More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_3411 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  100 
 
 		 255 aa  511  1e-144  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.54 
 
 		 237 aa  255  5e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  53.81 
 
 		 242 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  52.54 
 
 		 242 aa  249  3e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.54 
 
 		 242 aa  249  4e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.54 
 
 		 242 aa  249  4e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.54 
 
 		 242 aa  248  1e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  52.54 
 
 		 242 aa  248  1e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.54 
 
 		 242 aa  248  1e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  52.12 
 
 		 242 aa  246  3e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.12 
 
 		 242 aa  246  3e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.12 
 
 		 242 aa  246  4e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  51.69 
 
 		 242 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  55.08 
 
 		 243 aa  242  3.9999999999999997e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  52.12 
 
 		 243 aa  241  9e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  54.77 
 
 		 238 aa  230  1e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  54.39 
 
 		 239 aa  228  5e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  52.05 
 
 		 251 aa  225  5.0000000000000005e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  51.48 
 
 		 271 aa  225  6e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  51.23 
 
 		 273 aa  224  7e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.79 
 
 		 238 aa  224  9e-58  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  51.23 
 
 		 309 aa  222  4.9999999999999996e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.88 
 
 		 236 aa  219  3e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  51.26 
 
 		 266 aa  219  3e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  50.84 
 
 		 266 aa  218  7.999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  51.69 
 
 		 274 aa  218  7.999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  47.22 
 
 		 264 aa  216  2e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.5 
 
 		 249 aa  216  2e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.84 
 
 		 239 aa  214  8e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.03 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.37 
 
 		 258 aa  212  4.9999999999999996e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  50.21 
 
 		 236 aa  212  4.9999999999999996e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  45.83 
 
 		 245 aa  211  1e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.65 
 
 		 240 aa  211  1e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.79 
 
 		 247 aa  209  3e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  46.79 
 
 		 680 aa  207  1e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.15 
 
 		 240 aa  207  2e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  48.15 
 
 		 238 aa  206  4e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.52 
 
 		 236 aa  206  4e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  46.48 
 
 		 250 aa  204  9e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  45.73 
 
 		 235 aa  204  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  47.01 
 
 		 239 aa  202  6e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0394  pseudouridine synthase  46.59 
 
 		 261 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490996  normal  0.734579 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  44.54 
 
 		 241 aa  201  9.999999999999999e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.87 
 
 		 255 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.99 
 
 		 249 aa  200  1.9999999999999998e-50  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.03 
 
 		 245 aa  198  6e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.03 
 
 		 245 aa  198  6e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  46.67 
 
 		 233 aa  198  7e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.89 
 
 		 251 aa  198  7e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  47.95 
 
 		 329 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  47.95 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  45.11 
 
 		 245 aa  196  3e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  47.13 
 
 		 567 aa  195  5.000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.54 
 
 		 328 aa  195  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  46.34 
 
 		 296 aa  195  5.000000000000001e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  51.45 
 
 		 250 aa  195  7e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  45.67 
 
 		 354 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.67 
 
 		 243 aa  194  2e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  43.32 
 
 		 274 aa  193  2e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  46.28 
 
 		 426 aa  192  3e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0763  pseudouridine synthase, Rsu  48.51 
 
 		 253 aa  193  3e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  46.89 
 
 		 253 aa  192  5e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  46.25 
 
 		 379 aa  191  8e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  45.97 
 
 		 251 aa  191  8e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  44.49 
 
 		 289 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15310  pseudouridine synthase family protein  46.31 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.226125  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  46.44 
 
 		 556 aa  189  5e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  45.78 
 
 		 230 aa  188  5.999999999999999e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  47.7 
 
 		 624 aa  188  8e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.04 
 
 		 236 aa  188  8e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  43.82 
 
 		 252 aa  187  1e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.37 
 
 		 292 aa  187  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  46.37 
 
 		 292 aa  187  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  43.82 
 
 		 252 aa  187  1e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.94 
 
 		 385 aa  186  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.65 
 
 		 354 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000422758 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  46.69 
 
 		 268 aa  186  3e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  41.84 
 
 		 251 aa  186  3e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  43.04 
 
 		 236 aa  186  4e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.65 
 
 		 290 aa  186  4e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.65 
 
 		 355 aa  185  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000006993 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.65 
 
 		 355 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  43.78 
 
 		 382 aa  185  7e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 250 aa  185  7e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.55 
 
 		 247 aa  184  9e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  44.63 
 
 		 621 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4054  pseudouridine synthase  45.45 
 
 		 249 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.51659 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  45.64 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.09 
 
 		 340 aa  183  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  43.32 
 
 		 386 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  45.42 
 
 		 318 aa  182  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.4 
 
 		 288 aa  182  4.0000000000000006e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2458  pseudouridine synthase  44.81 
 
 		 332 aa  182  5.0000000000000004e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  44.58 
 
 		 290 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  44.13 
 
 		 403 aa  182  5.0000000000000004e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4316  pseudouridine synthase  42.23 
 
 		 259 aa  182  6e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  45.42 
 
 		 344 aa  182  6e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  45.02 
 
 		 299 aa  182  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0600  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.93 
 
 		 252 aa  181  8.000000000000001e-45  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.168278  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>