More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1911 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 356 aa  743    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  61.79 
 
 		 352 aa  437  1e-121  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  59.82 
 
 		 342 aa  418  1e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  56.98 
 
 		 347 aa  395  1e-109  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.21 
 
 		 356 aa  394  1e-108  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  53.57 
 
 		 341 aa  385  1e-106  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.72 
 
 		 348 aa  377  1e-103  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  51.85 
 
 		 348 aa  366  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  50.28 
 
 		 343 aa  365  1e-100  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.95 
 
 		 350 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  46.39 
 
 		 354 aa  303  2.0000000000000002e-81  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  44.8 
 
 		 354 aa  302  7.000000000000001e-81  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  44.97 
 
 		 347 aa  301  1e-80  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  43.77 
 
 		 346 aa  297  2e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  44.62 
 
 		 349 aa  294  2e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  45.54 
 
 		 363 aa  288  1e-76  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  45.69 
 
 		 306 aa  256  4e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  45.05 
 
 		 306 aa  252  6e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  45.34 
 
 		 304 aa  248  1e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  42.99 
 
 		 320 aa  248  2e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  45.02 
 
 		 304 aa  246  3e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.61 
 
 		 303 aa  246  4.9999999999999997e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  43.12 
 
 		 302 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.73 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.02 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.12 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  43.43 
 
 		 302 aa  241  2e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.12 
 
 		 302 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  43.12 
 
 		 302 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.12 
 
 		 302 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.12 
 
 		 302 aa  239  5e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.93 
 
 		 318 aa  239  5e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.06 
 
 		 347 aa  238  1e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.75 
 
 		 305 aa  238  2e-61  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  43.73 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  43.87 
 
 		 319 aa  237  2e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  43.75 
 
 		 305 aa  238  2e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.42 
 
 		 334 aa  238  2e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  42.81 
 
 		 302 aa  238  2e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  43.75 
 
 		 305 aa  238  2e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  41.67 
 
 		 313 aa  236  3e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.34 
 
 		 301 aa  236  3e-61  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  42.02 
 
 		 305 aa  235  8e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  42.58 
 
 		 319 aa  235  9e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  41.29 
 
 		 407 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  41.29 
 
 		 405 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  41.02 
 
 		 355 aa  232  9e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.23 
 
 		 322 aa  231  1e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.86 
 
 		 319 aa  231  1e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  40.48 
 
 		 400 aa  231  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  40.31 
 
 		 334 aa  231  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  41.18 
 
 		 327 aa  231  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  40.97 
 
 		 402 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  40.97 
 
 		 402 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  42.77 
 
 		 304 aa  229  7e-59  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  39.88 
 
 		 342 aa  229  8e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  41.35 
 
 		 309 aa  228  9e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.97 
 
 		 402 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.39 
 
 		 438 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  41.8 
 
 		 345 aa  228  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  44.05 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  42.15 
 
 		 306 aa  228  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.16 
 
 		 318 aa  228  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  40.65 
 
 		 360 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  37.95 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  44.9 
 
 		 334 aa  226  3e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  41.75 
 
 		 431 aa  226  4e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  41.19 
 
 		 331 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  42.26 
 
 		 303 aa  225  8e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.07 
 
 		 349 aa  225  9e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.12 
 
 		 296 aa  224  1e-57  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  41.19 
 
 		 349 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.04 
 
 		 303 aa  223  3e-57  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  39.3 
 
 		 326 aa  223  3e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.35 
 
 		 343 aa  223  3e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  39.03 
 
 		 344 aa  223  3e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.87 
 
 		 391 aa  223  4e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  41.97 
 
 		 420 aa  223  4e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  41.85 
 
 		 305 aa  222  7e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  40.51 
 
 		 370 aa  222  9e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  39.37 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.76 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  40.51 
 
 		 370 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  40.12 
 
 		 341 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  40.55 
 
 		 343 aa  220  3e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  41.85 
 
 		 341 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  41.41 
 
 		 349 aa  219  6e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  40.24 
 
 		 343 aa  219  7.999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  41.61 
 
 		 318 aa  219  7.999999999999999e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  41.21 
 
 		 326 aa  218  1e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.35 
 
 		 296 aa  217  2e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.9 
 
 		 304 aa  217  2.9999999999999998e-55  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.12 
 
 		 332 aa  216  2.9999999999999998e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.14 
 
 		 356 aa  216  4e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 306 aa  216  4e-55  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.55 
 
 		 403 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  38.89 
 
 		 328 aa  215  8e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.23 
 
 		 395 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.23 
 
 		 310 aa  215  9.999999999999999e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.34 
 
 		 403 aa  215  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>