
 
250 aa  165  7e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  38.16 
 
 
227 aa  164  8e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.02622e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  38.66 
 
 
247 aa  165  8e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3873  pseudouridine synthase  40 
 
 
245 aa  164  9e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00341682 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.57 
 
 
236 aa  164  1e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  4.5472e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  39.91 
 
 
555 aa  164  1e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  41.28 
 
 
240 aa  164  1e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  39.57 
 
 
252 aa  163  2e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  42.31 
 
 
241 aa  164  2e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  42.04 
 
 
324 aa  163  2e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3936  pseudouridine synthase  41.74 
 
 
261 aa  162  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.348402  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  40.25 
 
 
387 aa  163  3e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  41.81 
 
 
235 aa  162  4e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3461  pseudouridine synthase  40.95 
 
 
242 aa  162  6e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  39.57 
 
 
236 aa  162  6e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  40.77 
 
 
332 aa  161  8e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  39.47 
 
 
293 aa  161  8e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12541  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  40.36 
 
 
240 aa  161  8e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.558344  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  44.87 
 
 
273 aa  161  9e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  43.42 
 
 
233 aa  161  9e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  41.77 
 
 
254 aa  160  1e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  41.15 
 
 
250 aa  160  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  40.59 
 
 
255 aa  161  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1377  pseudouridine synthase, Rsu  43.59 
 
 
247 aa  160  1e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3586  pseudouridine synthase  37.55 
 
 
266 aa  159  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280598  normal  0.134237 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0902  pseudouridine synthase  40.43 
 
 
236 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  39.74 
 
 
638 aa  159  5e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>