More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1706 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  100 
 
 
532 aa  1089    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  42.78 
 
 
502 aa  410  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  42.57 
 
 
502 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  41.79 
 
 
531 aa  405  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  40.89 
 
 
502 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  41.11 
 
 
502 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  40.93 
 
 
502 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  42.19 
 
 
502 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  40.64 
 
 
505 aa  399  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  41.9 
 
 
506 aa  397  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  40.52 
 
 
511 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  40.33 
 
 
511 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  40.52 
 
 
510 aa  363  6e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  38.05 
 
 
519 aa  361  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  37.38 
 
 
517 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  36.73 
 
 
519 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  37.92 
 
 
518 aa  354  2e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  36.48 
 
 
523 aa  354  2e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  36.72 
 
 
520 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  36.73 
 
 
519 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  37.11 
 
 
519 aa  351  2e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  37.59 
 
 
515 aa  350  4e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  36.36 
 
 
519 aa  349  6e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  35.62 
 
 
525 aa  343  5e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  35.62 
 
 
525 aa  343  5.999999999999999e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  35.62 
 
 
525 aa  343  5.999999999999999e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  36.67 
 
 
522 aa  340  4e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  36.21 
 
 
536 aa  335  1e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  35.89 
 
 
522 aa  334  2e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  36.62 
 
 
522 aa  334  3e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  35.9 
 
 
518 aa  334  3e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  35.29 
 
 
521 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  35.2 
 
 
525 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  35.44 
 
 
514 aa  326  7e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  35.93 
 
 
514 aa  325  9e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  35.07 
 
 
514 aa  324  3e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  35.51 
 
 
513 aa  323  4e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  34.13 
 
 
515 aa  322  9.999999999999999e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  36.75 
 
 
514 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  34.57 
 
 
516 aa  321  1.9999999999999998e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  35.02 
 
 
512 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  35.51 
 
 
512 aa  318  2e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  35.51 
 
 
512 aa  318  2e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  35.51 
 
 
512 aa  318  2e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  35.51 
 
 
512 aa  318  2e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  35.2 
 
 
512 aa  317  2e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000497691  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  34.07 
 
 
513 aa  317  3e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  35.51 
 
 
512 aa  317  4e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  35.37 
 
 
512 aa  317  4e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  35.51 
 
 
512 aa  316  5e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  0.0000313655 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  35.51 
 
 
512 aa  316  5e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  0.000000106827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  35.51 
 
 
512 aa  316  5e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  35.51 
 
 
512 aa  316  8e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  34.63 
 
 
513 aa  312  7.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  34.83 
 
 
513 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  34.63 
 
 
513 aa  312  1e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  34.63 
 
 
513 aa  312  1e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  34.63 
 
 
513 aa  312  1e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  34.63 
 
 
513 aa  312  1e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  34.63 
 
 
513 aa  312  1e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  34.63 
 
 
513 aa  312  1e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  34.63 
 
 
513 aa  312  1e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.26 
 
 
539 aa  311  2e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  34.64 
 
 
513 aa  311  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  34.64 
 
 
513 aa  311  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  34.64 
 
 
513 aa  311  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  34.64 
 
 
513 aa  311  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  34.89 
 
 
512 aa  309  5.9999999999999995e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  33.96 
 
 
512 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  34.44 
 
 
513 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.85 
 
 
541 aa  300  4e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  34.38 
 
 
527 aa  297  3e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  33.4 
 
 
525 aa  287  4e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.08 
 
 
525 aa  280  5e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  0.0000000147012 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.96 
 
 
532 aa  278  2e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.39 
 
 
540 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.04 
 
 
636 aa  271  2e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.07 
 
 
604 aa  268  2e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.78 
 
 
467 aa  262  1e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1966  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.71 
 
 
628 aa  256  8e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0342  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.09 
 
 
444 aa  255  2.0000000000000002e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.501522 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  41.62 
 
 
710 aa  254  3e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.21 
 
 
463 aa  254  3e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.78 
 
 
582 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  36.64 
 
 
586 aa  253  7e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  34.53 
 
 
639 aa  252  1e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1588  putative PAS/PAC sensor protein  35.5 
 
 
633 aa  251  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00103997  normal  0.3831 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.46 
 
 
655 aa  250  5e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5343  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.3 
 
 
662 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5518  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.3 
 
 
662 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.08 
 
 
471 aa  248  1e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.94 
 
 
501 aa  248  2e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.534742  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6705  Fis family proprionate catabolism activator  39.58 
 
 
656 aa  248  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344475  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4754  Fis family proprionate catabolism activator  36.07 
 
 
662 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.574647  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0399  putative PAS/PAC sensor protein  33.2 
 
 
695 aa  248  2e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3286  Fis family proprionate catabolism activator  37.86 
 
 
660 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.749536  normal  0.0314954 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2373  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.27 
 
 
680 aa  246  8e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000104876  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  38.46 
 
 
662 aa  246  8e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.98 
 
 
544 aa  246  9e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0287  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  36.47 
 
 
694 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>